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Predominance of SARS-CoV-2 P.1 (Gamma) lineage inducing the recent COVID-19 wave in southern Brazil and the finding of an additional S: D614A mutation.
Demoliner, Meriane; da Silva, Mariana Soares; Gularte, Juliana Schons; Hansen, Alana Witt; de Almeida, Paula Rodrigues; Weber, Matheus Nunes; Heldt, Fágner Henrique; Silveira, Flávio; Filippi, Micheli; de Abreu Góes Pereira, Vyctoria Malayhka; da Silva, Francini Pereira; Mallmann, Larissa; Fink, Pietra; de Moura Valim, Andréia Rosane; Possuelo, Lia Gonçalves; Fleck, Juliane Deise; Spilki, Fernando Rosado.
Afiliação
  • Demoliner M; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil. Electronic address: merianedemoliner@gmail.com.
  • da Silva MS; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Gularte JS; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Hansen AW; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • de Almeida PR; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Weber MN; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Heldt FH; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Silveira F; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Filippi M; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • de Abreu Góes Pereira VM; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • da Silva FP; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Mallmann L; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Fink P; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • de Moura Valim AR; Universidade de Santa Cruz do Sul, Santa Cruz do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Possuelo LG; Universidade de Santa Cruz do Sul, Santa Cruz do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Fleck JD; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
  • Spilki FR; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil.
Infect Genet Evol ; 96: 105134, 2021 12.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-34763050
Recently, the highest wave of SARS-CoV-2 epidemic occurred since the beginning of the pandemic in Brazil was registered in Rio Grande do Sul (RS) State, Southern Brazil, considering the number of cases, deaths and hospitalization per day caused by COVID-19. In this study we described which lineages were circulating in the first quarter of 2021 in Southern Brazil to better understand the viral factors involved in the health crisis caused by SARS-CoV-2 in the region, searching also for possible additional SARS-CoV-2 sequence mutations. A total of 70 positive SARS-CoV-2 samples collected between January 28th, 2021 until April 23rd, 2021, were selected to sequencing. Whole genome sequencing of 70 SARS-CoV-2 samples showed a predominance of Gamma lineage (67%, 47/70), followed by P.2 lineage (27%, 19/70) and B.1.1.28 (6%, 4/70). Two Gamma lineage consensus sequences presented a new S:D614A mutation. Newly mutations could be emerging due the quick SARS-CoV-2 spreading. Thus, the greater understanding about immune protection and variants vigilance is essential to the better management of the health SARS-CoV-2 crisis.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: SARS-CoV-2 / COVID-19 / Mutação Tipo de estudo: Diagnostic_studies Limite: Adolescent / Adult / Aged / Aged80 / Child / Female / Humans / Male / Middle aged País/Região como assunto: America do sul / Brasil Idioma: En Revista: Infect Genet Evol Assunto da revista: BIOLOGIA / DOENCAS TRANSMISSIVEIS / GENETICA Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Article País de publicação: Holanda
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: SARS-CoV-2 / COVID-19 / Mutação Tipo de estudo: Diagnostic_studies Limite: Adolescent / Adult / Aged / Aged80 / Child / Female / Humans / Male / Middle aged País/Região como assunto: America do sul / Brasil Idioma: En Revista: Infect Genet Evol Assunto da revista: BIOLOGIA / DOENCAS TRANSMISSIVEIS / GENETICA Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Article País de publicação: Holanda