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1.
Int J Med Inform ; 190: 105525, 2024 Oct.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-39033722

RESUMO

BACKGROUND: Stroke management requires a coordinated strategy, adhering to clinical pathways (CP) and value-based healthcare (VBHC) principles from onset to rehabilitation. However, the discrepancies between these pathways and actual patient experiences highlight the need for ongoing monitoring and addressing interoperability issues across multiple institutions in stroke care. To address this, the Fast Healthcare Interoperability Resource (FHIR) Implementation Guide (IG) standardizes the information exchange among these systems, considering a specific context of use. OBJECTIVE: Develop an FHIR IG for stroke care rooted in established stroke CP and VBHC principles. METHOD: We represented the stroke patient journey by considering the core stroke CP, the International Consortium for Health Outcomes Measurement (ICHOM) dataset for stroke, and a Brazilian case study using the Business Process Model and Notation (BPMN). Next, we developed a data dictionary that aligns variables with existing FHIR resources and adapts profiling from the Brazilian National Health Data Network (BNHDN). RESULTS: Our BPMN model encompassed three critical phases that represent the entire patient journey from symptom onset to rehabilitation. The stroke data dictionary included 81 variables, which were expressed as questionnaires, profiles, and extensions. The FHIR IG comprised nine pages: Home, Stroke-CP, Data Dictionary, FHIR, ICHOM, Artifacts, Examples, Downloads, and Security. We developed 96 artifacts, including 7 questionnaires, 27 profiles with corresponding example instances, 3 extensions, 18 value sets, and 14 code systems pertinent to ICHOM outcome measures. CONCLUSION: The FHIR IG for stroke in this study represents a significant advancement in healthcare interoperability, streamlining the tracking of patient outcomes for quality enhancement, facilitating informed treatment choices, and enabling the development of dashboards to promote collaborative excellence in patient care.


Assuntos
Procedimentos Clínicos , Acidente Vascular Cerebral , Cuidados de Saúde Baseados em Valores , Humanos , Brasil , Registros Eletrônicos de Saúde , Interoperabilidade da Informação em Saúde , Acidente Vascular Cerebral/terapia , Cuidados de Saúde Baseados em Valores/organização & administração
2.
Front Med (Lausanne) ; 10: 1233220, 2023.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-37564037

RESUMO

Introduction: Leprosy reactions (LR) are severe episodes of intense activation of the host inflammatory response of uncertain etiology, today the leading cause of permanent nerve damage in leprosy patients. Several genetic and non-genetic risk factors for LR have been described; however, there are limited attempts to combine this information to estimate the risk of a leprosy patient developing LR. Here we present an artificial intelligence (AI)-based system that can assess LR risk using clinical, demographic, and genetic data. Methods: The study includes four datasets from different regions of Brazil, totalizing 1,450 leprosy patients followed prospectively for at least 2 years to assess the occurrence of LR. Data mining using WEKA software was performed following a two-step protocol to select the variables included in the AI system, based on Bayesian Networks, and developed using the NETICA software. Results: Analysis of the complete database resulted in a system able to estimate LR risk with 82.7% accuracy, 79.3% sensitivity, and 86.2% specificity. When using only databases for which host genetic information associated with LR was included, the performance increased to 87.7% accuracy, 85.7% sensitivity, and 89.4% specificity. Conclusion: We produced an easy-to-use, online, free-access system that identifies leprosy patients at risk of developing LR. Risk assessment of LR for individual patients may detect candidates for close monitoring, with a potentially positive impact on the prevention of permanent disabilities, the quality of life of the patients, and upon leprosy control programs.

3.
s.l; s.n; 2023. 10 p. graf, tab.
Não convencional em Inglês | Sec. Est. Saúde SP, SESSP-ILSLPROD, Sec. Est. Saúde SP, SESSP-ILSLACERVO, Sec. Est. Saúde SP | ID: biblio-1537426

RESUMO

Introduction: Leprosy reactions (LR) are severe episodes of intense activation of the host inflammatory response of uncertain etiology, today the leading cause of permanent nerve damage in leprosy patients. Several genetic and non-genetic risk factors for LR have been described; however, there are limited attempts to combine this information to estimate the risk of a leprosy patient developing LR. Here we present an artificial intelligence (AI)-based system that can assess LR risk using clinical, demographic, and genetic data. Methods: The study includes four datasets from different regions of Brazil, totalizing 1,450 leprosy patients followed prospectively for at least 2 years to assess the occurrence of LR. Data mining using WEKA software was performed following a two-step protocol to select the variables included in the AI system, based on Bayesian Networks, and developed using the NETICA software. Results: Analysis of the complete database resulted in a system able to estimate LR risk with 82.7% accuracy, 79.3% sensitivity, and 86.2% specificity. When using only databases for which host genetic information associated with LR was included, the performance increased to 87.7% accuracy, 85.7% sensitivity, and 89.4% specificity. Conclusion: We produced an easy-to-use, online, free-access system that identifies leprosy patients at risk of developing LR. Risk assessment of LR for individual patients may detect candidates for close monitoring, with a potentially positive impact on the prevention of permanent disabilities, the quality of life of the patients, and upon leprosy control programs.


Assuntos
Hanseníase/prevenção & controle , Inteligência Artificial , Teorema de Bayes , Hanseníase/complicações
4.
J Biomed Semantics ; 13(1): 13, 2022 05 08.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-35527259

RESUMO

BACKGROUND: The high volume of research focusing on extracting patient information from electronic health records (EHRs) has led to an increase in the demand for annotated corpora, which are a precious resource for both the development and evaluation of natural language processing (NLP) algorithms. The absence of a multipurpose clinical corpus outside the scope of the English language, especially in Brazilian Portuguese, is glaring and severely impacts scientific progress in the biomedical NLP field. METHODS: In this study, a semantically annotated corpus was developed using clinical text from multiple medical specialties, document types, and institutions. In addition, we present, (1) a survey listing common aspects, differences, and lessons learned from previous research, (2) a fine-grained annotation schema that can be replicated to guide other annotation initiatives, (3) a web-based annotation tool focusing on an annotation suggestion feature, and (4) both intrinsic and extrinsic evaluation of the annotations. RESULTS: This study resulted in SemClinBr, a corpus that has 1000 clinical notes, labeled with 65,117 entities and 11,263 relations. In addition, both negation cues and medical abbreviation dictionaries were generated from the annotations. The average annotator agreement score varied from 0.71 (applying strict match) to 0.92 (considering a relaxed match) while accepting partial overlaps and hierarchically related semantic types. The extrinsic evaluation, when applying the corpus to two downstream NLP tasks, demonstrated the reliability and usefulness of annotations, with the systems achieving results that were consistent with the agreement scores. CONCLUSION: The SemClinBr corpus and other resources produced in this work can support clinical NLP studies, providing a common development and evaluation resource for the research community, boosting the utilization of EHRs in both clinical practice and biomedical research. To the best of our knowledge, SemClinBr is the first available Portuguese clinical corpus.


Assuntos
Medicina , Processamento de Linguagem Natural , Registros Eletrônicos de Saúde , Humanos , Portugal , Reprodutibilidade dos Testes
5.
Rev Esc Enferm USP ; 54: e303569, 2020.
Artigo em Português, Inglês | MEDLINE | ID: mdl-32696939

RESUMO

This theoretical and reflective study aimed to assess the contribution of the ISO/TR 12300:2016 document for the mapping of nursing terminology. The referred document and related articles were used as an empirical framework. The study analyzed the content of the document, highlighting cardinality and equivalence principles. The standard presents conceptual and operational basis for mapping, with cardinality and equivalence as the support for the categorization of cross-terminology mapping in the area of nursing. Cardinality verifies candidate target terms to represent the source term, while the equivalence degree scale checks semantic correspondence. Among the principles included in the ISO/TR 12300:2016, cardinality and equivalence contribute to the accurate representation of the results of the cross-terminology mapping process and its use should decrease inconsistencies.


Assuntos
Terminologia Padronizada em Enfermagem , Interoperabilidade da Informação em Saúde , Humanos , Informática em Enfermagem , Semântica , Vocabulário Controlado
6.
Rev. Esc. Enferm. USP ; Rev. Esc. Enferm. USP;54: e303569, 2020. tab
Artigo em Inglês | BDENF - Enfermagem, LILACS | ID: biblio-1115155

RESUMO

Abstract This theoretical and reflective study aimed to assess the contribution of the ISO/TR 12300:2016 document for the mapping of nursing terminology. The referred document and related articles were used as an empirical framework. The study analyzed the content of the document, highlighting cardinality and equivalence principles. The standard presents conceptual and operational basis for mapping, with cardinality and equivalence as the support for the categorization of cross-terminology mapping in the area of nursing. Cardinality verifies candidate target terms to represent the source term, while the equivalence degree scale checks semantic correspondence. Among the principles included in the ISO/TR 12300:2016, cardinality and equivalence contribute to the accurate representation of the results of the cross-terminology mapping process and its use should decrease inconsistencies.


Resumen Este estudio teórico reflexivo tiene como fin reflexionar acerca del aporte de la norma ISO/TR 12300:2016 para el mapeo de terminologías en el área de enfermería. Fueron utilizados como base empírica la mencionada norma y artículos relacionados, analizando el contenido de la norma y destacando los principios de cardinalidad y equivalencia. La norma presenta bases conceptuales y operativas para el mapeo, con la cardinalidad y la equivalencia, anclando la categorización de los resultados de los mapeos entre terminologías en el área de enfermería. La cardinalidad verifica los términos meta candidatos para representar el término fuente, mientras que la escala de grado de equivalencia verifica la correspondencia semántica. Entre los principios incluidos en la ISO/TR 12300:2016, la cardinalidad y la equivalencia contribuyen a la representación precisa de los resultados del proceso de mapeo cruzado y su empleo debe de reducir inconsistencias.


Resumo Este estudo teórico-reflexivo teve como objetivo refletir sobre a contribuição da norma ISO/TR 12300:2016 para mapeamento de terminologias na área de enfermagem. Foram utilizados como base empírica a referida norma e artigos relacionados, analisando o conteúdo da norma e destacando os princípios de cardinalidade e equivalência. A norma apresenta bases conceituais e operacionais para o mapeamento, com a cardinalidade e a equivalência, ancorando a categorização dos resultados dos mapeamentos entre terminologias na área de enfermagem. A cardinalidade verifica os termos-alvo candidatos para representar o termo-fonte, enquanto a escala de grau de equivalência verifica a correspondência semântica. Entre os princípios inclusos na ISO/TR 12300:2016, a cardinalidade e a equivalência contribuem para a representação precisa dos resultados do processo de mapeamento cruzado e seu uso deve diminuir inconsistências.


Assuntos
Vocabulário Controlado , Terminologia Padronizada em Enfermagem , Interoperabilidade da Informação em Saúde
7.
Stud Health Technol Inform ; 264: 123-127, 2019 Aug 21.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-31437898

RESUMO

In this paper, we trained a set of Portuguese clinical word embedding models of different granularities from multi-specialty and multi-institutional clinical narrative datasets. Then, we assessed their impact on a downstream biomedical NLP task of Urinary Tract Infection disease identification. Additionally, we intrinsically evaluated our main model using an adapted version of Bio-SimLex for the Portuguese language. Our empirical results showed that the larger, coarse-grained model achieved a slightly better outcome when compared with the small, fine-grained model in the proposed task. Moreover, we obtained satisfactory results with Bio-SimLex intrinsic evaluation.


Assuntos
Aprendizado de Máquina , Processamento de Linguagem Natural , Idioma , Narração , Portugal
9.
J. vasc. bras ; 17(1): f:10-l:18, jan.-mar. 2018. tab
Artigo em Português | LILACS | ID: biblio-904884

RESUMO

Contexto: A amputação e a desarticulação objetivam melhorar a saúde de um indivíduo, mas esses tratamentos apresentam taxas significantes de mortalidade que variam de acordo com os fatores relacionados. Objetivo: Identificar as associações entre os determinantes da mortalidade pós-operatória da amputação. Métodos: Estudo do tipo caso-controle (óbito versus não óbito) em que foi adotada a descoberta de regras de associação (abordagem da mineração de dados) e métricas epidemiológicas sobre 173 registros de pacientes amputados em um hospital público de Santa Catarina em 2014. Resultados: Os principais determinantes foram: idade > 60 anos [ odds ratio (OR) = 3,0], sexo feminino (OR = 2,0), baixa escolaridade, hipertensão (OR = 3,0), diabetes (OR = 1,6) e tabagismo (OR = 1,8). Dos pacientes com idade entre 60 a 69 anos (38%), 87,9% evoluíram para alta, estando o óbito associado a doença vascular periférica. Quando a idade foi > 70 anos, embolia e trombose de artérias dos membros inferiores foram o fator de exceção (óbito). As patologias com maior associação ao óbito foram doença vascular (47,0%), diabetes (29,4%), doença cardíaca (razão de risco = 11,4), doença renal (OR = 10,4) e doença pulmonar (OR = 5,2). As cirurgias proximais estiveram mais associadas ao óbito do que as distais. Entre os pacientes que foram a óbito, 76,0% foram submetidos a raquianestesia e 24,0% a anestesia geral. Conclusão: A mineração de dados permitiu identificar as associações vinculadas ao óbito entre as diferentes variáveis e diagnósticos, como por exemplo, entre idade > 70 anos e diagnóstico de embolia e trombose de artérias dos membros inferiores


Background: The objective of amputation and disarticulation is to improve health. However, these treatments are associated with significant mortality rates that vary in relation to risk factors. Objective: To identify associations between determinants of postoperative mortality after amputation surgery. Methods: Case-control study (death vs. no death) considering data from 173 patients who underwent amputation surgery at a public hospital in Santa Catarina state, Brazil. These data were analyzed using a data mining approach to discover association rules and epidemiologic association metrics. Results: The main determinants were age > 60 years (odds ratio (OR) = 3.0), female sex (OR = 2.0), low education, hypertension (OR = 3.0), diabetes (OR = 1.6), and smoking (OR = 1.8). Among patients aged 60-69 years, 87.9% survived to discharge from hospital. The exceptions occurred when patients in this age range had peripheral vascular disease. The same was true when age was > 70 years, among whom diagnoses of embolism and thrombosis of arteries of the lower extremities were the exception factors (associated with death). The most common pathologies associated with death were vascular disease (47.0%) and diabetes (29.4%), heart disease (relative risk = 11.4), renal disease (OR = 10.4), and lung disease (OR = 5.2). Proximal surgeries were more strongly associated with death than distal ones. Among the deaths, 76.0% had been given spinal anesthesia and 24.0% general anesthesia. Conclusion: Data mining enabled identification of associations between death and a variety of different variables and diagnostic hypotheses; for example, age > 70 years and diagnosis of embolism and thrombosis of arteries of the lower extremities


Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Pessoa de Meia-Idade , Idoso , Mineração de Dados/métodos , Amputação Cirúrgica/métodos , Tabagismo , Fatores Sexuais , Estudos Prospectivos , Fatores de Risco , Mortalidade , Extremidade Inferior , Diabetes Mellitus/diagnóstico , Escolaridade , Hipertensão/complicações
10.
Stud Health Technol Inform ; 245: 1322, 2017.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-29295403

RESUMO

Studies describing Computer-Interpretable Clinical Guidelines (CIG) with temporal constrains (TC) generally have not addressed issues related to their integration into Electronic Health Record (EHR) systems. This study aimed to represent TCs contained in clinical guidelines by applying archetypes and Guideline Definition Language (GDL) to incorporate decision support into EHRs. An example of each TC class in the clinical guideline for management of Atrial Fibrillation was represented using archetypes and GDL.


Assuntos
Fibrilação Atrial/terapia , Registros Eletrônicos de Saúde , Humanos , Guias de Prática Clínica como Assunto
11.
J. health inform ; 8(2): 41-48, abr.-jun. 2016. tab, graf
Artigo em Português | LILACS | ID: biblio-1094

RESUMO

Objetivos: Definir o que é a avaliação de SIS, descrevendo os aspectos considerados e os métodos aplicados. Método: Revisão sistemática na base de dados PubMed no período de janeiro de 2004 a junho de 2014. Resultados: A maioria dos estudos avaliou os aspectos da usabilidade, eficácia e qualidade da informação. Em 29% dos estudos foi encontrada aplicação de métodos combinados com: satisfação e aceitação do usuário; questionários; usabilidade; e entrevista com o grupo. Avaliação da funcionalidade; do impacto; usabilidade e desempenho clínico/diagnóstico são utilizados de forma isolada. Conclusão: É fundamental ter bem claro o que será avaliado no SIS, sendo essencial conhecer os aspectos envolvidos, os métodos existentes e como são aplicados.


Objectives: To define what is the assessment of HIS, describing the aspects considered and the methods applied. Methods: Systematic review in PubMed database from January 2004 to June 2014. Results: Most studies evaluating aspects of usability, efficacy and quality of information. In 29% of studies were applied methods together with: satisfaction and user acceptance; questionnaires; usability; and interview with the group. Reviewed functionality; impact; usability and clinical/diagnostic performance were generally used separated. Conclusion: It is essential to have clear what it will be evaluated in the SIS, and to know the aspects involved, the existing methods and how they are applied.


Objetivos: Definir qué es la evaluación del SIS, describir los aspectos considerados y los métodos aplicados. Métodos: Revisión sistemática de la base de datos PubMed de enero 2004 a junio 2014. Resultados: La mayoría de los estudios evaluaron los aspectos de usabilidad, la eficacia y la calidad de la información. En 29% de los estudios se encontró la aplicación de métodos combinados con: satisfacción y aceptación de los usuarios; cuestionarios; facilidad de uso; y una entrevista con el grupo. La evaluación de  funcionalidad; impacto; usabilidad y el rendimiento clínico / diagnóstico se utilizan de forma aislada. Conclusión: Es esencial tener claro los objetivos de la evaluación del SIS, además es esencial conocer los aspectos involucrados, los métodos existentes y cómo éstos son aplicados.


Assuntos
Avaliação em Saúde/métodos , Base de Dados , Sistemas de Informação em Saúde
12.
J. health inform ; 8(supl.I): 219-226, 2016. ilus
Artigo em Português | LILACS | ID: biblio-906250

RESUMO

As Restrições Temporais contidas em diretrizes clínicas representam uma parte fundamental de sua descrição relacionada principalmente aos algoritmos terapêuticos, porém, ainda existe a dificuldade de representar as Restrições Temporais complexas e integrá-las em um Registro Eletrônico de Saúde interoperável. Objetivo: explorar a representação de Restrições Temporais baseando-se em arquétipos da openEHR e Guideline Definition Language. MÉTODO: identificação dos principais tipos de Restrições Temporais existentes, identificação de Restrições Temporais nas diretrizes clínicas de doença renal crônica, fibrilação atrial e mieloma múltiplo, e sua representação em arquétipos e Guideline Definition Language. RESULTADOS: tipos de Restrições Temporais encontrados nas diretrizes clínicas: quantitativo e eventos de repetição (doença renal crônica), quantitativo (fibrilação atrial), quantitativo e qualitativo (mieloma múltiplo). Modelados 4 arquétipos e reutilizado 1 arquétipo da openEHR. CONCLUSÃO: Foi possível representar as Restrições Temporais contidas em diretrizes clínicas em suas diversas classes de eventos baseando-se em arquétipos e Guideline Definition Language da openEHR.


The temporal Constraints contained in clinical practice guidelines represent a fundamental part of their description mainly related to therapeutic algorithms, however, there is still the difficulty of representing the complexTemporal Constraints and integrate them into an Electronic Registration Health Interoperable. OBJECTIVES: To explore the representation of Temporal Constraints based on the openEHR archetypes and Guideline Definition Language. METHODS: identification of the main types of Temporal constraints, identification of Temporal Constraints on clinical guidelines for Chronic Kidney Disease, Atrial Fibrillation and Multiple Myeloma, and its representation in archetypesand Guideline Definition Language. RESULTS: Temporal Constraints types found in practice guidelines in the study:quantitative and repeating events (chronic kidney disease), quantitative (atrial fibrillation), qualitative and quantitative(multiple myeloma). Four archetypes were modeled and 1 archetype openEHR reused. CONCLUSION: It was possible torepresent Temporal Constraints contained in clinical practice guidelines in its various event classes based on archetypes and Guideline Definition Language of openEHR.


Assuntos
Humanos , Sistemas de Apoio a Decisões Clínicas , Sistemas de Informação em Saúde , Congressos como Assunto
13.
J. health inform ; 8(supl.I): 277-286, 2016. ilus, tab
Artigo em Português | LILACS | ID: biblio-906272

RESUMO

Os sistemas de apoio a decisão em saúde (SAD) devem ser avaliados abordando vários aspectos, porém definir a metodologia para esta tarefa requer conhecimento dos métodos disponíveis e de como utilizá-los. OBJETIVO: Identificar as principais metodologias para avaliação de SAD, indicando como aplicá-las. MÉTODO: Revisão sistemática no PubMed(maio de 2006 a maio de 2016), incluindo descrição dos principais métodos identificados. Resultados: No aspecto usabilidade,a tendência são metodologias que avaliam a sequência de tarefas, seguidos pelas entrevistas, think-out-loud sessions, questionários e vídeos. A metodologia predominante para avaliação da eficácia foi o ensaio controlado randomizado;na eficiência, a análise de indicadores; na confiabilidade, a comparação dos dados; e na efetividade, as entrevistas, questionários, análise de documentos e estudo de coorte. CONCLUSÃO: Para assegurar a qualidade da avaliação dos SADs propõem-se a integração de diferentes métodos de avaliação abordando diversos aspectos.


The clinical decision-support system (CDSS) should be evaluated considering different aspects, but to define the methodology to this task is necessary to know the available methods and how to use them. Objective: Identify the main methodologies for CDSS evaluation, indicating how to apply them. METHODS: Systematic review on PubMed (May 2006to May 2016), including descriptions of the main methods. RESULTS: Considering the usability aspect, trends are methods to evaluate tasks' sequence, followed by interviews, think-out-loud sessions, questionnaire and videos. Randomized controlledtrial is the major method related to efficacy evaluation; to efficiency, indicator´s analysis; data comparison to reability aspect; and in effectiveness, interview, questionnaires, document analysis and cohort study. CONCLUSION: To ensure CDSS evaluation quality, the proposal is to integrate several evaluation methods integrating deferent aspects.


Assuntos
Humanos , Avaliação em Saúde , Sistemas de Apoio a Decisões Clínicas , Congressos como Assunto
14.
J. health inform ; 8(supl.I): 373-380, 2016. tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-906292

RESUMO

Ontologias terminológicas padronizadas e corretamente traduzidas são essenciais para o desenvolvimento de aplicações de processamento de linguagem natural na área da saúde. Para o desenvolvimento de uma aplicação de busca semântica em narrativas clínicas em português se fez necessária a utilização dos termos clínicos da Unified Medical Language System (UMLS). OBJETIVOS: Traduzir termos da UMLS em Português Europeu para Português Brasileiro. MÉTODOS: Foi desenvolvido um algoritmo de tradução semi-automática baseada em regras de substituição de texto. RESULTADOS: Após execução do algoritmo e avaliação por parte de especialistas, o algoritmo deixou de traduzir corretamente apenas 0.1% dos termos da base de testes. CONCLUSÃO: A utilização do método proposto se mostrou efetivo na tradução dos termos da UMLS e pode auxiliar em posteriores adaptações de listagens em Português Europeu para Português Brasileiro.


Correctly translated and standardized clinical ontologies are essential for development of Natural LanguageProcessing application for the medical domain. To develop an ontology-driven semantic search application for Portuguese clinical notes we needed to implement the Unified Medical Language System (UMLS) ontologies, specifically for Brazilian Portuguese. OBJECTIVES: To translate UMLS terms from European Portuguese to Brazilian Portuguese. METHODS: To develop a semi-automatic translation algorithm based on string replacement rules. RESULTS: Following the experiments and specialists' evaluation the algorithm mis-translated only 0.1% of terms in our test set. CONCLUSION: The proposed method proved to be effective for UMLS clinical terms translation and can be useful for posterior adaption ofa set of clinical terms from European Portuguese to Brazilian Portuguese.


Assuntos
Humanos , Tradução , Processamento de Linguagem Natural , Congressos como Assunto
15.
J. health inform ; 8(supl.I): 1031-1040, 2016. ilus
Artigo em Português | LILACS | ID: biblio-906773

RESUMO

A utilização de técnicas de Processamento de Linguagem Natural (PLN) em textos clínicos é amplamente dependente de grandes quantidades de dados textuais anotados, denominados corpus ou padrão ouro. Sendo essenciais para a modelagem da linguagem durante a fase de treinamento de diversos algoritmos de PLN. Porém, para a criação de um padrão ouro é necessário um extenso e custoso trabalho manual de anotação, que demanda um grande esforço de especialistas. OBJETIVO: Realizar uma revisão da literatura, visando o estudo de metodologias e ferramentas utilizadas em procedimentos de anotação de textos. MÉTODO: Levantamento em bases científicas referentes à elaboração de corpus morfológicos, sintáticos e morfossintáticos foi realizado, analisando 32 estudos de anotação e mais 12 ferramentas. RESULTADOS: Foram levantados os principais aspectos nos processos de anotação, bem como realizada uma avaliação dentre critérios pré-definidos de cada das ferramentas de suporte encontradas.


The use of natural language processing techniques (NLP) in clinical texts is dependent on large amounts of annotated text data, called corpus or gold standard. Are essential for the modelling language during the training phase of NLP algorithms. However, for the creation of a gold standard is required extensive and costly manual annotation task, that demands a great deal of experts. OBJECTIVES: To review the literature to identify methodologies and tools applied to text annotation. METHODS: Scientifics databases search regarding the development of morphological, syntactic and morphosyntactic corpus was performed by analyzing 32 annotation studies and 12 tools. RESULTS: Main aspects of the annotation process description, as well as an assessment from pre-defined criteria for each one of the annotation tools identified.


Assuntos
Humanos , Processamento de Linguagem Natural , Software , Armazenamento e Recuperação da Informação , Congressos como Assunto
16.
Fisioter. mov ; 27(2): 239-249, Apr-Jun/2014. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-718244

RESUMO

Introduction Based on the increasing usability of technology in healthcare, this paper discusses the use of an expert system (ES) to identify the sensory profile of patients starting Occupational Therapy, allowing the professional to make assertive decisions in establishing priorities in the therapeutic plan.Objective To develop a decision support system from the Infant/Toddler Sensory Profile.Method Structuring of an ES based on Infant/Toddler Sensory Profile, from terms translation into Portuguese, identification of variables and domain values involved, and construction of production rules.Results Twelve variables were registered for the construction of the ES, 6 of these were treated as goal-variables, 20 rules being built.Conclusion This ES is an important support to the occupational therapist in the decision-making process of treatment plans, determining priorities and respecting the sensory profile of each child. In addition, it must be noted that there is no equivalent system.


Introdução Com a crescente usabilidade da tecnologia na área da saúde, este artigo aborda a utilização de um sistema especialista (SE) para identificar o perfil sensorial de pacientes a iniciarem o tratamento de Terapia Ocupacional, permitindo ao profissional tomar decisões assertivas no estabelecimento de prioridades no plano terapêutico.Objetivo Construir um sistema de apoio à decisão a partir do Infant/Toddler Sensory Profile.Método Estruturação de um SE baseado no Infant/Toddler Sensory Profile, a partir da tradução para o português dos termos contidos neste instrumento, identificação das variáveis e valores de domínio envolvidos; e a construção das respectivas regras de produção.Resultados Para a construção do SE foram cadastradas 12 variáveis, destas 6 foram tratadas como variáveis-objetivo, sendo construídas 20 regras.Conclusão O SE construído constitui apoio importante ao terapeuta ocupacional no processo de tomada de decisão sobre o plano terapêutico, determinando as prioridades e respeitando o perfil sensorial de cada criança. Além disso, é preciso salientar que não há um sistema equivalente.

17.
Stud Health Technol Inform ; 192: 871-5, 2013.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-23920682

RESUMO

Clinical guidelines are documents that assist healthcare professionals, facilitating and standardizing diagnosis, management, and treatment in specific areas. Computerized guidelines as decision support systems (DSS) attempt to increase the performance of tasks and facilitate the use of guidelines. Most DSS are not integrated into the electronic health record (EHR), ordering some degree of rework especially related to data collection. This study's objective was to present a method for integrating clinical guidelines into the EHR. The study developed first a way to identify data and rules contained in the guidelines, and then incorporate rules into an archetype-based EHR. The proposed method tested was anemia treatment in the Chronic Kidney Disease Guideline. The phases of the method are: data and rules identification; archetypes elaboration; rules definition and inclusion in inference engine; and DSS-EHR integration and validation. The main feature of the proposed method is that it is generic and can be applied toany type of guideline.


Assuntos
Sistemas de Apoio a Decisões Clínicas/normas , Registros Eletrônicos de Saúde/normas , Armazenamento e Recuperação da Informação/normas , Registro Médico Coordenado/normas , Guias de Prática Clínica como Assunto , Brasil , Integração de Sistemas
18.
Rev. gaúch. enferm ; Rev. gaúch. enferm;33(4): 22-32, dez. 2012. ilus
Artigo em Português | LILACS, BDENF - Enfermagem | ID: lil-669553

RESUMO

Objetivou-se elaborar um Conjunto de Dados Essenciais de Enfermagem para Atendimento às Portadoras de Endometriose (CDEEPE) e representá-lo por arquétipos. Pesquisa exploratória, aplicada com participação de especialistas, realizada no Laboratório de Informática em Saúde da PUCPR, entre fevereiro e novembro de 2010. Foi dividida em duas etapas: construção e avaliação do CDEEPE, que abordou as fases do Processo de Enfermagem e as Necessidades Humanas Básicas; e desenvolvimento dos arquétipos, a partir do conjunto definido. O CDEEPE foi avaliado, por médicos e enfermeiros, com média consensual de 95,9% e foi especificado contendo 51 dados. Para representá-lo, foi criado o arquétipo "Percepção dos Órgãos e Sentidos". Este estudo possibilitou identificar informações importantes para a prática de enfermagem, contribuindo para informatização e aplicação do Processo de Enfermagem no cuidado prestado. O CDEEPE foi base para criação do arquétipo, que possibilitará os registros de forma estruturada, organizada, eficiente, interoperável e semântica.


El objetivo era desarrollar un conjunto mínimo de datos esenciales para la atención de enfermería de pacientes con endometriosis (CDEEPE,) y lo representa por arquetipos. Investigación exploratoria aplicada con la participación de especialistas que se llevó a cabo en el Laboratorio de Informática de la Salud de PUCPR entre febrero y noviembre de 2010. Estaba dividido en dos etapas: construcción y evaluación del CDEEPE, incluyendo las fases del proceso de enfermería y las necesidades humanas básicas y el desarrollo de los arquetipos basados en del conjunto de datos definido. El CDEEPE fue evaluado por los médicos y enfermeras con un promedio de consenso del 95,9% y se especificó con 51 elementos de datos. El arquetipo de "Percepción de órganos y los sentidos" fue creado para representa este conjunto de datos. Este estudio permitió identificar la información importante para las prácticas de enfermería contribuyen a la informatización y la aplicación del proceso de enfermería durante la atención. El CDEEPE fue la base para la creación de arquetipo, que hará posibles los registros estructurado, organizado, eficiente, interoperable y semántico.


This study aimed to develop an Essential Data Set for Nursing Care of Patients with Endometriosis (CDEEPE), represented by archetypes. An exploratory applied research with specialists' participation that was carried out at Heath Informatics Laboratory of PUCPR, between February and November of 2010. It was divided in two stages: CDEEPE construction and evaluation including Nursing Process phases and Basic Human Needs, and archetypes development based on this data set. CDEEPE was evaluated by doctors and nurses with 95.9% of consensus and containing 51 data items. The archetype "Perception of Organs and Senses" was created to represents this data set. This study allowed identifying important information for nursing practices contributing to computerization and application of nursing process during care. The CDEEPE was the basis for archetype creation, that will make possible structured, organized, efficient, interoperable, and semantics records.


Assuntos
Feminino , Humanos , Registros Eletrônicos de Saúde , Endometriose/enfermagem , Registros de Enfermagem
19.
Fisioter. mov ; 25(3): 497-506, jul.-set. 2012. ilus, tab
Artigo em Português | LILACS | ID: lil-651712

RESUMO

INTRODUÇÃO: Cada vez mais, são necessários prontuários eletrônicos de pacientes (PEP) que contemplem informações específicas para a fisioterapia e que atendam aos requisitos de padronização e comunicação de dados. A modelagem baseada em arquétipos pode permitir a construção de PEP que atendem às necessidades da assistência ao paciente, garantindo a interoperabilidade entre sistemas e a sua usabilidade. Nesse contexto, a criação dos arquétipos é um passo crucial e determinante para um PEP específico e adequado para avaliação fisioterapêutica dos pacientes com lesão medular espinhal (LME). O objetivo deste estudo foi criar arquétipos e representá-los a partir da definição de um conjunto de dados clínicos para avaliação fisioterapêutica funcional de pacientes com LME, descrevendo os desafios, as dificuldades e as perspectivas durante o desenvolvimento e a modelagem do sistema. MÉTODO: Estudo exploratório, qualitativo e parcialmente observacional, dividido em duas fases: definição e validação dos dados clínicos para avaliação fisioterapêutica funcional de pacientes com LME e desenvolvimento dos arquétipos a partir dos dados definidos, utilizando a ferramenta OpenEHR Archetype Editor. RESULTADOS: Foram criados 24 arquétipos a partir da elaboração de um conjunto de dados para avaliação fisioterapêutica funcional de pacientes com LME. Em seguida, foi elaborado um protótipo a partir do arquétipo "Mobilidade" da parte "Avaliação Motora", para visualizar a interface do PEP. CONCLUSÃO: O conjunto formado serviu como base essencial para criação dos arquétipos. Esta abordagem favorece uma avaliação funcional com dados relevantes e permite uma avaliação completa, adequada e com facilidade de acesso aos dados.


INTRODUCTION: Electronic health records (EHR) that contemplate specific information for physiotherapy and cater to the required standard and data communication are more necessary each day. Archetype based modeling may allow the construction of EHR that attempts the patient's assistance needs, ensuring the interoperability between systems and its usability. In these circumstances, the archetype creation is a crucial and determinant step for a specific and adequate EHR for physical therapy evaluation of patients with spinal cord injury (SCI). The aim of this study was to create archetypes and represent through the definition of a clinical data set for evaluation of patients with SCI, describing the challenges, the difficulties and the perspectives during the system's development and the modeling. METHODS: Exploratory study, divided in two phases: definition and validation of clinical data set for physical therapy functional evaluation of patients with SCI and archetype development based on the data defined, using the OpenEHR Archetype Editor. RESULTS: 24 archetypes were created after the development of a data set for physical therapy functional evaluation of patients with SCI. After that, a prototype was developed after the archetype "Mobility" of the "Motor Evaluation" part to visualize the EHR interface. CONCLUSION: The data set developed was essential for the archetype's creation. This approach facilitates a functional evaluation with relevant data, and allows a complete and adequate evaluation with easy access to the data.


Assuntos
Coleta de Dados , Registros Eletrônicos de Saúde , Avaliação em Saúde , Sistemas de Informação , Traumatismos da Medula Espinal
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