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Perfil genômico de carcinomas de mama do tipo ductal invasivo / Genomic profiling of ductal invasive breast carcinomas
São Paulo; s.n; 2012. 96 p. tab, ilus.
Thesis em Pt | Inca | ID: biblio-1141445
Biblioteca responsável: BR30.1
Localização: BR30.1
RESUMO
O câncer é uma doença complexa, decorrente do acúmulo de múltiplas e sucessivas mutações somáticas, resultando em modificações no funcionamento de genes que atuam em vias moleculares específicas, tais como controle de ciclo celular, apoptose, diferenciação e angiogênese. No estudo do genoma de tumores, um dos objetivos é identificar novos genes relacionados à carcinogênese, muitos deles possivelmente contidos em alterações cromossômicas. O câncer de mama é um modelo importante para estudos genômicos por se tratar de uma doença complexa e heterogênea, ainda não totalmente compreendida. Neste estudo, propusemos a investigação de alterações genômicas como ganhos e perdas de segmentos de DNA em carcinomas de mama do tipo ductal invasivo, buscando a identificação de perfis genômicos característicos de alguns diferentes subtipos deste câncer. Adicionalmente, buscamos estabelecer correlação entre as alterações genômicas encontradas e a ocorrência ou não de comprometimento linfonodal axilar ao diagnóstico. Foram investigados 71 carcinomas de mama invasivos, sendo 57 tumores primários do tipo ductal. A análise inicial do grupo de tumores detectou a ocorrência frequente (>20%) de ganhos nos cromossomos 1q, 8q, 16p, e na região 17q12-q21, enquanto que perdas recorrentes foram detectadas principalmente em 8p, 11q, 16q, e nos cromossomos 13 e 18. Foram identificadas 3828 alterações somáticas no número de cópias de segmentos genômicos (SCNAs), com número médio de 53 SCNAs por genoma tumoral e tamanho médio de 6,9 Mb. O perfil genômico de SCNAs diferiu entre os carcinomas de mama de acordo com o status de expressão do receptor de estrógeno (ER) foi detectada diferença estatística no número de SCNA por genoma tumoral e no tamanho dessas alterações, ambos maiores no grupo de tumores negativos quanto à expressão do receptor de estrógeno (ER(-)) quando comparado com o grupo expressando ER (ER(+)). Além disso, o perfil genômico de frequência de SCNA evidenciou que o grupo ER(-) apresenta uma variabilidade maior de regiões genômicas afetadas quando comparado ao grupo ER(+), com grandes regiões de perdas em 4q e 5q só detectadas nos tumores ER(-), além de ganhos focais em 10p e 17q. Por outro lado, o grupo de tumores ER(+) exibiu principalmente ganho em 16p. Na análise para a identificação de alterações genômicas relevantes para a presença de metástase em linfonodos axilares ao diagnóstico [Nx (linf(+)0], selecionamos apenas os 57 carcinomas de mama invasivos do tipo ductal. Verificamos ganhos mais frequentes nos tumores Nx (linf(+)) em 5p, 7p, 8q, 10p e no cromossomo 19; o grupo de tumores sem acometimento linfonodal exibe SCNAs mais concentradas em outras regiões do genoma, como perdas em 1p e 9p e ganho em 16p. A última etapa de nossa análise foi investigar as regiões genômicas afetadas por SCNAs de maior amplitude, como ganhos em alto número de cópias e deleções em homozigose, excluindo aquelas já associadas à tumorigênese em mama. Essa análise foi realizada apenas no grupo de carcinomas de mama com metástase linfonodal ao diagnóstico, uma vez que estávamos buscando identificar potenciais oncogenes e genes supressores tumorais associados à progressão tumoral. Sete genes mapeados nestas regiões afetadas por SCNAs de maior amplitude foram selecionados para validação técnica. Tais genes, candidatos a novos genes relevantes para a progressão do câncer de mama foram validados e são KISS1, ADAMTS3 e HSD17B12 (detectados em amplicons) e ZBTB20, MTAP, ELF5 e RERGL (afetados por deleção em homozigose).
ABSTRACT
Cancer is a complex disease caused by the accumulation of multiple and successive somatic mutations, resulting in modifications in gene functions that act on specific molecular pathways, such as cycle cell control, apoptosis, differentiation and angeiogenesis. On tumor genome studies one of the aims is to identify new genes related to carcinogenesis, a lot of them possibly restrained on the chromosomal alterations. The breast cancer is an important model to genomic studies because it is a complex and heterogeneous disease, not fully understood yet. In this study, we proposed to evaluate the genomic alterations as gains and losses of DNA segments in ductal invasive breast carcinomas, seeking to identify characteristic genomic profiles of some different subtypes of this cancer. Moreover, we seek to establish a correlation between the genomic alterations found and the occurrence or not of axillary limph nodal involvement at diagnosis. It was investigated 72 breast carcinomas of ductal invasive type. The initial analysis of the tumor group detected the frequent occurrence (>20%) of gains on chromossomes 1q, 8q, 16p and 17q12-q21 region, while recurrent losses were detected mainly at 8p, 11q, 16q and on the chromossomes 13 and 18. It was identified 3828 copy number somatic alterations in genomic segments (SCNAs), with an average number of 53 per tumoral genome and an average size of 6,9 Mb. Loss events showed a higher significantly size (p<0,0001) than gain events, and high amplitude events (amplicons and homozygous losses) affected significantly smaller genomic segments. The genomic profile of SCNA differed also between the breast carcinomas according to the estrogen receptor (ER) expression status it was detected significant difference on the SCNA number per tumoral genome and on the size of this alterations, that were both greater in the group of estrogen receptor negative tumors (ER(-)) when compared to the expressing group (ER(+)). Furthermore, the genomic profile of SCNAs showed that the ER(-) group has a greater variability of affected genomic regions when compared to ER(+) group, with large losses mapped at 4q and 5q, besides focal gains that were identified at 10p and 17q; the ER(+) tumor group showed a high frequency of 16p gain. We also directed the analysis to identify relevant genomic alterations possibly related to the presence of metastasis at axillary lymph nodes at diagnosis [Nx(linf(+))]. Gains were frequent on Nx (linf(+)) tumors at 5p, 7p, 8q 10p and chromosome 19, while a frequent loss was detected at 8p; the carcinomas withouth lymph nodes metastasis exibithed a different profile, with SCNAs concentrated in other regions of the genome such as 1p and 9p losses and 16p gain. The last step of our analysis was to investigate genomic regions affected by high amplitude SCNAs (high copy number gains=amplicons, and homozygous deletions), excluding those already related to the breast tumorigenesis. This analysis was performed only on the breast carcinoma group with lymph node metastasis at diagnosis, since we were seeking to identify potential oncogenes and tumor suppressor genes associated with the cancer progression. Genes mapped on seven regions affected by high amplitude SCNAs were selected to technical validation. These new relevant candidate genes in breast cancer progression are KISS1, ADAMTS3 and HSD17B12 (mapped at amplicons) and ZBTB20, MTAP, ELF5 and RERGL (affected by homozygous deletion). The final purpose of a study like ours is to enlarge the knowledgement to obtain defined gene signatures to each tumor, possibiliting more effective individualized treatments
Assuntos
Palavras-chave
Texto completo: 1 Base de dados: Inca Assunto principal: Neoplasias da Mama / Carcinoma Ductal de Mama / Carcinogênese Idioma: Pt Ano de publicação: 2012 Tipo de documento: Thesis País de publicação: Brasil
Texto completo: 1 Base de dados: Inca Assunto principal: Neoplasias da Mama / Carcinoma Ductal de Mama / Carcinogênese Idioma: Pt Ano de publicação: 2012 Tipo de documento: Thesis País de publicação: Brasil