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Nuclear receptor superfamily structural diversity in pacific oyster: In silico identification of estradiol binding candidates.
Madaloz, Tâmela Zamboni; Dos Santos, Karin; Zacchi, Flávia Lucena; Bainy, Afonso Celso Dias; Razzera, Guilherme.
Afiliação
  • Madaloz TZ; Programa de Pós-Graduação Em Bioquímica, Departamento de Bioquímica, Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis, SC, 88040-900, Brazil; Laboratório de Biomarcadores de Contaminação Aquática e Imunoquímica, Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis, SC, 88040-900, Brazil.
  • Dos Santos K; Programa de Pós-Graduação Em Bioquímica, Departamento de Bioquímica, Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis, SC, 88040-900, Brazil; Laboratório de Biomarcadores de Contaminação Aquática e Imunoquímica, Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis, SC, 88040-900, Brazil.
  • Zacchi FL; Laboratório de Moluscos Marinhos, Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis, SC, 88061-600, Brazil.
  • Bainy ACD; Programa de Pós-Graduação Em Bioquímica, Departamento de Bioquímica, Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis, SC, 88040-900, Brazil; Laboratório de Biomarcadores de Contaminação Aquática e Imunoquímica, Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis, SC, 88040-900, Brazil.
  • Razzera G; Programa de Pós-Graduação Em Bioquímica, Departamento de Bioquímica, Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis, SC, 88040-900, Brazil; Laboratório de Biomarcadores de Contaminação Aquática e Imunoquímica, Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis, SC, 88040-900, Brazil. Elect
Chemosphere ; 340: 139877, 2023 Nov.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-37619748
The increasing presence of anthropogenic contaminants in aquatic environments poses challenges for species inhabiting contaminated sites. Due to their structural binding characteristics to ligands that inhibit or activate gene transcription, these xenobiotic compounds frequently target the nuclear receptor superfamily. The present work aims to understand the potential interaction between the hormone 17-ß-estradiol, an environmental contaminant, and the nuclear receptors of Crassostrea gigas, the Pacific oyster. This filter-feeding, sessile oyster species is subject to environmental changes and exposure to contaminants. In the Pacific oyster, the estrogen-binding nuclear receptor is not able to bind this hormone as it does in vertebrates. However, another receptor may exhibit responsiveness to estrogen-like molecules and derivatives. We employed high-performance in silico methodologies, including three-dimensional modeling, molecular docking and atomistic molecular dynamics to identify likely binding candidates with the target moecule. Our approach revealed that among the C. gigas nuclear receptor superfamily, candidates with the most favorable interaction with the molecule of interest belonged to the NR1D, NR1H, NR1P, NR2E, NHR42, and NR0B groups. Interestingly, NR1H and NR0B were associated with planktonic/larval life cycle stages, while NR1P, NR2E, and NR0B were associated with sessile/adult life stages. The application of this computational methodological strategy demonstrated high performance in the virtual screening of candidates for binding with the target xenobiotic molecule and can be employed in other studies in the field of ecotoxicology in non-model organisms.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Xenobióticos / Receptores Citoplasmáticos e Nucleares Tipo de estudo: Diagnostic_studies / Prognostic_studies Limite: Animals Idioma: En Revista: Chemosphere Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Reino Unido
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