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Bioinformatic Analysis of Small RNA Sequencing Libraries.
Chávez Montes, Ricardo A; Jaimes-Miranda, Fabiola; de Folter, Stefan.
Afiliação
  • Chávez Montes RA; Unidad de Genómica Avanzada / Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad (LANGEBIO), Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional (CINVESTAV-IPN), Irapuato, Guanajuato, Mexico. aaron.chavez@cinvestav.mx.
  • Jaimes-Miranda F; CONACyT-Instituto Potosino de Investigación Científica y Tecnológica AC / División de Biología Molecular, San Luis Potosí, San Luis Potosí, Mexico.
  • de Folter S; Unidad de Genómica Avanzada / Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad (LANGEBIO), Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional (CINVESTAV-IPN), Irapuato, Guanajuato, Mexico.
Methods Mol Biol ; 1932: 51-63, 2019.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-30701491
Bioinformatic analysis of small RNA sequencing libraries consists of transforming a series of small RNA sequencing experiment fastq files into a table containing small RNA sequences and their abundance. This is achieved by cleaning the reads, aligning the cleaned reads to a reference, and parsing the alignment results. In this protocol we present the most common option, and the rationale, for each of these steps.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: MicroRNAs Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Assunto da revista: BIOLOGIA MOLECULAR Ano de publicação: 2019 Tipo de documento: Article País de afiliação: México País de publicação: Estados Unidos
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