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Whole-genome sequencing-based characterization of Streptomyces sp. 6(4): focus on natural product.
Borba, Marcela Proença; Witusk, João Paulo; Cunha, Débora Marchesan; de Lima-Morales, Daiana; Martins, Andreza Francisco; Van Der Sand, Sueli.
Afiliação
  • Borba MP; Programa de Pós-graduação em Microbiologia Agrícola e do Ambiente, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil.
  • Witusk JP; Programa de Pós-graduação em Microbiologia Agrícola e do Ambiente, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil.
  • Cunha DM; Programa de Pós-graduação em Microbiologia Agrícola e do Ambiente, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil.
  • de Lima-Morales D; Núcleo de Bioinformática do Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Martins AF; Laboratório de Pesquisa em Resistência Bacteriana (LABRESIS), Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Van Der Sand S; Programa de Pós-graduação em Microbiologia Agrícola e do Ambiente, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil.
Access Microbiol ; 5(3)2023.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-37091737
We have sequenced the whole genome of Streptomyces sp. 6(4) isolated from tomato roots that presents antifungal activity against phytopathogenic fungi, mainly Bipolaris sorokiniana. The genome has almost 7 Mb and 3368 hypothetical proteins that were analysed and characterized in Uniprot with the emphasis on biological compounds. Multilocus sequence typing (MLST) analyses were performed in an effort to characterize and identify this isolate, resulting in a new sequence type (ST), classified as ST64. Phenetic and phylogenetic trees were constructed to investigate Streptomyces sp. 6(4) evolution and sequence similarity, and the isolate is a strain closer to Streptomyces prasinus and Streptomyces viridosporus . It is known that the genus Streptomyces possess huge metabolic capacity with the presence of cryptic genes. These genes are usually present in clusters, which are responsible for the production of diverse natural products, mainly antibiotics. In addition, 6(4) showed 11 biosynthetic gene clusters through antiSMASH, including 3 polyketide synthase (PKS) and non-ribosomal peptide synthase (NRPS) type clusters.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Idioma: En Revista: Access Microbiol Ano de publicação: 2023 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Reino Unido
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