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Mapping the molecular characteristics of Brazilian human T-cell lymphotropic virus type 1 Env (gp46) and Pol amino acid sequences for vaccine design
Mota-Miranda, Aline Cristina; De-Oliveira, Tulio; Moreau, Domingos Ramon; Bomfim, Catarina; Galvão-Castro, Bernardo; Alcantara, Luiz Carlos Junior.
Afiliação
  • Mota-Miranda, Aline Cristina; Fiocruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Laboratório Avançado de Saúde Pública. Salvador. BR
  • De-Oliveira, Tulio; South African National Bioinformatics Institute. MRC Pathogen Bioinformatics Unit. Oxford. GB
  • Moreau, Domingos Ramon; Fiocruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Laboratório Avançado de Saúde Pública. Salvador. BR
  • Bomfim, Catarina; Faculdade de Tecnologia e Ciência. Salvador. BR
  • Galvão-Castro, Bernardo; Fiocruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Laboratório Avançado de Saúde Pública. Salvador. BR
  • Alcantara, Luiz Carlos Junior; Fiocruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Laboratório Avançado de Saúde Pública. Salvador. BR
Mem. Inst. Oswaldo Cruz ; 102(6): 741-749, Sept. 2007. tab
Article em En | LILACS | ID: lil-463482
Biblioteca responsável: BR1.1
ABSTRACT
This study was carried out to evaluate the molecular pattern of all available Brazilian human T-cell lymphotropic virus type 1 Env (n = 15) and Pol (n = 43) nucleotide sequences via epitope prediction, physico-chemical analysis, and protein potential sites identification, giving support to the Brazilian AIDS vaccine program. In 12 previously described peptides of the Env sequences we found 12 epitopes, while in 4 peptides of the Pol sequences we found 4 epitopes. The total variation on the amino acid composition was 9 and 17 percent for human leukocyte antigen (HLA) class I and class II Env epitopes, respectively. After analyzing the Pol sequences, results revealed a total amino acid variation of 0.75 percent for HLA-I and HLA-II epitopes. In 5 of the 12 Env epitopes the physico-chemical analysis demonstrated that the mutations magnified the antigenicity profile. The potential protein domain analysis of Env sequences showed the loss of a CK-2 phosphorylation site caused by D197N mutation in one epitope, and a N-glycosylation site caused by S246Y and V247I mutations in another epitope. Besides, the analysis of selection pressure have found 8 positive selected sites (w = 9.59) using the codon-based substitution models and maximum-likelihood methods. These studies underscore the importance of this Env region for the virus fitness, for the host immune response and, therefore, for the development of vaccine candidates.
Assuntos
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: LILACS Assunto principal: Vacinas Virais / Desenho de Fármacos / Vírus Linfotrópico T Tipo 1 Humano / Produtos do Gene env / Proteínas Oncogênicas de Retroviridae / Mapeamento de Epitopos Tipo de estudo: Prognostic_studies Limite: Humans País/Região como assunto: America do sul / Brasil Idioma: En Revista: Mem. Inst. Oswaldo Cruz Assunto da revista: MEDICINA TROPICAL / PARASITOLOGIA Ano de publicação: 2007 Tipo de documento: Article / Project document País de afiliação: Brasil / Reino Unido País de publicação: Brasil
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