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The draft genomes of Crassostrea gasar and Crassostrea rhizophorae: key resources for leveraging oyster cultivation in the Southwest Atlantic.
Lima, Nicholas Costa Barroso; de Almeida, Luiz Gonzaga Paula; Bainy, Afonso Celso Dias; Gerber, Alexandra Lehmkuhl; de Campos Guimarães, Ana Paula; Solé-Cava, Antonio Mateo; de Melo, Claudio Manoel Rodrigues; Lazoski, Cristiano; Zacchi, Flávia Lucena; Henning, Frederico; Soares, Leticia Maria Monteiro; Soares, Rafaela Guilherme; Ribeiro Vasconcelos, Ana Tereza.
Afiliação
  • Lima NCB; Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular, Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará (UFC), Fortaleza, CE, 60020-181, Brasil.
  • de Almeida LGP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha, Petrópolis, RJ, 25651-076, Brasil.
  • Bainy ACD; Laboratório de Biomarcadores de Contaminação Aquática e Imunoquímica, Departamento de Bioquímica, Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC), Florianópolis, SC, 88037-000, Brasil.
  • Gerber AL; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha, Petrópolis, RJ, 25651-076, Brasil.
  • de Campos Guimarães AP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha, Petrópolis, RJ, 25651-076, Brasil.
  • Solé-Cava AM; Centro Nacional para a Identificação Molecular do Pescado (CENIMP), Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, RJ, 21941-590, Brasil.
  • de Melo CMR; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha, Petrópolis, RJ, 25651-076, Brasil.
  • Lazoski C; Laboratório de Biodiversidade Genômica (LABIG), Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, RJ, 21941-902, Brasil.
  • Zacchi FL; Laboratório de Moluscos Marinhos (LMM), Departamento de Aquicultura, Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC), Florianópolis, SC, 88061-600, Brasil.
  • Henning F; Centro Nacional para a Identificação Molecular do Pescado (CENIMP), Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, RJ, 21941-590, Brasil.
  • Soares LMM; Centro Nacional para a Identificação Molecular do Pescado (CENIMP), Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, RJ, 21941-590, Brasil.
  • Soares RG; Centro Nacional para a Identificação Molecular do Pescado (CENIMP), Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, RJ, 21941-590, Brasil.
  • Ribeiro Vasconcelos AT; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha, Petrópolis, RJ, 25651-076, Brasil. atrv@lncc.br.
BMC Genom Data ; 25(1): 81, 2024 Sep 03.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-39227788
ABSTRACT

OBJECTIVES:

The two oyster species studied hold considerable economic importance for artisanal harvest (Crassostrea rhizophorae) and aquaculture (Crassostrea gasar). Their draft genomes will play an important role in the application of genomic methods such as RNAseq, population-based genomic scans aiming at addressing expression responses to pollution stress, adaptation to salinity and temperature variation, and will also permit investigating the genetic bases and enable marker-assisted selection of economically important traits like shell and mantle coloration and resistance to temperature and disease. DATA DESCRIPTION The draft assembly size of Crassostrea gasar is 506 Mbp, and of Crassostrea rhizophorae is 584 Mbp with scaffolds N50 of 11,3 Mbp and 4,9 Mbp, respectively. The general masked bases by RepeatMasker in both genomes were highly similar using different datasets. The masked bases varied from 9.41% in C. gasar to 10.05% in C. rhizophorae and 42.85% in C. gasar to 44.44% in C. rhizophorae using Dfam and RepeatModeler datasets, respectively. Functional annotation with eggNog resulted in 34,693 annotated proteins in C. rhizophorae and 26,328 in C. gasar. BUSCO analysis shows that almost 99% of genes (5,295) are complete in relation to the mollusk orthologous genes dataset (mollusca_odb10).
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Genoma / Crassostrea Limite: Animals Idioma: En Revista: BMC Genom Data Ano de publicação: 2024 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Reino Unido
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Genoma / Crassostrea Limite: Animals Idioma: En Revista: BMC Genom Data Ano de publicação: 2024 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Reino Unido