Intrinsically bent DNA in replication origins and gene promoters

Gimenes, F; Takeda, K. I; Fiorini, A; Gouveia, F. S; Fernandez, M. A

Gimenes, F; Takeda, K. I; Fiorini, A; Gouveia, F. S; Fernandez, M. A.

Afiliação

Gimenes, F; Universidade Estadual de Maringá. Departamento de Biologia Celular e Genética. Maringá. BR
Takeda, K. I; Universidade Estadual de Maringá. Departamento de Biologia Celular e Genética. Maringá. BR
Fiorini, A; Centro Universitário de Maringá. Maringá. BR
Gouveia, F. S; Universidade Estadual de Maringá. Departamento de Biologia Celular e Genética. Maringá. BR
Fernandez, M. A; Universidade Estadual de Maringá. Departamento de Biologia Celular e Genética. Maringá. BR

Genet. mol. res. (Online) ; Genet. mol. res. (Online);7(2): 549-558, 2008. ilus

Article em En | LILACS | ID: lil-640982

Biblioteca responsável: BR26.1

ABSTRACT

ABSTRACT

Intrinsically bent DNA is an alternative conformation of the DNA molecule caused by the presence of dA/dT tracts, 2 to 6 bp long, in a helical turn phase DNA or with multiple intervals of 10 to 11 bp. Other than flexibility, intrinsic bending sites induce DNA curvature in particular chromosome regions such as replication origins and promoters. Intrinsically bent DNA sites are important in initiating DNA replication, and are sometimes found near to regions associated with the nuclear matrix. Many methods have been developed to localize bent sites, for example, circular permutation, computational analysis, and atomic force microscopy. This review discusses intrinsically bent DNA sites associated with replication origins and gene promoter regions in prokaryote and eukaryote cells. We also describe methods for identifying bent DNA sites for circular permutation and computational analysis.

Assuntos

Humanos; Animais; DNA; Conformação de Ácido Nucleico; Origem de Replicação/genética; Regiões Promotoras Genéticas/genética; Biologia Computacional; Simulação por Computador; Células Procarióticas/metabolismo; Genes; Modelos Biológicos; Replicação do DNA/fisiologia

Palavras-chave

Eukaryotes; Intrinsically bent DNA; Prokaryotes; Promoters; Replication origin

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: LILACS Assunto principal: DNA / Regiões Promotoras Genéticas / Origem de Replicação / Conformação de Ácido Nucleico Limite: Animals / Humans Idioma: En Revista: Genet. mol. res. (Online) Assunto da revista: BIOLOGIA MOLECULAR / GENETICA Ano de publicação: 2008 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Brasil

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