Conversion of barley SNPs into PCR-based markers using dCAPS method

Shahinnia, Fahimeh; Sayed-Tabatabaei, Badraldin Ebrahim

Shahinnia, Fahimeh; Sayed-Tabatabaei, Badraldin Ebrahim.

Afiliação

Shahinnia, Fahimeh; National Institute of Agrobiological Sciences. Plant Genome Research Unit. Tsukuba. JP
Sayed-Tabatabaei, Badraldin Ebrahim; Isfahan University of Technology. Department of Biotechnology. Isfahan. IR

Genet. mol. biol ; Genet. mol. biol;32(3): 564-567, 2009. ilus, tab

Article em En | LILACS | ID: lil-522319

Biblioteca responsável: BR26.1

ABSTRACT

ABSTRACT

Molecular genetic research relies heavily on the ability to detect polymorphisms in DNA. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most frequent form of DNA variation in the genome. In combination with a PCR assay, the corresponding SNP can be analyzed as a derived cleaved amplified polymorphic sequence (dCAPS) marker. The dCAPS method exploits the well-known specificity of a restriction endonuclease for its recognition site and can be used to virtually detect any SNP. Here, we describe the use of the dCAPS method for detecting single-nucleotide changes by means of a barley EST, CK569932, PCR-based marker.

Assuntos

Hordeum/genética; Polimorfismo de Nucleotídeo Único; Enzimas de Restrição do DNA; Genoma; Reação em Cadeia da Polimerase

Palavras-chave

Barley (Hordeum vulgare L.); Genome sequencing; Mismatched primer; Restriction enzyme; SNP genotyping

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: LILACS Assunto principal: Hordeum / Polimorfismo de Nucleotídeo Único Idioma: En Revista: Genet. mol. biol Assunto da revista: GENETICA Ano de publicação: 2009 Tipo de documento: Article País de afiliação: Irã / Japão País de publicação: Brasil

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