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A broad genomic panel of microsatellite loci from Brycon orbignyanus (Characiformes: Bryconidae) an endangered migratory Neotropical fish.
Yazbeck, Gabriel M; Oliveira, Rafael Sachetto; Ribeiro, José Mauro; Graciano, Raíssa D; Santos, Rosiane P; Carmo, Fausto M S; Lavenier, Dominique.
Afiliação
  • Yazbeck GM; Universidade Federal de São João Del Rei, Departamento de Zootecnia, Laboratório de Recursos Genéticos, Praça Frei Orlando, 170, CEP 36.307-352, São João del-Rei, MG, Brazil. dna@ufsj.edu.br.
  • Oliveira RS; Universidade Federal de São João Del Rei, Departamento de Ciência da Computação, Praça Frei Orlando, 170, CEP 36.307-352, São João del-Rei, MG, Brazil.
  • Ribeiro JM; Universidade Federal de São João Del Rei, Departamento de Zootecnia, Laboratório de Recursos Genéticos, Praça Frei Orlando, 170, CEP 36.307-352, São João del-Rei, MG, Brazil.
  • Graciano RD; Universidade Federal de São João Del Rei, Departamento de Zootecnia, Laboratório de Recursos Genéticos, Praça Frei Orlando, 170, CEP 36.307-352, São João del-Rei, MG, Brazil.
  • Santos RP; Universidade Federal de São João Del Rei, Departamento de Zootecnia, Laboratório de Recursos Genéticos, Praça Frei Orlando, 170, CEP 36.307-352, São João del-Rei, MG, Brazil.
  • Carmo FMS; Universidade Federal de São João Del Rei, Departamento de Zootecnia, Laboratório de Recursos Genéticos, Praça Frei Orlando, 170, CEP 36.307-352, São João del-Rei, MG, Brazil.
  • Lavenier D; Université de Rennes, INRIA, CNRS, IRISA, Rennes, France.
Sci Rep ; 8(1): 8511, 2018 05 31.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-29855493
A broad panel of tens of thousands of microsatellite loci is unveiled for an endangered piracema (i.e. migratory) South American fish, Brycon orbignyanus. Once one of the main fisheries resources in the Platine Basin, it is now almost extinct in nature and focus of intense aquaculture activity. A total of 178.2 million paired-end reads (90 bases long) were obtained through the use of sequencing-by-synthesis (from a primary genomic library of 500 bp DNA fragments) and is made available through NCBI's Sequence Read Archive, SRA accession SRX3350440. Short reads were assembled de novo and screening for perfect microsatellite motifs revealed more than 81 thousands unique microsatellite loci, for which primer pairs were proposed. A total of 29 polymorphic microsatellite markers were already previously validated for this panel. A partial genomic assembly is hereby presented and these genomic resources are publicly made available. These data will foster the rapid development of hundreds of new DNA markers for genetic diversity studies, conservation initiatives and management practices for this important and depleted species. The availability of such preliminary genomic data will also be of use in the areas of bioinformatics, ecology, genetics and evolution.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Espécies em Perigo de Extinção / Repetições de Microssatélites / Caraciformes Limite: Animals Idioma: En Revista: Sci Rep Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Reino Unido
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Espécies em Perigo de Extinção / Repetições de Microssatélites / Caraciformes Limite: Animals Idioma: En Revista: Sci Rep Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Reino Unido