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Docking with AutoDock4.
Bitencourt-Ferreira, Gabriela; Pintro, Val Oliveira; de Azevedo, Walter Filgueira.
Afiliação
  • Bitencourt-Ferreira G; Escola de Ciências da Saúde, Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul-PUCRS, Porto Alegre, RS, Brazil.
  • Pintro VO; Escola de Ciências da Saúde, Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul-PUCRS, Porto Alegre, RS, Brazil.
  • de Azevedo WF; Escola de Ciências da Saúde, Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul-PUCRS, Porto Alegre, RS, Brazil. walter@azevedolab.net.
Methods Mol Biol ; 2053: 125-148, 2019.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-31452103
AutoDock is one of the most popular receptor-ligand docking simulation programs. It was first released in the early 1990s and is in continuous development and adapted to specific protein targets. AutoDock has been applied to a wide range of biological systems. It has been used not only for protein-ligand docking simulation but also for the prediction of binding affinity with good correlation with experimental binding affinity for several protein systems. The latest version makes use of a semi-empirical force field to evaluate protein-ligand binding affinity and for selecting the lowest energy pose in docking simulation. AutoDock4.2.6 has an arsenal of four search algorithms to carry out docking simulation including simulated annealing, genetic algorithm, and Lamarckian algorithm. In this chapter, we describe a tutorial about how to perform docking with AutoDock4. We focus our simulations on the protein target cyclin-dependent kinase 2.
Assuntos
Palavras-chave

Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Software / Simulação de Dinâmica Molecular / Simulação de Acoplamento Molecular Tipo de estudo: Prognostic_studies Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Assunto da revista: BIOLOGIA MOLECULAR Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Estados Unidos

Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Software / Simulação de Dinâmica Molecular / Simulação de Acoplamento Molecular Tipo de estudo: Prognostic_studies Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Assunto da revista: BIOLOGIA MOLECULAR Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Estados Unidos