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Genome-wide association study between CNVs and milk production traits in Valle del Belice sheep.
Di Gerlando, Rosalia; Sutera, Anna Maria; Mastrangelo, Salvatore; Tolone, Marco; Portolano, Baldassare; Sottile, Gianluca; Bagnato, Alessandro; Strillacci, Maria Giuseppina; Sardina, Maria Teresa.
Afiliação
  • Di Gerlando R; Università degli Studi di Palermo, Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari e Forestali, Italy.
  • Sutera AM; Università degli Studi di Palermo, Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari e Forestali, Italy.
  • Mastrangelo S; Università degli Studi di Palermo, Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari e Forestali, Italy.
  • Tolone M; Università degli Studi di Palermo, Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari e Forestali, Italy.
  • Portolano B; Università degli Studi di Palermo, Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari e Forestali, Italy.
  • Sottile G; Università degli Studi di Palermo, Dipartimento di Scienze Economiche, Aziendali e Statistiche, Italy.
  • Bagnato A; Università degli Studi di Milano, Dipartimento di Medicina Veterinaria, Italy.
  • Strillacci MG; Università degli Studi di Milano, Dipartimento di Medicina Veterinaria, Italy.
  • Sardina MT; Università degli Studi di Palermo, Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari e Forestali, Italy.
PLoS One ; 14(4): e0215204, 2019.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-31013280
Copy number variation (CNV) is a major source of genomic structural variation. The aim of this study was to detect genomic CNV regions (CNVR) in Valle del Belice dairy sheep population and to identify those affecting milk production traits. The GO analysis identified possible candidate genes and pathways related to the selected traits. We identified CNVs in 416 individuals genotyped using the Illumina OvineSNP50 BeadChip array. The CNV association using a correlation-trend test model was examined with the Golden Helix SVS 8.7.0 tool. Significant CNVs were detected when their adjusted p-value was <0.01 after false discovery rate (FDR) correction. We identified 7,208 CNVs, which gave 365 CNVRs after aggregating overlapping CNVs. Thirty-one CNVRs were significantly associated with one or more traits included in the analysis. All CNVRs, except those on OAR19, overlapped with quantitative trait loci (QTL), even if they were not directly related to the traits of interest. A total of 222 genes were annotated within the significantly associated CNVRs, most of which played important roles in biological processes related to milk production and health-related traits. Identification of the genes in the CNVRs associated with the studied traits will provide the basis for further investigation of their role in the metabolic pathways related to milk production and health traits.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Lactação / Ovinos / Locos de Características Quantitativas / Variações do Número de Cópias de DNA Tipo de estudo: Prognostic_studies / Risk_factors_studies Limite: Animals País/Região como assunto: America central / Belice / Caribe ingles Idioma: En Revista: PLoS One Assunto da revista: CIENCIA / MEDICINA Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: Itália País de publicação: Estados Unidos
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Lactação / Ovinos / Locos de Características Quantitativas / Variações do Número de Cópias de DNA Tipo de estudo: Prognostic_studies / Risk_factors_studies Limite: Animals País/Região como assunto: America central / Belice / Caribe ingles Idioma: En Revista: PLoS One Assunto da revista: CIENCIA / MEDICINA Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: Itália País de publicação: Estados Unidos