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Docking with SwissDock.
Bitencourt-Ferreira, Gabriela; de Azevedo, Walter Filgueira.
Afiliação
  • Bitencourt-Ferreira G; Escola de Ciências da Saúde, Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul-PUCRS, Porto Alegre, RS, Brazil.
  • de Azevedo WF; Escola de Ciências da Saúde, Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul-PUCRS, Porto Alegre, RS, Brazil. walter@azevedolab.net.
Methods Mol Biol ; 2053: 189-202, 2019.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-31452106
Protein-ligand docking simulation is central in drug design and development. Therefore, the development of web servers intended to docking simulations is of pivotal importance. SwissDock is a web server dedicated to carrying out protein-ligand docking simulation intuitively and elegantly. SwissDock is based on the protein-ligand docking program EADock DSS and has a simple and integrated interface. The SwissDock allows the user to upload structure files for a protein and a ligand, and returns the results by e-mail. To facilitate the upload of the protein and ligand files, we can prepare these input files using the program UCSF Chimera. In this chapter, we describe how to use UCSF Chimera and SwissDock to perform protein-ligand docking simulations. To illustrate the process, we describe the molecular docking of the competitive inhibitor roscovitine against the structure of human cyclin-dependent kinase 2.
Assuntos
Palavras-chave

Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Software / Simulação de Dinâmica Molecular / Simulação de Acoplamento Molecular Limite: Humans Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Assunto da revista: BIOLOGIA MOLECULAR Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Estados Unidos

Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Software / Simulação de Dinâmica Molecular / Simulação de Acoplamento Molecular Limite: Humans Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Assunto da revista: BIOLOGIA MOLECULAR Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Estados Unidos