Herramienta web para la clasificación de microsatélites polimórficos en genomas bacterianos / Web Tool for classfication of polymorphic microsatellites in bacteria genomes
Rev. cuba. inform. méd
; 5(1)ene.-jun. 2013.
Article
em Es
| LILACS, CUMED
| ID: lil-739227
Biblioteca responsável:
CU1.1
RESUMEN
Las secuencias repetidas en tándem, específicamente los mini y micro satélites, han demostrado ser muy eficaces en la clasificación de bacterias patogénicas como B. anthracis, M. tuberculosis y P. aeruginosa, entre otras. En humanos es manifiesta su participación estando relacionados con más de ochenta enfermedades, gran parte de ellas de tipo neurodegenerativas, musculares y algunos tipos de cáncer. La herramienta web que presentamos es el resultado de la detección computacional de estas secuencias en genomas bacterianos completos y su correspondiente anotación en la estructura genómica de acuerdo a las diferentes regiones donde estos se localizan. La herramienta tiene como fin primario brindar un sistema relacional que permita al investigador ubicar los microsatélites de diferentes especies bacterianas, con más de un genoma secuenciado para inferir su posible carácter polimórfico, dentro del contexto de la estructura genómica y así proveer un primer acercamiento al rol putativo que los microsatélites desempeñan desde el punto de vista funcional. La herramienta se puede aplicar no solo en estudios taxonómicos y epidemiológicos sino en la detección de posibles relaciones de estas secuencias con las funciones moleculares, procesos biológicos y, en última instancia, las diversas formas de evolución de estas especies. El sitio web brinda el servicio de consultas a la base de datos de microsatélites bacterianos de acuerdo al sistema de tablas relacionales y atributos propios de las mismas. Cuenta además con los servicios típicos de un sitio con estas características como sistema de autenticación, foro, encuestas, enlaces y documentación sobre la metodología empleada y del tema en cuestión(AU)
ABSTRACT
The tandem repeat sequences, especially mini and microsatellites, have proven to be very effective in classification of pathogenic bacteria such as B. anthracis, M. tuberculosis and P. aeruginosa, among others. In human beings it is manifest its participation, being related with over eighty diseases, nearly all neurodegenerative and muscular, and some kinds of cancer. The web tool we are offering here is the result of computational detection of these sequences in whole bacteria genomes, and its respective annotation in the genomic structure according to the different regions where they are localized. The primary goal of this tool is to offer a relational system that allows mapping the microsatellites of bacterial species, all of them with more than one genome sequenced to infer their possible polymorphic character, in the context of genomic structure and thus providing a first approach to the putative role they perform from the functional point of view. The tool can be applied not only in taxonomical and epidemiological studies but in the detection of possible relationships of these sequences with the molecular functions, the biological processes and, as a last resort, the different forms of these species evolution. The web site offers the service of queries to the bacterial microsatellites database according to the related tables and its inherent attributes. It also has the typical services of this kind of site like logging system, forum, polls, links and documentation about the employed methodology and the topic(AU)
Palavras-chave
Texto completo:
1
Coleções:
01-internacional
Base de dados:
CUMED
/
LILACS
Assunto principal:
Bactérias
/
Repetições de Microssatélites
/
Sequências de Repetição em Tandem
/
Bases de Dados Genéticas
Limite:
Humans
Idioma:
Es
Revista:
Rev. cuba. inform. méd
Assunto da revista:
INFORMATICA MEDICA
/
SERVICOS DE SAUDE
Ano de publicação:
2013
Tipo de documento:
Article
País de afiliação:
Cuba
País de publicação:
Cuba