Análise do metiloma em carcinomas papilíferos de tireoide / Methylome analysis of papillary thyroid cancer
São Paulo; s.n; 2015. 110 p. ilus, tab.
Thesis
em Pt
| Inca
| ID: biblio-1148276
Biblioteca responsável:
BR30.1
Localização: BR30.1
RESUMO
O carcinoma papilífero de tireoide (CPT) representa 85% dos casos de carcinomas da tireoide. A mutação BRAFV600E é descrita em 45% dos CPTs estando relacionada ao grau de agressividade tumoral e a um pior prognóstico. Embora o papel oncogênico de BRAF na proliferação celular, sobrevivência e desdiferenciação tumoral seja bem estabelecido, ainda é pouco compreendida sua relação como modificador de perfis de metilação do DNA em genes supressores tumorais. O perfil de metilação do DNA foi realizado em 42 amostras de CPT pareadas com o tecido adjacente não tumoral. O papel da mutação BRAFV600E neste processo também foi investigado, assim como os resultados da expressão gênica de um estudo prévio do grupo. Foi utilizada para esta proposta a plataforma Infinium® Human Methylation450 BeadChip (Illumina, San Diego, CA, USA). Alterações nos padrões de metilação foram observados em 4265 genes, sendo a maioria hipometilados em relação ao tecido não tumoral adjacente. Uma análise integrada entre os dados de metilação e de expressão gênica (resultante de outro estudo nas mesmas amostras) revelou 299 genes com correlação inversa. Os genes com níveis de metilação e de expressão alterados foram confirmados por análises in silico utilizando amostras de CPT do consórcio The Cancer Genome Atlas. Estas alterações foram submetidos a análises de vias e redes gênicas (software IPA e KOBAS) revelando as vias de sinalização de PDGF e de FGF como as principais envolvidas em PTC. Os genes GABRB2, ERBB3, HMGA2, DNMT1 e SOX14 foram avaliados e validados na análise de expressão (RT-qPCR) e metilação (pirosequenciamento) em amostras dependentes e independentes dos arrays. A metilação alterada do GABRB2 foi associada com o tamanho tumoral e a presença da mutação BRAFV600E. Os achados deste estudo mostraram que a presença da mutação BRAFV600E parece modificar o perfil de metilação do DNA. Alterações nos níveis de metilação de DNMT1 e SOX14 parecem estar envolvidas na tumorigênese da tireoide. As alterações em HMGA2 e ERBB3 confirmaram dados da literatura e do GABRB2 revelou uma associação com pior prognóstico demonstrando seu papel como potencial biomarcador molecular.
ABSTRACT
Papillary thyroid cancer (PTC) accounts for approximately 85% of all thyroid malignancies. The BRAFV600E mutation is described in 45% of PTCs and has been related to tumor aggressiveness and also with poor prognosis. Although the oncogenic involvement of the BRAF mutation in cell proliferation, survival and tumor dedifferentiation is well established, the association of this alteration as modifier of DNA methylation profile in tumor suppressor genes is poorly understood. DNA methylation profile was performed in 42 PTC and adjacent non-tumoral tissue samples. The role of BRAF mutation in this process was also investigated, as well the results of gene expression obtained from our previous study. To this purpose, the Infinium® Human Methylation450 BeadChip platform (Illumina, San Diego, CA, USA) was used. Abnormal methylation patterns were observed in 4,265 genes; most of the probes were hypomethylated compared to non-tumoral adjacent tissue. An integrative analysis between methylation and expression data (from our previous study) revealed 299 genes with inverse correlation. The genes with alterations in methylation and expression levels were further confirmed by in silico analysis using PTC data from The Cancer Genome Atlas Consortium. In addition, the data were submitted to pathway and network analysis (software IPA and KOBAS) revealing PDGF and FGF signaling pathways as the most relevant alterations. GABRB2, ERBB3, HMGA2, DNMT1 and SOX14 genes were selected and validated by gene expression (RT-qPCR) and DNA methylation analysis (pyrosequencing) in an array-dependent and independent set of samples. Altered GABRB2 methylation pattern was associated with tumor size and BRAFV600E. Our data suggest that BRAF mutation modify the DNA methylation profile. Alteration of DNA methylation pattern of DNMT1 and SOX14 genes seems to be involved in thyroid tumorigenesis process. Alterations in both, methylation and expression of the HMGA2 and ERBB3 genes confirmed previous data of the literature. GABRB2 gene showed an association with poor prognosis and has the potential to be used as a molecular biomarker.
Palavras-chave
Texto completo:
1
Base de dados:
Inca
Assunto principal:
Neoplasias da Glândula Tireoide
/
Câncer Papilífero da Tireoide
Limite:
Female
/
Humans
/
Male
Idioma:
Pt
Ano de publicação:
2015
Tipo de documento:
Thesis
País de publicação:
Brasil