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Modification of the Trizol Method for the Extraction of RNA from Prorocentrum triestinum ACIZ_LEM2.
Huarachi-Olivera, Ronald; Teresa Mata, María; Ardiles-Candia, Alonso; Escobar-Méndez, Valentina; Gatica-Cortes, Carlos; Ahumada, Matías; Orrego, José; Vidal-Veuthey, Boris; Cárdenas, Juan P; González, Leonel; Riquelme, Carlos.
Afiliação
  • Huarachi-Olivera R; Centro de Bioinnovación Antofagasta (CBIA), Facultad de Ciencias del Mar y de Recursos Biológicos, Universidad de Antofagasta, Antofagasta 1270300, Chile.
  • Teresa Mata M; Programa de Doctorado en Ciencias Biológicas, Mención en Biología Celular y Molecular, Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad de Antofagasta, Antofagasta 1270300, Chile.
  • Ardiles-Candia A; Centro de Bioinnovación Antofagasta (CBIA), Facultad de Ciencias del Mar y de Recursos Biológicos, Universidad de Antofagasta, Antofagasta 1270300, Chile.
  • Escobar-Méndez V; Department of Biotechnology, Faculty of Marine Sciences and Biological Resources, University of Antofagasta, Antofagasta 1240000, Chile.
  • Gatica-Cortes C; Centro de Bioinnovación Antofagasta (CBIA), Facultad de Ciencias del Mar y de Recursos Biológicos, Universidad de Antofagasta, Antofagasta 1270300, Chile.
  • Ahumada M; Centro de Bioinnovación Antofagasta (CBIA), Facultad de Ciencias del Mar y de Recursos Biológicos, Universidad de Antofagasta, Antofagasta 1270300, Chile.
  • Orrego J; Centro de Bioinnovación Antofagasta (CBIA), Facultad de Ciencias del Mar y de Recursos Biológicos, Universidad de Antofagasta, Antofagasta 1270300, Chile.
  • Vidal-Veuthey B; Centro de Bioinnovación Antofagasta (CBIA), Facultad de Ciencias del Mar y de Recursos Biológicos, Universidad de Antofagasta, Antofagasta 1270300, Chile.
  • Cárdenas JP; Centro de Bioinnovación Antofagasta (CBIA), Facultad de Ciencias del Mar y de Recursos Biológicos, Universidad de Antofagasta, Antofagasta 1270300, Chile.
  • González L; Centro de Genómica y Bioinformática, Facultad de Ciencias, Universidad Mayor, Santiago 8580745, Chile.
  • Riquelme C; Centro de Genómica y Bioinformática, Facultad de Ciencias, Universidad Mayor, Santiago 8580745, Chile.
Int J Mol Sci ; 25(17)2024 Sep 06.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-39273589
ABSTRACT
In samples of harmful algal blooms (HABs), seawater can contain a high abundance of microorganisms and elemental ions. Along with the hardness of the walls of key HAB dinoflagellates such as Prorocentrum triestinum, this makes RNA extraction very difficult. These components interfere with RNA isolation, causing its degradation, in addition to the complex seawater properties of HABs that could hinder RNA isolation for effective RNA sequencing and transcriptome profiling. In this study, an RNA isolation technique was established through the modification of the Trizol method by applying the Micropestle System on cell pellets of P. triestinum frozen at -20 °C, obtained from 400 mL of culture with a total of 107 cells/mL. The results of the modified Trizol protocol generated quality RNA samples for transcriptomics sequencing, as determined by their measurement in Analyzer Agilent 4150.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Dinoflagellida Idioma: En Revista: Int J Mol Sci Ano de publicação: 2024 Tipo de documento: Article País de afiliação: Chile País de publicação: Suíça
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