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Combined molecular modelling and 3D-QSAR study for understanding the inhibition of NQO1 by heterocyclic quinone derivatives.
López-Lira, Claudia; Alzate-Morales, Jans H; Paulino, Margot; Mella-Raipán, Jaime; Salas, Cristian O; Tapia, Ricardo A; Soto-Delgado, Jorge.
Afiliação
  • López-Lira C; Departamento de Química Orgánica, Facultad de Química, Pontificia Universidad Católica de Chile, Santiago, Chile.
  • Alzate-Morales JH; Facultad de Ingeniería, Centro de Bioinformática y Simulación Molecular, Universidad de Talca, Talca, Chile.
  • Paulino M; Facultad de Química, Centro de Bioinformática Estructural-DETEMA, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay.
  • Mella-Raipán J; Facultad de Ciencias, Instituto de Química y Bioquímica, Universidad de Valparaíso, Valparaíso, Casilla, Chile.
  • Salas CO; Departamento de Química Orgánica, Facultad de Química, Pontificia Universidad Católica de Chile, Santiago, Chile.
  • Tapia RA; Departamento de Química Orgánica, Facultad de Química, Pontificia Universidad Católica de Chile, Santiago, Chile.
  • Soto-Delgado J; Departamento de Ciencias Químicas, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Andrés Bello, Viña del Mar, Chile.
Chem Biol Drug Des ; 91(1): 29-38, 2018 01.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-28643389
A combination of three-dimensional quantitative structure-activity relationship (3D-QSAR), and molecular modelling methods were used to understand the potent inhibitory NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 (NQO1) activity of a set of 52 heterocyclic quinones. Molecular docking results indicated that some favourable interactions of key amino acid residues at the binding site of NQO1 with these quinones would be responsible for an improvement of the NQO1 activity of these compounds. The main interactions involved are hydrogen bond of the amino group of residue Tyr128, π-stacking interactions with Phe106 and Phe178, and electrostatic interactions with flavin adenine dinucleotide (FADH) cofactor. Three models were prepared by 3D-QSAR analysis. The models derived from Model I and Model III, shown leave-one-out cross-validation correlation coefficients (q2LOO ) of .75 and .73 as well as conventional correlation coefficients (R2 ) of .93 and .95, respectively. In addition, the external predictive abilities of these models were evaluated using a test set, producing the predicted correlation coefficients (r2pred ) of .76 and .74, respectively. The good concordance between the docking results and 3D-QSAR contour maps provides helpful information about a rational modification of new molecules based in quinone scaffold, in order to design more potent NQO1 inhibitors, which would exhibit highly potent antitumor activity.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Quinonas / NAD(P)H Desidrogenase (Quinona) / Relação Quantitativa Estrutura-Atividade / Simulação de Acoplamento Molecular Tipo de estudo: Prognostic_studies Limite: Humans Idioma: En Revista: Chem Biol Drug Des Assunto da revista: BIOQUIMICA / FARMACIA / FARMACOLOGIA Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Article País de afiliação: Chile País de publicação: Reino Unido
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