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Molecular Dynamics Simulations with NAMD2.
Bitencourt-Ferreira, Gabriela; de Azevedo, Walter Filgueira.
Afiliação
  • Bitencourt-Ferreira G; Escola de Ciências da Saúde, Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul-PUCRS, Porto Alegre, RS, Brazil.
  • de Azevedo WF; Escola de Ciências da Saúde, Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul-PUCRS, Porto Alegre, RS, Brazil. walter@azevedolab.net.
Methods Mol Biol ; 2053: 109-124, 2019.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-31452102
X-ray diffraction crystallography is the primary technique to determine the three-dimensional structures of biomolecules. Although a robust method, X-ray crystallography is not able to access the dynamical behavior of macromolecules. To do so, we have to carry out molecular dynamics simulations taking as an initial system the three-dimensional structure obtained from experimental techniques or generated using homology modeling. In this chapter, we describe in detail a tutorial to carry out molecular dynamics simulations using the program NAMD2. We chose as a molecular system to simulate the structure of human cyclin-dependent kinase 2.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Software / Simulação de Dinâmica Molecular Limite: Humans Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Assunto da revista: BIOLOGIA MOLECULAR Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Estados Unidos
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