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Three generation families: Analysis of de novo variants in autism.
Costa, Claudia I Samogy; da Silva Campos, Gabriele; da Silva Montenegro, Eduarda Morgana; Wang, Jaqueline Yu Ting; Scliar, Marília; Monfardini, Frederico; Zachi, Elaine Cristina; Lourenço, Naila C V; Chan, Ada J S; Pereira, Sergio L; Engchuan, Worrawat; Thiruvahindrapuram, Bhooma; Zarrei, Mehdi; Scherer, Stephen W; Passos-Bueno, Maria Rita.
Afiliação
  • Costa CIS; Departamento de Genética e Biologia Evolutiva, Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-tronco, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brasil.
  • da Silva Campos G; Departamento de Genética e Biologia Evolutiva, Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-tronco, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brasil.
  • da Silva Montenegro EM; Departamento de Genética e Biologia Evolutiva, Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-tronco, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brasil.
  • Wang JYT; Departamento de Genética e Biologia Evolutiva, Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-tronco, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brasil.
  • Scliar M; Departamento de Genética e Biologia Evolutiva, Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-tronco, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brasil.
  • Monfardini F; Departamento de Genética e Biologia Evolutiva, Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-tronco, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brasil.
  • Zachi EC; Departamento de Genética e Biologia Evolutiva, Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-tronco, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brasil.
  • Lourenço NCV; Departamento de Genética e Biologia Evolutiva, Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-tronco, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brasil.
  • Chan AJS; The Centre for Applied Genomics, Genetics and Genome Biology, The Hospital for Sick Children, Toronto, ON, Canada.
  • Pereira SL; The Centre for Applied Genomics, Genetics and Genome Biology, The Hospital for Sick Children, Toronto, ON, Canada.
  • Engchuan W; The Centre for Applied Genomics, Genetics and Genome Biology, The Hospital for Sick Children, Toronto, ON, Canada.
  • Thiruvahindrapuram B; The Centre for Applied Genomics, Genetics and Genome Biology, The Hospital for Sick Children, Toronto, ON, Canada.
  • Zarrei M; The Centre for Applied Genomics, Genetics and Genome Biology, The Hospital for Sick Children, Toronto, ON, Canada.
  • Scherer SW; The Centre for Applied Genomics, Genetics and Genome Biology, The Hospital for Sick Children, Toronto, ON, Canada.
  • Passos-Bueno MR; Department of Molecular Genetics and McLaughlin Centre, University of Toronto, Toronto, ON, Canada.
Eur J Hum Genet ; 31(9): 1017-1022, 2023 09.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-37280359
De novo variants (DNVs) analysis has proven to be a powerful approach to gene discovery in Autism Spectrum Disorder (ASD), which has not yet been shown in a Brazilian ASD cohort. The relevance of inherited rare variants has also been suggested, particularly in oligogenic models. We hypothesized that three-generation analyses of DNVs could provide new insights into the relevance of de novo and inherited variants across generations. To accomplish this goal, we performed whole-exome sequencing of 33 septet families composed of probands, parents, and grandparents (n = 231 individuals) and compared DNV rates (DNVr) between generations and those from two control cohorts. The DNVr in the probands (DNVr = 1.16) was marginally higher than in parents (DNVr = 0.60; p = 0.054), and in controls (DNVr = 0.68; p = 0.035, congenital heart disorder and DNVr = 0.70; p = 0.047, unaffected ASD siblings from Simons Simplex Collection). Moreover, most of the DNVs were found to have paternal origin in both generations (84.6%). Finally, we observed that 40% (6/15) of the DNVs in parents transmitted for probands are in ASD or ASD candidate genes, representing recently emerged risk variants to ASD in their families and suggest ZNF536, MSL2 and HDAC9 as ASD candidate genes. We did not observe an enrichment of risk variants nor sex bias of transmitted variants in the three generations, that can be due to sample size. These results further reinforce the relevance of de novo variants in ASD.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Transtorno Autístico / Transtorno do Espectro Autista Limite: Humans Idioma: En Revista: Eur J Hum Genet Assunto da revista: GENETICA MEDICA Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Reino Unido
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