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Double Digest Restriction-Site Associated DNA Sequencing (ddRADseq) Technology.
Aguirre, Natalia Cristina; Filippi, Carla Valeria; Vera, Pablo Alfredo; Puebla, Andrea Fabiana; Zaina, Giusi; Lia, Verónica Viviana; Marcucci Poltri, Susana Noemí; Paniego, Norma Beatriz.
Afiliación
  • Aguirre NC; Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (IABiMo), Unidad Ejecutora de Doble Dependencia Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA) - Consejo Nacional de Ciencia y Técnica (CONICET), Hurlingham, Argentina. aguirre.natalia@inta.gob.ar.
  • Filippi CV; Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (IABiMo), Unidad Ejecutora de Doble Dependencia Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA) - Consejo Nacional de Ciencia y Técnica (CONICET), Hurlingham, Argentina.
  • Vera PA; Laboratorio de Bioquímica, Departamento de Biología Vegetal, Facultad de Agronomía, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay.
  • Puebla AF; Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (IABiMo), Unidad Ejecutora de Doble Dependencia Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA) - Consejo Nacional de Ciencia y Técnica (CONICET), Hurlingham, Argentina.
  • Zaina G; Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (IABiMo), Unidad Ejecutora de Doble Dependencia Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA) - Consejo Nacional de Ciencia y Técnica (CONICET), Hurlingham, Argentina.
  • Lia VV; Department of Agricultural, Food, Environmental and Animal Sciences, University of Udine, Udine, Italy.
  • Marcucci Poltri SN; Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (IABiMo), Unidad Ejecutora de Doble Dependencia Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA) - Consejo Nacional de Ciencia y Técnica (CONICET), Hurlingham, Argentina.
  • Paniego NB; Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (IABiMo), Unidad Ejecutora de Doble Dependencia Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA) - Consejo Nacional de Ciencia y Técnica (CONICET), Hurlingham, Argentina.
Methods Mol Biol ; 2638: 37-57, 2023.
Article en En | MEDLINE | ID: mdl-36781634
Double digest restriction-site associated DNA sequencing (ddRADseq) technology combines genome reduced representation by digestion with two restriction enzymes and next generation sequencing (NGS) to obtain thousands of markers (SNP, SSR, and InDels) and genotype tens to hundreds of samples simultaneously. In this chapter, we describe a 96-plex derived ddRADseq protocol that can be set up to obtain different depth of coverage per locus and can be exploited to model and non-model plant species.
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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Genoma / Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento Tipo de estudio: Risk_factors_studies Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Asunto de la revista: BIOLOGIA MOLECULAR Año: 2023 Tipo del documento: Article País de afiliación: Argentina Pais de publicación: Estados Unidos
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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Genoma / Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento Tipo de estudio: Risk_factors_studies Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Asunto de la revista: BIOLOGIA MOLECULAR Año: 2023 Tipo del documento: Article País de afiliación: Argentina Pais de publicación: Estados Unidos