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O carcinoma renal de células claras (CRCC) é o tipo de neoplasia renal com maior incidência, cerca de 80%. A maioria dos casos são curados após cirurgia, porém, cerca de um terço dos pacientes apresentam recidiva da doença com metástase à distância. O tratamento para este tumor evoluiu muito nas últimas duas décadas, entretanto, pacientes metastáticos ainda apresentam baixas taxas de resposta aos tratamentos devido a resistência adquirida pelo tumor para escapar da terapia alvo. Identificar os mecanismos moleculares associados à carcinogênese do CRCC é essencial para entender as características tumorais que estão associadas a progressão da doença e resistência aos tratamentos. Entre as alterações mais frequentes no CRCC está a perda do gene VHL, um supressor tumoral e principal regulador da resposta à hipóxia. VHL tem dois principais alvos, o fator induzido por hipóxia 1α (HIF-1α) e o fator induzido por hipóxia α (HIF-2α). Em normóxia, VHL é responsável pela degradação das subunidades de HIF. Em hipóxia, VHL deixa de reconhecer e marcar HIF-1α e HIF-2α para degradação e, uma vez estabilizadas, ativam vias de sinalização associadas a sobrevivência celular. As informações sobre alterações encontradas em tumores normalmente são estudadas a partir do sequenciamento da população total de mRNAs, oferecendo uma visão do transcriptoma. Nossa abordagem metodológica coleta e analisa apenas a população de mRNAs ativamente traduzidos, oferecendo uma visão mais próxima da expressão proteica final. A via de mTOR regula o início da tradução de mRNAs e está frequentemente mutada em CRCC. A hipóxia afeta a expressão de genes tanto via transcrição quanto via tradução. Alterações no controle traducional em CRCC afetam a expressão gênica contribuindo para a formação do tumor e progressão da doença. Assim, nosso objetivo principal foi identificar o perfil de genes diferencialmente traduzidos dependendo do status de VHL e da via de mTOR. Para isso utilizamos um modelo celular de CRCC deficiente em VHL e sua contraparte onde VHL foi restituído. Realizamos o perfil polissomal em modelos celulares de CRCC para separar e coletar a população de mRNAs ativamente traduzidos que foram posteriormente sequenciados. Nossos dados mostraram perfis distintos de tradução entre as células VHL- deficientes e VHL-proficientes. Além disso, após a inibição de mTOR, ambas as células também apresentaram respostas diferentes ao tratamento. Além disso, observamos alterações na resposta imune e aumento do ciclo celular na ausência de VHL, que podem contribuir para a progressão tumoral. Em modelo com tecido tumoral congelado, nossos resultados parciais indicam que alterações na tradução global podem interferir principalmente no estadiamento clínico de pacientes com CRCC. Por fim, também analisamos a expressão de HIF-2α, um dos alvos de VHL, em tecidos de pacientes com CRCC. Nossos resultados mostram que HIF-2α pode ser utilizado na estratificação de pacientes com maior risco de recidiva, dependendo do estadiamento clínico.

Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is the most common type of renal neoplasia with 80% of incidence. Most cases are cured after surgery, however, one third of all patients will have disease recurrence with distant metastasis. ccRCC treatment had evolved in the past two decades, however, metastatic patients still have low response rates due to tumor resistance. The identification of molecular mechanisms associated with ccRCC carcinogenesis is essential to understand the characteristics associated with disease progression and treatment resistance. The most frequent alteration in ccRCC is the loss of VHL gene, a tumor suppressor and the main regulator in response to hypoxia. VHL has two main target, hypoxia-induced factor 1 α (HIF-1 α) and hypoxia-induced factor α (HIF-2 α). In normoxic conditions, VHL can lead HIF subunits to degradation. In hypoxia, HIF-1α and HIF-2α stabilize and activate cell survival associated signaling pathways. Studies about tumor alterations usually provides a view of the transcriptome. Our approach is based on the actively translated mRNAs collection and analysis, which provides a closer view from protein expression. mTOR pathway regulates translation initiation and is frequently mutated in ccRCC. Hypoxia affects gene expression in both transcriptional and translational regulation. Alteration in translational control in ccRCC affect gene expression which contributes to tumor progression. Our main objective was to identify the differentially translated gene profile depending on VHL status and mTOR pathway activation. To assess this, we used a VHL-deficient and a VHL-proficient ccRCC cell line. We used the polysome profiling technique to separate and collect the population of mRNAs actively translated that were subsequently sequenced. Our data showed distinct translation profiles between VHL-deficient and VHL-proficient cells. In addition, after mTOR inhibition, both cells showed different responses to treatment. We observed changes in immune response and increased cell cycle pathways in VHL deficient cells, which may contribute to tumor progression. In tumor tissue, our polysome profiling analysis indicate that changes in global translation may interfere in clinical staging of ccRCC patients. Finally, we analyzed the expression of HIF-2α, a VHL target, in ccRCC patient's tissues. Our results showed that HIF-2α can distinct patients at higher recurrence risk depending on clinical staging.

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INTRODUÇÃO: De acordo com a estimativa de 2012 do INCA, eram esperados 52.680 novos casos de câncer de mama no Brasil, com um risco estimado de 52 casos a cada 100 mil mulheres. Estes dados mostram a necessidade da identificação de biomarcadores efetivos para rastreamento precoce e seguimento destas mulheres durante seu tratamento. Neste trabalho, para a avaliação de potenciais biomarcadores desta doença, foi idealizado um modelo laboratorial específico que avalie tanto a capacidade de um dado biomarcador rastrear um tumor inicial de mama, bem como testar o seu potencial valor para o seguimento de mulheres já diagnosticadas durante seu tratamento. Este modelo baseia-se na avaliação de células tumorais circulantes e perfilamento gênico tumoral. MÉTODOS: Amostras biológicas (sangue periférico e tumor) de 167 pacientes diagnosticadas com carcinoma mamário estadios I, II e III com indicação de quimioterapia adjuvante para: a) avaliação da presença de células tumorais circulantes através da expressão de CK19 e HER2 na Fração Mononuclear do Sangue Periférico (FMNSP) por RT-PCR quantitativo e b) perfilamento gênico tumoral através da análise da expressão de 21 genes relacionados a importantes processos de carcinogênese mamária em amostras de tecido parafinado por ensaio multiplex de RT-PCR quantitativo utilizando o sistema Plexor®. RESULTADOS: Foi observada uma correlação significativa entre CK19 e HER2 na primeira coleta e queda da concentração de HER2 no SP durante o tratamento; porém, não foi percebida queda significativa do CK19 ao longo do estudo. A expressão de HER2 na segunda coleta de pacientes positivas para HER2 na primeira coleta tendeu a se correlacionar significativamente com um pior Intervalo Livre de Doença (ILD). Através da padronização da pontuação em quartis das análises realizadas em multiplex pelo sistema Plexor, foi percebido que o quartil superior apresentava ILD significativa pior do que a de pacientes nos demais quartis...

BACKGROUND: According to the estimate of 2012 INCA, were expected 52,680 cases of breast cancer in Brazil, with an estimated risk of 52 cases per 100 000 women. These data show the need for effective identification of biomarkers for early screening and follow-up of these women during their treatment. In this work, for the evaluation of potential biomarkers of this disease, a model laboratory was designed to evaluate both the specific capacity of a given biomarker trace an initial breast tumor, as well as test its potential value for the follow-up of women already diagnosed during their treatment. This model was based on the evaluation of circulating tumor cells and tumor gene profiling. METHODS: Biological samples (peripheral blood and tumor) of 167 patients diagnosed with breast cancer stages I, II and III with an indication for adjuvant chemotherapy: a) to evaluate the presence of circulating tumor cells through the expression of HER2 and CK19 in Peripheral Blood Mononuclear fraction (PBMN) by quantitative RT-PCR and b) tumor profiling gene by analyzing the expression of 21 genes related to important processes of mammary carcinogenesis in paraffinized tissue samples by multiplex assay for quantitative RT-PCR using the Plexor ® System. RESULTS: Was observed a significant correlation between HER2 and CK19 in the first collection and decrease in concentration of HER2 in PB during the treatment, but were not perceived significant decrease of CK19 along the study. The expression of HER2 in the second collection of patients positive for HER2 in the first test tended to correlate with a significantly worse disease-free interval (DFI). Through standardization of the scores in quartiles of the analyzes performed at multiplex Plexor system was seen that the upper quartile ILD had significantly worse than patients in the other quartiles...

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Uno de los retos más importantes de este siglo en la neurología genómica es construir mapas de expresión espacial de genes a lo largo de las distintas estructuras cerebrales con el fin de correlacionarlos con ciertas neuropatologías. Se analizaron los perfiles de transcripción de ocho genes HAS21 localizados en la región crítica del síndrome de Down en diferentes estructuras del cerebro humano normal. Se tomaron como referencia los valores de expresión de ocho genes HAS21/DSCR provenientes de experimentos de micromatrices de ADN de cerebros humanos normales y cuyos valores están disponibles en la base de datos del proyecto cerebro humano del Atlas del Cerebro del Allen Institute for Brain Sciences en Seattle, Washington (http://www.brainmap.org). Se determinó una expresión diferencial de estos genes HAS21/DSCR a lo largo de las estructuras localizadas en el lóbulo frontal, el lóbulo límbico y en los núcleos centrales. En el putamen, el núcleo caudado, el giro parahipocampal y en las áreas centrales se registraron los mayores niveles de transcripción global; estas áreas del cerebro parecen estar asociadas con diversos procesos de aprendizaje y de memoria. Se correlacionó la transcripción diferencial de genes DSCR con la localización cerebral y su potencial papel funcional.

One of the most important challenges of the 21st Century Neurology is to build gene expression profiles along the different structures of human brain trying to correlate them with some neuropathologies. The expression profiles of eight HAS21 genes located on the Down syndrome critical region in different structures of the normal human brain was analyzed. From DNA microarray experiments of normal human brains which are available in the free access human brain database of the Brain Atlas project of the Allen Institute for Brain Sciences in Seattle, Washington (http://www.brainmap.org) expression levels data of eight HSA21/DSCR genes along different structures of normal human brain were statistically analyzed. A differential expression of these genes HSA21/DSCR in some anatomic structures located in the frontal lobe, limbic lobe and cerebral central nuclei was registered. Putamen, caudate nucleus, parahipocampal gyro and central areas, showed high levels of transcription for those HSA21/DSCR genes included in the study; these areas of the brain appear to be associated with some processes of learning and memory. This study allowed us to correlate the differential transcription of DSCR genes, their structural localization and functional role in brain function.

Um dos maiores desafio deste século na neurologia genômica é construir mapas de expressão espacial de genes ao longo das diferentes estruturas cerebrais com o fim de correlacionálos com certas neuropatologias. Foram analisados os perfis de transcrição de oito genes HAS21 localizados na região crítica da síndrome de Down em diferentes estruturas do cérebro humano normal. Foram usados como referência os valores de expressão de oito genes HAS21/DSCR provenientes de experimentos de micromatrizes de ADN de cérebros humanos normais e cujos valores estão disponíveis no bando de dados do projeto cérebro humano do Atlas do Cérebro do Allen Institute for Brain Sciences em Seattle, Washington (http://www.brainmap.org). Determinouse uma expressão diferencial destes genes HAS21/DSCR ao longo das estruturas localizadas no lóbulo frontal, o lóbulo límbico e nos núcleos centrais. No putâmen, o núcleo caudado, o giro parahipocampal e nas áreas centrais foram registrados os maiores níveis de transcrição global; estas áreas do cérebro parecem estar associadas com diversos processos de aprendizagem e de memória. Correlacionouse a transcrição diferencial de genes DSCR com a localização cerebral e seu potencial papel funcional.

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A combinação de quimio e radioterapia se tornam a opção de escolha para o tratamento de carcinoma epidermóide localmente avançado de laringe e hipofaringe, com sobrevida livre de doença similar às taxas obtidas com laringectomia total e radioterapia pós-operatória. Entretanto, pacientes não-respondedores sofrem freqüentemente de toxicidade, atraso na cirurgia de resgate e riscos de complicações. Além disso, existe um aumento significativo no custo do tratamento. Um total de 43 pacientes com carcinoma epidermóide localmente avançado de laringe e hipofaringe foram selecionados para um ensaio clínico fase II com paclitaxel (30mg/m2) e cisplatina (20mg/m2) ministrados semanalmente concomitante com radioterapia na dose de 7040cGy em frações de 180cGy/dia. Previamente ao tratamento foram coletadas biópsias de cada paciente e armazenadas em nitrogênio líquido. O RNA total foi extraído pelo método do Trizol, RNAm foi amplificado e 35 amostras foram hibridizadas em microarray de 4800 genes. Ferramentas matemáticas e estatísticas foram empregadas a fim de identificar assinaturas moleculares que poderiam predizer a resposta terapêutica. O segmento clínico dos pacientes variou de 3 a 5 anos. O tratamento com cisplatina e paclitaxel concomitante à radioterapia apresentou resposta completa (R) em 60% dos pacientes. Resposta completa foi associada com melhora significativa das taxas de sobrevida livre de doença e de sobrevida global. Foram identificados 4 trios e 27 quartetos de genes que podem predizer precisamente os respondedores. Utilizando-se análise do tipo validação cruzada (CV) todos os trios e quartetos foram capazes de reproduzir a classificação das amostras com 100% de precisão. As análises de sobrevida livre de doença e sobrevida global dos pacientes classificados como respondedores ou não respondedores mostram-se estatisticamente significativa com os pacientes identificados como respondedores mostrando melhor sobrevida global e sobrevida livre de doença. Finalmente, identificamos alteração de correlação na expressão de genes agrupados por vias metabólicas quando amostras de pacientes respondedores e não respondedores foram comparados. Essas análises poderão, no futuro, contribuir para o entendimento dos mecanismos moleculares relevantes para o sucesso ao tratamento proposto. Nossos dados demonstram que os classificadores aqui descritos podem ser empregados aos pacientes previamente ao tratamento a fim de selecionar pacientes para a quimioradioterapia ou tratamento cirúrgico de carcinoma epidermóide localmente avançado de laringe e hipofaringe.

The combination of chemotherapy and radiotherapy became the gold standard for treatment of locally advanced SCC of the larynx and hypopharynx, with disease-free survival similar to the rates obtained with total laryngectomy and postoperative radiotherapy. However, non-responders suffer badly from toxicity, delay in surgery and risk of complications. Furthermore, there is a significant increase in the cost of the treatment. A total of 43 patients with locally advanced laryngeal and hypolaryngeal SCC were selected for a phase II study of weekly paclitaxel (30mg/m2) and cisplatin (20mg/m2) with concurrent radiotherapy of 7040cGy in 180cGy/day fractions. Prior to treatment, a biopsy sample from every patient was obtained and stored in liquid nitogren. Total RNA was extracted by Trizol, mRNA was amplified and 35 samples were hybridized against a microarray with 4.800 features. Statistical and mathematical tools were employed for the identification of molecular signatures that could be predictors of therapeutic response. Patients were followed-up from 3 to 5 years. Concurrent treatment with paclitaxel and cisplastin plus radiotherapy lead to completed response (CR) in 60% of patients. CR was associated with a significant improvement in disease-free survival and overall survival rates. W e identified 4 trios and 27 quartets o f genes that could precisely predict responsiveness. After using a cross validation analysis (leave-one out analysis) all trios and quartets were able to reproduce the classification of the samples with 100% precision. Finally, we identified correlation alteration in the expression of genes grouped together according to metabolic pathways when samples of responders and non-responders were compared. In the future, these analyses might contribute to the understanding o f the molecular mechanisms relevant to the success of the proposed treatment. Our data demonstrate that the molecular classifiers described herein could be applied to patients prior to treatment in order to select patients for chemoradiotherapy or surgical treatment of locally advanced SCC o flarynx or hypopharynx

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O Projeto Genoma Clínico foi uma das extensões do Projeto Genoma do Câncer e teve como objetivo coletar amostras de 8 tipos tumorais (Osteossarcoma, Mieloma Multiplo, Leucemia Linfóide Aguda da infância, Carcinoma epidermóide do esôfago, Adenocarcinoma do estômago, Adenocarcinoma de cólon e reto, Astrocitomas e Carcinoma epidermóide de cabeça e pescoço) e estocá-las em um Banco de Tumores. Os astrocitomas representam as neoplasias primárias mais comuns do Sistema Nervoso Central, e são histologicamente classificados como: astrocitoma pilocítico (grau I), astrocitoma difuso (grau II), astrocitoma anaplásico (grau III) e glioblastoma (grau IV). O diagnóstico molecular pode se tornar uma ferramenta importante para auxiliar a classificação dos gliomas, pois, devido à heterogeneidade do tumor, o material analisado pelo patologista muitas vezes não é representativo, dificultando o diagnóstico e classificação. Sendo assim, um dos objetivos do Projeto Genoma Clínico foi a identificação de genes diferencialmente expressos em astrocitomas que pudessem ser úteis como possíveis marcadores diagnósticos e como prováveis fatores preditivos de prognóstico. Por esses motivos, o presente trabalho, (o qual é um subprojeto do Projeto Piloto Genoma Clínico) teve a finalidade de identificar genes diferencialmente expressos em astrocitomas através da análise de bibliotecas de SAGE provenientes de glioblastomas e tecido cerebral não-neoplásico e validar esta expressão diferencial em amostras de astrocitomas através de PCR em tempo real. A análise de SAGE permitiu a identificação de 242 genes diferencialmente expressos. Treze destes genes foram selecionados para terem sua expressão diferencial avaliada por meio de PCR em tempo real em amostras de pacientes, sendo que, quatro deles (CHI3L1, NRGN, OLFM1 e TPM2) foram avaliados no Laboratório de Genética do Câncer ­ ILPC. O gene CHI3L1 apresentou um aumento de expressão em 59% (17/29) das amostras de astrocitomas, enquanto que, os genes NRGN e OLFM1 apresentaram uma diminuição da expressão em 90% (26/29) e 59% (17/29) das amostras estudadas, respectivamente, em relação a um pool de amostras normais. Também foi demonstrado que o nível de expressão do gene NRGN em tecido pulmonar normal é de cerca de 25% daquele apresentado no cérebro normal, enquanto que, em outros tecidos normais (mama, bexiga e cólon) o nível de expressão deste gene foi cerca de 7% do nível apresentado no cerebro normal. Em linhagens celulares tumorais de cólon, este gene apresentou um nível de expressão similar ao observado no tecido normal de cólon e nas demais linhagens celulares avaliadas houve sempre uma redução do nível de expressão deste gene em realação aos tecidos normais correspondentes. O gene OLFM1 mostrou, em todos os tecidos normais avaliados (pulmão, mama, bexiga e cólon) um nível de expressão inferior a 5% daquele observado em cerebro normal. O nível de expressão deste gene nas linhagens celulares tumorais avaliadas foi sempre menor do que nos tecidos normais correspondentes. Foram identificadas ilhas de CpG nas regiões promotoras de ambos os genes e o tratamento de três linhagens celulares tumorais (A172, T98G e H1299) com 5-Aza-dC, um conhecido agente desmetilante, foi capaz de promover um aumento de 1,8 a 15,9 vezes no nível de expressão destes genes. Entretanto, não foi possível estabelecer uma correlação entre a diminuição no nível de expressão dos genes NRGN e OLFM1 e a hipermetilação de suas regiões promotoras, pois a maioria dos dinucleotídeos CpGs situados no promotor destes genes não se encontra metilada.

The Clinical Genomics Project, one of the Cancer Genomics Project extensions, had the purpose of collecting samples of eight tumor types (Osteosarcoma, Multiple Myeloma, Acute Linfoid Leukemia of childhood, Epidermoid Carcinoma of the Esophagus, Stomach Adenocarcinoma, Colorectal Adenocarcinoma, Astrocytomas and Head and Neck Epidermoid Carcinoma) and stock them in a tumor bank. Astrocytomas are the most frequent primary neoplasms of Central Nervous System and they are classified as: pilocytic astrocytomas (grade I), diffuse astrocytomas (grade II), anaplastic astrocytomas (grade III) and glioblastomas (grade IV). The molecular diagnostic could be an important tool to glioma classification because frequently the sample analysed by the pathologist is not tumour representative, bringing difficulties for the diagnossis and classification. For this reason, one of the aims of the Clinical Genomics Pilot Project was the identification and evaluation of molecular markers for diagnostic, predictive or prognostic value and also therapeutic targets in astrocytomas. For these reasons, this work, which is a subproject of Clinical Genomics Pilot Project, had the purpose of identifying differentially expressed genes through the analysis of glioblastomas and normal brain SAGE libraries and validadte them in tumor samples. The SAGE analysis allowed the identification of 242 differentially expressed genes. Thirteen genes were selected to have the differential expression confirmed by Real Time PCR in patient samples. Four of these thirteen genes (CHI3L1, NRGN, OLFM1 e TPM2) were validated in the Laboratory of Cancer Genetics ­ ILPC. CHI3L1 showed a significant overexpression in 59% (17/29) of astrocytoma samples tested. NRGN and OLFM1 were found to be underexpressed in 90% (26/29) and 59% (17/29) of the samples analyzed, respectively. The next step was to investigate if NRGN and OLFM1 were also under expressed in non-neoplasm tissue of lung, breast, bladder, colon and brain and in different tumor cell lines. The expression level of NRGN gene in normal lung tissue was about 25% of the expression in normal brain tissue and in the other normal tissues analyzed (breast, bladder and colon) the expression level observed was arround 7% of that one determined in normal brain tissue. The NRGN gene showed a similar expression level in tumour colon cell lines and in normal colon tissue. However, this gene showed a reduction in the expression levels in the other cell lines evaluated when compared to corresponding normal tissues. The OLFM1 gene showed an underexpression (below 5%) in all normal tissues analyzed in comparison to normal brain tissue. The expression level of this gene in the tumour cell lines evaluated was always lower than the expression level in the corresponding normal tissues. CpGs islands were identified in the promoter regions of NRGN and OLFM1 genes and three tumour cell lines (A172, T98G and H1299) were submitted to 5-Aza-dC treatment .An induction of expression (1.8 to 15.9 folds) was detected for both genes in all the cell lines analyzed. Nevertheless, the association between the under expression of NRGN e OLFM1 and CpG island hipermethylation in their promoter region could not be established because the CpGs dinucleotides evaluated in these gene promoters were unmethylated.

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O tumor de Wilms (TW) é uma neoplasia morfologicamente complexa com 3 componentes histologicamente distintos encontrados em diferentes proporções: blastematoso, epitelial e estromal. A tumorigênese dos TW é de grande complexidade. Cada componente representa um estágio de desenvolvimento diferente do rim embrionário e possui características próprias de agressividade e resposta a tratamento. Os arranjos observados envolvendo os três componentes parecem recapitular estágios diferentes da embriogênese renal e estão presentes em proporções variáveis com diversidade de arranjo arquitetura! e graus de diferenciação. Alguns eventos histológicos e biológicos têm sido sugeridos como capazes de desencadear ou manter a tumorigênese, entretanto as etapas desse mecanismo ainda são desconhecidas. WT1 é um gene que foi envolvido na tumorigênese de alguns casos de TWs e é importante para o desenvolvimento do trato genitourinário.Para melhor compreensão da biologia do TW, analisamos a expressão gênica de cada componente separadamente através de cDNA microarray. A casuística inclui 4 amostras de componente blastematoso, 5 amostras de componente epitelial e 3 amostras de componente estromal. As amostras foram congeladas logo após a cirurgia e microdissecadas por bisturi ou laser. O RNA total extraído foi submetido à amplificação, marcado e hibridizado em lâmina contendo 4608 seqüências de ORESTES originadas do Projeto Genoma do Câncer, representando diferentes genes humanos. Todas as amostras foram marcadas em duplicata, invertendo o fluoróforo, e co-hibridizadas com um RNA referência. Após a hibridização, os dados foram capturados e normalizados. Foram considerados genes diferencialmente expressos aqueles que tiveram pelo menos duas vezes de diferença de expressão e p menor que 0,01, comparando-se os componentes 2 a 2. A comparação entre os 3 componentes mostrou que eles têm perfis de expressão gênica diferentes, sendo que ao se observar o número de genes diferencialmente expressos entre eles, o componente blastematoso mostrou-se mais distinto do componente estromal do que do componente epitelial, e essa diferença é menor entre os componentes estromal e epitelial. Esses genes são capazes de discriminar o componente blastematoso do estromal, e o componente epitelial é discriminado na provável dependência do tratamento da amostra. Analisando as vias de sinalização celular, 54 genes da via WNT estão representados na lâmina e 12 deles estão diferencialmente expressos entre os componentes e são capazes de discriminar os diferentes componentes dos TWs. As 4 isoformas de WT1 foi analisado mostrando que não há nenhum padrão característico de cada componente, sendo que as diferenças apresentadas nos padrões são dependentes do indivíduo e não do componente do tumor.

Wilms tumors (WT) are morphologically complex neoplasm with 3 distinct histological components: blastemal, epithelial and stromal, which are found in different proportions. Each component represents a different stage of the kidney embryonic development and it has its own characteristic of aggressiveness and response to chemotherapy. WT have been considered a prototype for arrested cellular differentiation in human cancer. Previous assessments of the WT have relied on histology and few selected markers. WT1 is a gene important to genito-urinary tract and it has been involved in some WT cases. To better understand the WT biology, we analysed the gene expression pattern of each component individually using the microarray (MA) experiment. Components were selected from 12 frozen tumors (4 blastemal components, 5 epithelial components and 3 stromal components.) They were scalpel or laser capture microdissected and total RNA was extracted and amplified in two rounds using T? based technology. eMA was performed on a customized cDNA platform containing 4,608 ORESTES representing different human genes. lt was used reference design with dye swap as dupricate. Fluorescent intensities of Cy5 and Cy3 channels on each sl\de were subjected to spot filtering and normalization. Permuted Student test was used for statistical analysis in arder to determine the p-value for the expression of each individual gene in the different analyzed class. lt was considered as differentially expressed genes those which expression levei was at least 2 fold and p value lower than 0.01 between groups. Comparing the 3 components, each of them has an specific molecular profiling, and considering only the differentially expressed genes, blastemal component showed to be more different of the stromal component than of epithelial component, and this difference is smaller between blastemal and epithelial components. Deregulated genes of the comparisons were able to discriminate the blastemal component from the stromal component and the epithelial component showed to be similar to both others depending on treatment of the samples. Fifty-four WNT signaling pathway genes presented in the platform were analyzed among the different components and 12 of them showed to be differently regulated, being capable of discriminate the components Analyses of 4 variants of WT1 was dane in each component showing that the variants profiling is dependent on the tumors and not of the components tumor.

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O câncer de mama é a neoplasia mais freqüente que acomete as mulheres do mundo todo. Embora exista um considerável progresso no diagnóstico precoce e no tratamento desse tipo de tumor, a mortalidade por essa doença ainda permanece relativamente alta. Tumores de mama com aparentemente o mesmo tipo histológico e estadiamento variam amplamente em sua resposta às terapias disponíveis. A identificação de genes diferencialmente expressos no câncer de mama em relação ao tecido ao normal é de extrema importância para o entendimento da biologia do processo de tumorigênese e na identificação de novos potenciais marcadores de diagnóstico, prognóstico e no desenvolvimento de alvos terapêuticos. Neste trabalho, a análise do perfil da expressão gênica por meio de utilização dos dados disponibilizados pelo banco de SAGE resultou na identificação de 175 genes, os quais apresentaram um aumento da expressão de pelo menos quatro vezes em relação ao tecido normal. Levando-se em consideração a função celular, o processo biológico em que o gene está envolvido, a disponibilidade de anticorpos comerciais, e a localização celular, 19 genes (ALPPL2, BIRC5, CAD, CELSR2, CTSF, DGCR6, EFNA4, EI24, FN3KR3, GATA3, GATA4, HMG20B, PTPRF, QSCN6, SCARB2, STARD10, ZC3HDC1, KIAA0141 e KIF22) foram selecionados para terem sua expressão diferencial avaliada por meio de RT-PCR em tempo real em vinte e duas amostras de tecidos tumorais de mama, em estágio inicial de desenvolvimento da doença (menores do que dois centímetros) e em uma mistura de amostras não tumorais. A quantificação da expressão desses genes revelou que dez deles (ALPPL2, CELSR2, FN3KR3, GATA3, GATA4, HMG20B, QSCN6, SCARB2, STARD10 e ZC3HDC1) apresentaram-se com aumento da expressão de pelo menos duas vezes em mais de 25% das amostras testadas, em relação à mistura de tecidos normais. Os genes ALPPL2, CELSR2, GATA 3 e HMG20B, apresentaram aumento de expressão em mais de 50% das amostras analisadas. A correlação entre o aumento de expressão dos genes CELSR2, GATA3, GATA4 e KIAA0141 e a positividade para a imunodetecção de receptor de estrógeno se mostrou estatisticamente significativa (com valores de p iguais a: 0,0270; 0,0223 e 0,0146 e 0,0325, respectivamente). A associação entre a expressão do gene CELSR2 e a positividade para a imunodetecção do receptor de progesterona se mostrou estatisticamente significativa (p=0,0278). Os resultados apresentados no presente estudo demonstraram que a estratégia de escolha de genes a partir da análise de banco de dados públicos disponíves on line foi adequada, por terem sido validados como apresentando aumento de expressão por meio de RT-PCR em tempo real mais da metade dos genes selecionados nas amostras analisadas. Embora os resultados obtidos forneçam indícios de uma provável correlação entre o aumento da expressão dos genes e o processo de tumorigênese de mama, um estudo mais amplo, com um maior número de amostras será necessário para a confirmação dos achados.

Breast cancer is one o f the most common malignancies and the main cause of death among women. Although there have been a considerable progress on early diagnosis and treatment, the rates of mortality due to breast cancer among women remain still high. Breast cancer is characterized by an important histoclinical heterogeneity, which makes difficult the selection of the most appropriate treatment for each case. The identification of genes differentially expressed in breast cancer has important implications in understanding the biology of breast tumorigenesis and in the identification of new potential diagnostic and prognostic markers and in the development of therapeutic targets. Expression profiling using the public serial analysis of gene expression (SAGE) database resulted in the identification of 175 genes, which were at least 4 fold overexpressed in breast cancer SAGE libraries when compared to the normal breast SAGE libraries. Considering the cell function, biological processes in which the genes are involved, cell localization and the commercial availability of antibodies, 19 candidate genes (ALPPL2, BIRC5, CAD, CELSR2, CTSF, DGCR6, EFNA4, E/24, FN3KR3, GATA3, GATA4, HMG20B, PTPRF, QSCN6, SCARB2, STARDJO, ZC3HDCI, KJAA0141 e KIF22) were selected to have the differential expression tested by Real Time RT-PCR in 22 breast cancer samples smaller than two centimeters compared to a pool of normal breast tissues. Eleven of these genes (ALPPL2 , CELSR2, FN3KR3, GATA3 , GATA4, HMG20B, PTPRF, QSCN6, SCARB2, STARDIO and ZC3HDCJ) showed a significant overexpression o f at least 2 fold in more than 25% o f the breast tumor samples tested. The genes ALPPL2, CELSR2, GATA 3 e HMG20B were found overexpressed in more than 50o/o of the samples analyzed. The statistical analysis showed a significant correlation between the overexpression of the genes CELSR2 , GATA3, GATA4 and KIAAOI41 and the estrogen receptor immunodetection (the p values were 0.0270; 0.0223 , 0.0146, and 0.0325 , respectively). The association between the overexpression of CELSR2 and the progesterone receptor immunodetection was also statistically significant (p=0.0278). These preliminary results suggest that data mining of SAGE database seems to be an appropriate approach to identify differentially expressed genes in breast tumors. The results also suggest that these genes may be implicated in breast tumorigenesis, but further studies with larger series are needed to confirm our findings.

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