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Dataset showing the impact of the protonation states on molecular dynamics of HIV protease.
Soares, Rosemberg O; Torres, Pedro H M; da Silva, Manuela L; Pascutti, Pedro G.
Afiliação
  • Soares RO; Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF), Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, Brazil; Diretoria de Metrologia Aplicada às Ciências da Vida (DIMAV), Instituto Nacional de Metrologia Qualidade e Tecnologia (INMETRO), Xerém, Brazil.
  • Torres PH; Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF), Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, Brazil.
  • da Silva ML; Diretoria de Metrologia Aplicada às Ciências da Vida (DIMAV), Instituto Nacional de Metrologia Qualidade e Tecnologia (INMETRO), Xerém, Brazil.
  • Pascutti PG; Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF), Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, Brazil; Diretoria de Metrologia Aplicada às Ciências da Vida (DIMAV), Instituto Nacional de Metrologia Qualidade e Tecnologia (INMETRO), Xerém, Brazil.
Data Brief ; 8: 1144-50, 2016 Sep.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-27536715
The data described here supports the research article "Unraveling HIV Protease Flaps Dynamics by Constant pH Molecular Dynamics Simulations" (Soares et al., 2016) [1]. The data involves both standard Molecular Dynamics (MD) and Constant pH Molecular Dynamics (CpHMD) to elucidate the effect of protonation states of catalytic dyad on the HIV-PR conformation. The data obtained from MD simulation demonstrate that the protonation state of the two aspartic acids (Asp25/Asp25') has a strong influence on the dynamics of the HIV-PR. Regarding the CpHMD simulation, we performed pka calculations for HIV-PR and the data indicate that only one catalytic aspartate should be protonated.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Idioma: En Revista: Data Brief Ano de publicação: 2016 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Holanda
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