RESUMO
Resumen Se presentan los resultados obtenidos en los primeros meses desde la implementación del diagnóstico de agentes causales de infecciones de transmisión sexual (ITS) por PCR en tiempo real en un sistema automatizado. Se estudiaron 46 muestras endocervicales y 39 muestras de uretra masculina, por examen microscópico en fresco, coloración de Gram, cultivo en agar sangre, agar Thayer Martin, galerías miniaturizadas para investigar Ureaplasma spp. y Mycoplasma hominis (Mycoplasma IST3, bioMérieux, Francia) y PCR múltiple para Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis . Trichomonas vaginalis (BDMaxTM System, Becton Dickinson, EE.UU.). Mediante PCR múltiple se detectó un agente vinculado a ITS en el 48,7% de las muestras uretrales y en el 21,7% de las muestras endocervicales, además de 5 casos de coinfección. El 18,8% de las infecciones se diagnosticaron sólo por PCR. Estos datos demuestran que mediante PCR se optimizó el diagnóstico de ITS en personas de ambos sexos.
Abstract The results obtained in the first months after the implementation of the diagnosis of causative agents of sexually transmitted infections (STIs) by real- time PCR in an automated system are presented. Forty-six endocervical samples and 39 male urethral samples were studied by fresh microscopic examination, Gram staining, blood agar culture, Thayer Martin agar, miniaturised galleries to investigate Ureaplasma spp. and Mycoplasma hominis (Mycoplasma IST3, bioMérieux, France), and multiplex PCR for Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis and Trichomonas vaginalis (BDMaxTM System, Becton Dickinson, USA). Using multiplex PCR, an agent linked to STIs was detected in 48.7% of the urethral samples and in 21.7% of the endocervical samples, in addition to 5 cases of coinfection. A total of 18.8% of the infections were diagnosed only by PCR. These data show that PCR optimised the diagnosis of STIs in people of both sexes.
Resumo São apresentados os resultados obtidos nos primeiros meses a partir da implementação do diagnóstico de agentes causadores de infecções sexualmente transmissíveis (ISTs) por PCR em tempo real em um sistema automatizado. Quarenta e seis amostras endocervicais e 39 amostras uretrais masculinas foram estudadas por exame microscópico fresco, coloração de Gram, cultura de ágar sangue, ágar Thayer Martin, galerias miniaturizadas para investigar Ureaplasma spp. e Mycoplasma hominis (Mycoplasma IST3, bioMérieux, França) e PCR múltiplo para Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis e Trichomonas vaginalis (BDMaxTM System, Becton Dickinson, EUA). Utilizando PCR múltiplo, um agente ligado a IST foi detectado em 48,7% das amostras uretrais e em 21,7% das amostras endocervicais, além de 5 casos de coinfecção; 18,8% das infecções foram diagnosticadas apenas por PCR. Esses dados mostram que através do PCR foi otimizado o diagnóstico de IST em pessoas de ambos os sexos.
RESUMO
INTRODUCCIÓN: La meningitis bacteriana aguda (MBA) y la encefalitis son infecciones graves y el retraso en el tratamiento determina mayor morbimortalidad. En 2015 la FDA. aprobó un panel de RPC múltiple, BioFire® Filmarray® meningitis-encefalitis (FA-ME), que desde el 2019 se encuentra disponible en nuestro hospital. OBJETIVOS: Estimar número de determinaciones positivas mediante FA-ME, evaluar concordancia con cultivo convencional (CC) y describir si FA-ME permitió realizar cambios en el tratamiento. MATERIAL Y MÉTODOS: Estudio retrospectivo, descriptivo, realizado durante 2019-2021 en el Hospital de Niños Pedro Elizalde. Se revisaron reportes de niños con meningitis, encefalitis y meningoencefalitis y líquido-cefalorraquídeo patológico a quienes se les realizó FA-ME. RESULTADOS: Se incluyó a 32 niños, edad promedio: 48 meses. Fueron positivas 13 determinaciones de FA-ME: siete bacterias y seis virus. En dos MBA obtuvo desarrollo mediante CC. Con FA-ME se ajustó el tratamiento en dos MBA y se acortó el tratamiento intravenoso (IV). DISCUSIÓN: Nuestro trabajo permitió conocer la etiología de cinco MBA con cultivo negativo, de las cuales dos habían recibido antimicrobianos, administrar quimioprofilaxis a contactos epidemiológicos, acortar el tratamiento IV y suministrar menos dosis de aciclovir; en concordancia con la literatura médica. CONCLUSIONES: FA-ME permitió identificar la etiología en cinco MBA que no desarrollaron en CC, ajustar tratamientos empíricos inadecuados y acortar duración del tratamiento parenteral.
BACKGROUND: Bacterial meningitis and encephalitis are life-threatening infections, a delay in its treatment is associated with high mortality. In 2015, FDA approved the Multiplex PCR FilmArray™ meningitis/encephalitis syndromic panel (FA-MEP), and it is available in our hospital since 2019. AIM: To estimate the number of positive FA-MEP, to evaluate the correlation to conventional culture (CC) results and to describe if the FA-MEP technology allowed changes in the treatment. METHODS: Retrospective analysis of children with meningitis, encephalitis and meningoencephalitis and pathological cerebrospinal fluid analysis between 2019-2021, who were subject to FA-MEP testing at the Pedro Elizalde Children's Hospital. RESULTS: 32 children, mean age: 48 months. 11 patients had positive FA-ME tests: 7 bacterial, 6 viral. 2 patients correlated with CC. Based on the FAMEP results, treatment was adjusted in 2 bacterial meningitis and the duration of intravenous treatment was shortened. DISCUSSION: Our study allowed to establish the etiology of 5 culture negative bacterial meningitis, (2 had prior antibiotics), administer chemoprophylaxis to close contacts, and to administer fewer doses of acyclovir. CONCLUSIONS: The FA-MEP allowed us to identify 5 bacterial meningitis that tested negative by CC and early adjustment of inappropriate empirical antibiotics and to shorten the duration of parenteral treatments.
Assuntos
Humanos , Lactente , Pré-Escolar , Meningoencefalite/diagnóstico , Meningoencefalite/microbiologia , Bactérias/isolamento & purificação , Vírus/isolamento & purificação , Aciclovir/uso terapêutico , Estudos Retrospectivos , Reação em Cadeia da Polimerase Multiplex , Meningoencefalite/etiologia , Meningoencefalite/tratamento farmacológico , Anti-Infecciosos/uso terapêuticoRESUMO
A multiplex PCR method was developed for the simultaneous detection of murine norovirus (MNV-1) as a surrogate for human norovirus (HuNoV) GI and GII, Salmonella spp., Shigella spp., and Shiga toxin producing Escherichia coli (STEC) in fresh produce. The toxicity of the glycine buffer on bacterial pathogens viability was evaluated. The growth of each of the three pathogens (previously stressed) was evaluated at 35 and 41.5 °C in modified buffered peptone water (mBPW) and trypticase soy broth (TSB), supplemented with vancomycin, novobiocin and brilliant green at two concentration levels. The selected conditions for simultaneous enrichment were: 41.5 °C/mBPW/supplemented with 8 ppm vancomycin, 0.6 ppm novobiocin and 0.2 ppm brilliant green. The pathogens and aerobic plate count (APC) growth was evaluated in the enrichment of lettuce, coriander, strawberry and blackberry under the best enrichment conditions. Starting from 1 to 10 CFU/mL, Salmonella reached from 7.63 to 8.91, Shigella 6.81 to 7.76 and STEC 7.43 to 9.27 log CFU/mL. The population reached for the APC was 5.11-6.56 log CFU/mL. Simultaneous detection by PCR was done using designed primers targeting invA, ipaH, stx1 and stx2 genes, and MNV-1. The detection sensitivity was 10-100 PFU for the MNV-1 and 1-10 CFU for each pathogenic bacteria. This protocol takes 6 h for MNV-1 and 24 h for Salmonella spp., Shigella spp., and STEC detection from the same food portion. In total, 200 samples were analyzed from retail markets from Queretaro, Mexico. Two strawberry samples were positive for HuNoV GI and one lettuce sample was positive for STEC. In conclusion, the method developed in this study is capable of detecting HuNoV GI and GII, Salmonella spp., Shigella spp and STEC from the same fresh produce sample.
Assuntos
Coriandrum , Contaminação de Alimentos/análise , Microbiologia de Alimentos/métodos , Fragaria , Lactuca , Rubus , Coriandrum/microbiologia , Coriandrum/virologia , Fragaria/microbiologia , Fragaria/virologia , Frutas/microbiologia , Frutas/virologia , Lactuca/microbiologia , Lactuca/virologia , Reação em Cadeia da Polimerase Multiplex , Norovirus/isolamento & purificação , Novobiocina , Rubus/microbiologia , Rubus/virologia , Salmonella/isolamento & purificação , Escherichia coli Shiga Toxigênica/isolamento & purificação , Shigella/isolamento & purificação , VancomicinaRESUMO
Se evaluó la implementación del método de PCR múltiple FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, EE.UU.) en 21 niños con infección respiratoria aguda baja, 3 con meningoencefalitis, y un caso de sepsis. Se registraron el tiempo de demora hasta obtener el resultado y adecuar el tratamiento, los días de internación, los patógenos detectados y el costo de la incorporación de esta metodología. En los niños estudiados con FilmArrayTM el resultado estuvo disponible a los 90 minutos desde la toma de la muestra. Se detectaron patógenos no demostrados por los métodos disponibles, como Rhinovirus, además de diagnosticar coinfección viral; el tiempo promedio de estadía resultó 5 días. Se estimó reducir un 40% el costo global de internación. La implementación de FilmArrayTM resultó sencilla y se pudo incorporar a la sistemática de trabajo. Si bien esta experiencia incluyó un bajo número de pacientes, aportó información que demuestra el potencial de esta metodología para un mejor manejo del paciente crítico.
The implementation of multiple PCR FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, USA) for 21 children with low acute respiratory infection, 3 with meningoencephalitis, and 1 case of sepsis was evaluated. Delay time until the result was obtained and the treatment adapted, hospitalization days, pathogens detected and the cost of incorporating this methodology were all recorded. In the children studied with FilmArrayTM the result was available 90 minutes after the sample was taken. Pathogens were not demonstrated by the available methods, such as Rhinovirus, apart from diagnosing viral coinfection, the average length of stay was 5 days. It was estimated to reduce the overall cost of hospitalization by 40%. The implementation of FilmArrayTM was simple and could be incorporated into the work system. Although this experience included a low number of patients, it provided information that demonstrates the potential of this methodology for better management of the critical patient.
Foi avaliada a implementação do método de PCR múltiplo FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, EUA) em 21 crianças com infecção respiratória aguda baixa, 3 com meningoencefalite e um caso de sepse. O tempo de atraso foi registrado até a obtenção do resultado e a adaptação do tratamento, dias de internação, patógenos detectados e o custo da incorporação dessa metodologia. Nas crianças estudadas com o FilmArrayTM, o resultado ficou disponível 90 minutos após a coleta da amostra; foram detectados os patógenos não demonstrados pelos métodos disponíveis, como o Rinovírus, além de diagnosticar a coinfecção viral; o tempo médio de permanência foi de 5 dias. Foi estimado reduzir o custo total da hospitalização em 40%. A implementação do FilmArrayTM foi simples e pôde ser incorporada à sistemática de trabalho. Embora essa experiência tenha incluído um número de pacientes baixo, forneceu informações que demonstram o potencial dessa metodologia para um melhor gerenciamento do paciente crítico.
Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Recém-Nascido , Lactente , Pré-Escolar , Criança , Rhinovirus , Infecções Bacterianas/complicações , Reação em Cadeia da Polimerase/métodos , Infecções/diagnóstico , Meningoencefalite , Pediatria/métodos , Terapêutica , Reação em Cadeia da Polimerase , Custos e Análise de Custo , Metodologia como Assunto , Hospitalização , Infecções , Tempo de Internação , MétodosRESUMO
Introducción: staphylococcus aureus está asociado con graves enfermedades sistémicas causadas por superantígenos (toxinas pirogénicas y exfoliativas). Métodos: 100 aislamientos clínicos de S. aureus se identificaron por método automatizado y PCR, la prevalencia de genes de superantígenos por PCR múltiple y las correlaciones mediante la prueba exacta de Fischer. Resultados: en 38 aislamientos se observó que la prevalencia de los genes de enterotoxinas, toxina del síndrome de choque tóxico y toxinas exfoliativas fue 44%, 7% y 4%, respectivamente. La única correlación significativa (p = 0,045) fue entre la presencia de los genes de superantígenos y los aislamientos hospitalarios. Conclusiones: existe una alta prevalencia de genes de enterotoxinas y una baja de genes de toxinas exfoliativas y del síndrome de choque tóxico en aislamientos de S. aureus en esta población. Esta es la primera investigación que presenta datos de prevalencia de superantígenos en Colombia, y proporciona nueva información para América Latina.
Introduction: staphylococcus aureus is associated with serious systematic diseases caused by super antigens (pyogenic and exfoliating toxins). Methods: 100 clinical isolations for S. Aureus were identified by automatic methods and PCR, the prevalence of super antigen genes by multiple PCR and the correlations thru the Fischer exact test. Results: 38 isolation cases were observed and the prevalence of the enterotoxin genes, toxins of the syndrome of toxic shock and exfoliating toxins was 44%, 7% and 4% respectively. The only significant correlation found (p=0.045) was between the presence of the super antigen genes and the clinical isolations. Conclussion: there is a high prevalence of enterotoxin genes and a low prevalence of exfoliating genes and the syndrome of toxic shock in isolation of S.Aureus in this population. This is the first investigation that yields data of prevalence of super antigens in Colombia and provides new information for Latin America.
Introdução: staphylococcus aureus está associado a graves enfermidades sistêmicas causadas por superantígenos (toxinas pirogênicas e esfoliativas). Métodos: cem isolamentos clínicos de S. aureus foram identificados por método automatizado e PCR, a prevalência de penas de superantígenos por PCR múltiplos e correlações mediante a prova exata de Fischer. Resultados: em 38 isolamentos observou-se que a prevalência dos genes de en-terotoxinas, toxina da síndrome de choque tóxico e toxinas esfoliativas foi 44%, 7% e 4%, respectivamente. A única correlação significativa (p = 0,045) foi entre a presença dos genes de superantígenos e os isolamentos hospitalares. Conclusões: existe uma alta prevalência de genes de enterotoxinas e uma baixa de genes de toxinas esfoliativas e da síndrome do choque tóxico em isolamento de S. aureus nessa população. Esta é a primeira pesquisa que apresenta dados de prevalência de superantígenos na Colômbia e propicia nova informação para América Latina.