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In silico evaluation of the Eucalyptus transcriptome
Vicentini, Renato; Sassaki, Flávio T; Gimenes, Marcos A; Maia, Ivan G; Menossi, Marcelo.
Afiliação
  • Vicentini, Renato; Universidade Estadual de Campinas. Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética. Campinas. BR
  • Sassaki, Flávio T; Universidade Estadual de Campinas. Departamento de Genética. Departamento de Genética e Evolução. Campinas. BR
  • Gimenes, Marcos A; Universidade Estadual Paulista "Júlio Mesquita Filho". Instituto de Biociências. Departamento de Genética. Botucatu. BR
  • Maia, Ivan G; Universidade Estadual Paulista "Júlio Mesquita Filho". Instituto de Biociências. Departamento de Genética. Botucatu. BR
  • Menossi, Marcelo; Universidade Estadual de Campinas. Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética. Campinas. BR
Genet. mol. biol ; Genet. mol. biol;28(3,suppl): 487-495, Nov. 2005. ilus, tab, graf
Article em En | LILACS | ID: lil-440443
Biblioteca responsável: BR26.1
ABSTRACT
The expressed sequence tags (ESTs) produced in the Forests project provide an invaluable opportunity to assess the Eucalyptus transcriptome. Besides providing information on the different proteins produced by this plant, it is possible to infer gene expression profiles because non-normalized cDNA libraries were used. The EST frequency from any gene is correlated to the transcript levels in the tissues from which the cDNA libraries were constructed. The goal of this work was to identify Eucalyptus genes that showed either differential expression pattern or were ubiquitously expressed in the tissues sampled in the Forests project. Six robust statistical tests and very restrictive rules were applied to gain confidence in the in silico data aiming to avoid false positives. Several genes with interesting expression profiles were identified and some of them were validated by RT-PCR
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: LILACS Assunto principal: Plantas / Expressão Gênica / Eucalyptus Idioma: En Revista: Genet. mol. biol Assunto da revista: GENETICA Ano de publicação: 2005 Tipo de documento: Article / Project document País de afiliação: Brasil País de publicação: Brasil
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