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Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

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Abstract Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

Resumo A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu subsequente sequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

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Abstract Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

Resumo A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu subsequente sequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

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Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.(AU)

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).(AU)

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Introducción: las aminas biógenas (AB) son compuestos nitrogenados que pueden formarse en carnes, pescados y productos cárnicos fermentados, por acción de microorganismos como bacterias ácido-lácticas, Enterobacteriaceae, Enterococci, Staphylococcus spp., Pseudomonas y otros, principalmente mediante descarboxilación enzimática. Altas concentraciones indican deterioro de la calidad del alimento y se relacionan con efectos nocivos para la salud. Lo anterior, ha generado la necesidad de desarrollar métodos de detección rápida, económica y sencilla, que demuestre la importancia de establecer las cantidades máximas de cada AB permitidas y a su vez genere la necesidad de desarrollar estrategias que permitan la inhibición y/o reducción de su formación. Objetivo: Mostrar información actualizada sobre el contenido de AB en carnes, pescados y productos cárnicos fermentados, los microorganismos principales que intervienen en su formación, el efecto del consumo para la salud, los métodos de detección y las estrategias actuales para prevenir su formación. Metodología: se realizó una búsqueda bibliográfica en ScienceDirect, Scielo, PubMed, SpringerLink y Clinicalkey. Se seleccionaron artículos en español e inglés publicados entre los años 2018-2023. Resultados: el consumo excesivo de AB tiene efectos nocivos para la salud que incluyen intoxicaciones, crisis hipertensivas, citotoxicidad in vitro y formación de compuestos cancerígenos; sin embargo, las regulaciones que determinan las cantidades máximas permitidas de AB en alimentos son limitadas. Debido a esto, surge la necesidad de desarrollar métodos rápidos, sensibles, asequibles y económicos para su detección, como biosensores enzimáticos y nanoenzimas; además, cobran relevancia los métodos para reducir su formación con resultados prometedores tras el uso de algunos compuestos bioactivos y cultivos iniciadores.

Introduction: Biogenic amines (BA) are nitrogenous compounds that can form in meat, fish, and fermented meat products due to the enzymatic decarboxylation caused by microorganisms like lactic acid bacteria, Enterobacteriaceae, Enterococci, Staphylococcus spp, Pseudomonas, among others. High concentrations of BA indicate food deterioration and are associated with adverse health effects. Therefore, there is a need to develop rapid, affordable, and simple detection methods to establish the maximum allowable amounts of each BA. Additionally, strategies for inhibiting and reducing its formation are necessary. Objective: The objective is to present updated information about the content of BA in meat, fish, and fermented meat products, identify the main microorganisms involved in their formation, explore the effects of consumption on health, review current detection methods, and evaluate the current strategies for preventing their formation. Methodology: A bibliographic search on various databases including ScienceDirect, Scielo, PubMed, SpringerLink, and Clinicalkey was conducted. Articles published in Spanish and English between 2018-2023 were selected for analysis. Results: Excessive consumption of BA has harmful health effects including poisoning, hypertensive crises, in vitro cytotoxicity, and carcinogenic compounds formation. However, regulations on the maximum allowable concentrations of BA in food are limited. Therefore, it is necessary to develop fast, sensitive, affordable, and economical detection methods, such as enzymatic biosIntroduction: Biogenic amines (BA) are nitrogenous compounds that can form in meat, fish, and fermented meat products due to the enzymatic decarboxylation caused by microorganisms like lactic acid bacteria, Enterobacteriaceae, Enterococci, Staphylococcus spp, Pseudomonas, among others. High concentrations of BA indicate food deterioration and are associated with adverse health effects. Therefore, there is a need to develop rapid, affordable, and simple detection methods to establish the maximum allowable amounts of each BA. Additionally, strategies for inhibiting and reducing its formation are necessary. Objective: The objective is to present updated information about the content of BA in meat, fish, and fermented meat products, identify the main microorganisms involved in their formation, explore the effects of consumption on health, review current detection methods, and evaluate the current strategies for preventing their formation. Methodology: A bibliographic search on various databases including ScienceDirect, Scielo, PubMed, SpringerLink, and Clinicalkey was conducted. Articles published in Spanish and English between 2018-2023 were selected for analysis. Results: Excessive consumption of BA has harmful health effects including poisoning, hypertensive crises, in vitro cytotoxicity, and carcinogenic compounds formation. However, regulations on the maximum allowable concentrations of BA in food are limited. Therefore, it is necessary to develop fast, sensitive, affordable, and economical detection methods, such as enzymatic biosensors and nanoenzymes. Furthermore, strategies to reduce BA formation are promising, with the use of certain bioactive compounds and starter cultures showing positive resultsensors and nanoenzymes. Furthermore, strategies to reduce BA formation are promising, with the use of certain bioactive compounds and starter cultures showing positive results.

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RESUMEN Las resinas compuestas dentales fueron introducidas en la primera mitad del siglo XX como una avance mecánico- estético en el campo de la odontología restauradora, en respuesta a los silicatos, que hasta aquel entonces era el material restaurador de primera elección, dentro de su composición, posee una matriz orgánica formada por Bis- GMA y otros monómeros de dimetacrilato (TEGMA, UDMA, siloranos), que son susceptibles a la pigmentación de sustancias extrínsecas, en diferente grado , las bebidas más comunes como vino tinto, té, café y bebidas azucaradas Objetivo: Revisar y analizar la literatura disponible que responda a la pregunta ¿Cuáles son los factores extrínsecos más comunes que causan pigmentación de las resinas compuestas?

ABSTRACT Dental composite resins were introduced in the first half of the 20th century as a mechanical-aesthetic advance in the field of restorative dentistry, as a response to silicates, which at that time was the first choice restorative material, composite resin contains a matrix of organic made up of Bis-GMA and other dimethacrylate monomers (TEGMA, UDMA, silorans) doing them susceptible to pigmentation with extrinsic substances, in this case drinks, such as red wine, tea and coffee are the main cause of the pigmentation of resins. Objective: To Review and analyze the available literature that answers the question: what are the most common extrinsic factors that cause pigmentation of composite resins?

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This study was aimed to determine and compare the chemical and microbiological properties of yoghurts made from different types of milk and their mixtures (35%, 65%, and 100%) during their storage at 4 °C for 28 days. For this purpose, chemical and microbiological properties of yoghurts during storage at 4 °C for 28 days were investigated. The total amount of dry matter, fat, pH and protein of yoghurt made from the buffalo and cow milk mixtures was significantly higher than that of pure buffalo milk (P<0.01). Also, storage time has led to significant differences in these components. Considering the results of microbiological analysis, a significant (P<0.01) difference was found between yoghurt samples in terms of total count of mesophilic aerobic bacteria, lactobacilli, lactococcus and yeast and mould. Hence, it is concluded that the addition of buffalo milk to that of cow improves the composition of yoghurt made from cow milk, which indicated the possibilities of processing and marketing of both types of milk especially because the health benefits of cow milk and the fermented products are well documented(AU)

El objetivo de este estudio fue determinar y comparar las propiedades químicas y microbiológicas de los yogures hechos con diferentes tipos de leche y sus mezclas (35%, 65% y 100%) durante su almacenamiento a 4° C por 28 días. La cantidad total de materia seca, grasa, pH y proteínas del yogur hecho con las mezclas de leche de búfala y vaca fue significativamente mayor que la de la leche de búfala pura (P <0.01). Además, el tiempo de almacenamiento generó diferencias significativas en estos componentes. De acuerdo con los resultados del análisis microbiológico, se encontró una diferencia significativa (P<0.01) entre las muestras de yogur en términos de bacterias mesófilas aerobias totales, lactobacilos, lactococcus y recuentos totales de levadura y mohos. Por lo tanto, se concluye que la adición de leche de búfala a la de vaca mejora la composición del yogur hecho de leche de vaca, lo que indica las posibilidades de procesamiento y comercialización de ambos tipos de leche, especialmente porque los beneficios para la salud de la leche de vaca y de los productos fermentados están bien documentados(AU)

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ntroducción: El sistema del complemento puede ser activado por tres vías: clásica, alternativa y de las lectinas, esta última en fase de estudio para su completamiento. Objetivo: Describir hasta donde se ha avanzado en la construcción de la vía de las lectinas, sus iniciadores, activadores, reguladores, cascada enzimática y sus funciones biológicas. Metodología: Se realizó una revisión sobre el tema en estudio empleando artículos de libre acceso en la base de datos Pubmed y los trabajos publicados por el grupo de trabajo de la Universidad de Goettigen, la Universidad de Aarhus en Dinamarca y el Laboratorio Central de Líquido Cefalorraquídeo (LABCEL) de la Universidad de Ciencias Médicas de La Habana en los últimos cinco años comprendidos en el período de enero de 2012 a marzo del 2017. Desarrollo: Los iniciadores de la vía de las lectinas son las moléculas de reconocimiento colectinas y ficolinas circulantes en sangre, que participan en muchos procesos del organismo. Los activadores de esta vía son las MASP 1, 2 presentes como proenzimas; y la MASP 3, MAp 19 y 44 actúan como reguladoras. La cascada enzimática luego del reconocimiento es similar a la ruta clásica. Conclusiones: Las colectinas y ficolinas inician la vía de las lectinas. Sus activadores son las MASP 1, 2. Los reguladores son la MASP-3, y las MAp 19 y 44. Similar a la clásica en su cascada enzimática. Es la más antigua en la filogenia por eso participa en muchos procesos en el organismo(AU)

Introduction. The complement system can be activated in three ways: classical, alternative and lectins, the latter in the study phase for its completion. Objective. To describe the progress made in the construction of the lectin pathway, its initiators, activators, regulators, enzymatic cascade and its biological functions. Methods. A review was made on the subject under study using articles of free access in the Pubmed database and the works published by the working group of the University of Goettigen, the University of Aarhus in Denmark and the Central Laboratory of Cefalorraquìdeo liquid (LABCEL) of the University of Medical Sciences of Havana in the last five years included in the period from January 2012 to March 2017. Development. The initiators of the lectin pathway are the collectin recognition molecules and circulating ficolins in blood, which participate in many processes of the organism. The activators of this pathway are MASP 1, 2 present as proenzymes; and MASP 3, MAp 19 and 44 act as regulators. The enzymatic cascade after recognition is similar to the classical route. Conclusions. Collectins and ficolines initiate the lectin pathway. Its activators are MASP 1, 2. The regulators are MASP-3, and MAp 19 and 44. Similar to the classic in its enzymatic cascade. It is the oldest in phylogeny so it participates in many processes in the body.(AU)

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Este estudo teve como objetivo padronizar a identificação das amostras de espécies de Candida albicans e não-albicans por meio da técnica molecular da reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex Os isolados foram obtidos de um estudo prévio, no qual foram realizados os procedimentos de coleta, isolamento e identificação das espécies de Candida de indivíduos HIV positivos e controle. Foram realizadas provas fenotípicas como a produção de clamidoconídeos e formação de tubo germinativo e pelo sistema de identificação API 20 C AUX. Para a identificação molecular de cada espécie foram utilizadas cepas ATCC e controle positivo. Os isolados foram semeados em caldo Sabouraud dextrose e incubados à 37 ºC por 24 h. Foi realizada a extração, quantificação e purificação do DNA. A amplificação do DNA foi realizada por iniciadores específicos para a identificação de C. albicans, C. parapsilosis, C. glabrata, C. dubliniensis, C. tropicalis, C. krusei e C. guilliermondii. A presença e o comprimento dos fragmentos amplificados foram analisados em gel de agarose com brometo de etídio e visualizadas em luz ultra-violeta. Um total de 104 amostras previamente identificadas pelo API foram identificadas pela PCR multiplex e os resultados mostraram que apenas 14,4% estavam em discordância com o método fenotípico, dentre elas, dez amostras de C. albicans, duas de C. glabrata, uma de C. parapsilosis e duas de C. tropicalis. As amostras em discordância foram semeadas em meio cromogênico para Candida para confirmação da PCR multiplex. Os procedimentos de identificação fenotípicas geraram um custo aproximado de R$82,00 por amostra. PCR multiplex teve um gasto de aproximadamente R$8,00 por amostra e o tempo gasto na técnica molecular levou aproximadamente 8 h, já a identificação por métodos clássicos e bioquímicos podem exigir até 72 h. Concluimos que a PCR multiplex é um método preciso, fácil, econômico e rápido para a identificação destas espécies

This study aimed to standardize sample identification of Candida albicans and non-albicans species by polymerase chain reaction of molecular (PCR) multiplex The isolates were obtained from a previous study, in which the procedures were performed collection, isolation and identification of Candida species of HIV-infected individuals and control. Phenotypic tests such as chlamydospore production and germ tube formation and the identification system API 20 C AUX were performed. For the molecular identification of each species were used strains ATCC and positive control. The isolates were plated on Sabouraud dextrose broth and incubated at 37 °C for 24 h. Extraction, quantitation and purification of DNA was carried out. DNA amplification was performed with specific primers for the identification of C. albicans, C. parapsilosis, C. glabrata, C. dubliniensis, C. tropicalis, C. krusei and C. guilliermondii. The presence and length of the amplified fragments were analyzed on agarose gel with ethidium bromide and visualized under ultra-violet light. A total of 104 samples previously identified by API were identified by multiplex PCR and the results showed that only 14.4% were in disagreement with the phenotypic method, among them, ten samples of C. albicans, two C. glabrata, one C. parapsilosis, and two C. tropicalis. Samples in dissent were sown in chromogenic medium for Candida to confirm the PCR multiplex. The phenotypic identification procedures generated a cost of R$82.00 per sample. Multiplex PCR had a cost of about R$8.00 per sample and the time spent in molecular technique took about 8 h, since the identification by classical biochemical methods and may require up to 72 h. We conclude that the multiplex PCR method is an accurate, easy, economical and quick to identify these species

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Viability of Staphylococcus xylosus isolated from artisanal sausages for application as starter cultures in meat products Viability of Staphylococcus xylosus strains AD1 and U5isolated from natural fermented sausages was investigated as starter cultures in fermented sausages produced in the South Region of Brazil. The study demonstrated that the Staphylococcus xylosus strains AD1 and U5showed significant growth during fermentation, stability over freeze-dried process, negative reaction for staphylococcal enterotoxins and viability for using as a single-strain culture or associated with lactic acid bacteria for production of fermented sausages.

Investigamos a viabilidade de cepas de Staphylococcus xylosus (AD1 e U5) isoladas de embutidos com fermentação natural, para aplicação como cultivos iniciadores em embutidos fermentados produzidos na Região Sul do Brasil. O estudo demonstrou que cepas de Staphylococcus xylosus (AD1 e U5) apresentaram crescimento significativo durante a fermentação, estabilidade no processo de liofilização e conservação, ausência de produção de enterotoxinas e viabilidade para aplicação como cultivo iniciador simples ou associado com bactérias lácticas na elaboração de embutidos fermentados.

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Viability of Staphylococcus xylosus isolated from artisanal sausages for application as starter cultures in meat products Viability of Staphylococcus xylosus strains AD1 and U5isolated from natural fermented sausages was investigated as starter cultures in fermented sausages produced in the South Region of Brazil. The study demonstrated that the Staphylococcus xylosus strains AD1 and U5showed significant growth during fermentation, stability over freeze-dried process, negative reaction for staphylococcal enterotoxins and viability for using as a single-strain culture or associated with lactic acid bacteria for production of fermented sausages.

Investigamos a viabilidade de cepas de Staphylococcus xylosus (AD1 e U5) isoladas de embutidos com fermentação natural, para aplicação como cultivos iniciadores em embutidos fermentados produzidos na Região Sul do Brasil. O estudo demonstrou que cepas de Staphylococcus xylosus (AD1 e U5) apresentaram crescimento significativo durante a fermentação, estabilidade no processo de liofilização e conservação, ausência de produção de enterotoxinas e viabilidade para aplicação como cultivo iniciador simples ou associado com bactérias lácticas na elaboração de embutidos fermentados.