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Prediction of binding hot spot residues by using structural and evolutionary parameters
Higa, Roberto Hiroshi; Tozzi, Clésio Luis.
Afiliação
  • Higa, Roberto Hiroshi; Universidade Estadual de Campinas. Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação. Departamento de Engenharia de Computação e Automação Industrial. Campinas. BR
  • Tozzi, Clésio Luis; Universidade Estadual de Campinas. Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação. Departamento de Engenharia de Computação e Automação Industrial. Campinas. BR
Genet. mol. biol ; Genet. mol. biol;32(3): 626-633, 2009. ilus, graf
Article em En | LILACS | ID: lil-522334
Biblioteca responsável: BR26.1
ABSTRACT
In this work, we present a method for predicting hot spot residues by using a set of structural and evolutionary parameters. Unlike previous studies, we use a set of parameters which do not depend on the structure of the protein in complex, so that the predictor can also be used when the interface region is unknown. Despite the fact that no information concerning proteins in complex is used for prediction, the application of the method to a compiled dataset described in the literature achieved a performance of 60.4 percent, as measured by F-Measure, corresponding to a recall of 78.1 percent and a precision of 49.5 percent. This result is higher than those reported by previous studies using the same data set.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: LILACS Assunto principal: Sítios de Ligação / Proteínas Tipo de estudo: Prognostic_studies / Risk_factors_studies Limite: Humans Idioma: En Revista: Genet. mol. biol Assunto da revista: GENETICA Ano de publicação: 2009 Tipo de documento: Article País de afiliação: Brasil País de publicação: Brasil
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