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Molecular dynamics simulations of ligand dissociation from thyroid hormone receptors: evidence of the likeliest escape pathway and its implications for the design of novel ligands.
Martínez, Leandro; Webb, Paul; Polikarpov, Igor; Skaf, Munir S.
Afiliação
  • Martínez L; Instituto de Química, Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP Cx. P. 6154, Campinas, SP 13084-862, Brazil.
J Med Chem ; 49(1): 23-6, 2006 Jan 12.
Article em En | MEDLINE | ID: mdl-16392786
Steered molecular dynamics simulations of ligand dissociation from Thyroid hormone receptors indicate that dissociation is favored via rearrangements in a mobile part of the LBD comprising H3, the loop between H1 and H2, and nearby beta-sheets, contrary to current models in which the H12 is mostly involved. Dissociation is facilitated in this path by the interaction of the hydrophilic part of the ligand with external water molecules, suggesting strategies to enhance ligand binding affinity.
Assuntos
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Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Tri-Iodotironina / Tri-Iodotironina Reversa / Receptores dos Hormônios Tireóideos / Modelos Químicos Tipo de estudo: Prognostic_studies Idioma: En Revista: J Med Chem Assunto da revista: QUIMICA Ano de publicação: 2006 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Estados Unidos
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Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Tri-Iodotironina / Tri-Iodotironina Reversa / Receptores dos Hormônios Tireóideos / Modelos Químicos Tipo de estudo: Prognostic_studies Idioma: En Revista: J Med Chem Assunto da revista: QUIMICA Ano de publicação: 2006 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Estados Unidos