Your browser doesn't support javascript.
loading
Genomic surveillance and vaccine response to the dominant SARS-CoV-2 XBB lineage in Rio Grande do Sul.
Piccoli, Bruna Candia; Y Castro, Thais Regina; Tessele, Luíza Funck; Casarin, Bruna Campestrini; Seerig, Ana Paula; Vieira, Andressa de Almeida; Santos, Vitor Teles; Schwarzbold, Alexandre Vargas; Trindade, Priscila Arruda.
Afiliação
  • Piccoli BC; Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica (LABIOMIC), Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Universidade Federal de Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Y Castro TR; Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica (LABIOMIC), Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Universidade Federal de Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Tessele LF; Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica (LABIOMIC), Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Universidade Federal de Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Casarin BC; Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica (LABIOMIC), Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Universidade Federal de Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Seerig AP; Vigilância em SaúdeSecretaria Municipal da Saúde de Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Vieira AA; Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica (LABIOMIC), Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Universidade Federal de Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Santos VT; Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica (LABIOMIC), Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Universidade Federal de Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Schwarzbold AV; Departamento de Clínica Médica, Universidade Federal de Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Trindade PA; Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica (LABIOMIC), Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Universidade Federal de Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brazil. priscila.trindade@ufsm.br.
Sci Rep ; 14(1): 16831, 2024 07 22.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-39039137
ABSTRACT
The COVID-19 pandemic has been marked by novel viral variants, posing challenges to global public health. Recombination, a viral evolution mechanism, is implicated in SARS-CoV-2's ongoing evolution. The XBB recombinant lineage, known for evading antibody-mediated immunity, exhibits higher transmissibility without increased disease severity. We investigated the prevalence and genomic features of XBB in SARS-CoV-2-positive cases in Rio Grande do Sul (RS), Brazil. We sequenced 357 samples from epidemiological weeks (EW) 47/2022 to 17/2023, and included 389 publicly available sequences. Clinical and epidemiological data were obtained from DATASUS, e-SUS, and SIVEP GRIPE (data recording systems of the Brazilian Ministry of Health). Of these, 143 were classified as XBB and 586 were other Omicron lineages. In March 2023 (EW 10), XBB became dominant, accounting for 83.3% of cases. 97.7% of XBB-infected patients successfully recovered from the infection, with a low mortality rate (2.3%). Even after receiving three vaccine doses and having been previously infected, 59.5% of the patients experienced reinfection with XBB. However, for 54% of the individuals, the interval between their XBB infection and the last vaccine dose exceeded one year, potentially leading to a decline in antibody levels. In addition, we identified 90 mutations in RS circulating XBB, spread throughout the genome, notably in the Spike protein region associated with immune resistance. This study provides insights into the dynamics and impact of a recombinant variant becoming predominant for the first time in the state. Continued surveillance of SARS-CoV-2 genomic evolution is crucial for effective public health management.
Assuntos
Palavras-chave
Texto completo
Adicionar na Minha BVS
Imprimir
XML
PubMed Links
Buscar no Google

Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Genoma Viral / Vacinas contra COVID-19 / SARS-CoV-2 / COVID-19 Limite: Adolescent / Adult / Aged / Female / Humans / Male / Middle aged País/Região como assunto: America do sul / Brasil Idioma: En Revista: Sci Rep Ano de publicação: 2024 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Reino Unido
Texto completo
Adicionar na Minha BVS
Imprimir
XML
PubMed Links
Buscar no Google

Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Genoma Viral / Vacinas contra COVID-19 / SARS-CoV-2 / COVID-19 Limite: Adolescent / Adult / Aged / Female / Humans / Male / Middle aged País/Região como assunto: America do sul / Brasil Idioma: En Revista: Sci Rep Ano de publicação: 2024 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Reino Unido