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Genomic surveillance: Circulating lineages and genomic variation of SARS-CoV-2 in early pandemic in Ceará state, Northeast Brazil.
Oliveira, Francisca Andréa da Silva; de Holanda, Maísa Viana; Lima, Luína Benevides; Dantas, Mariana Brito; Duarte, Igor Oliveira; de Castro, Luzia Gabrielle Zeferino; de Oliveira, Laís Lacerda Brasil; Paier, Carlos Roberto Koscky; Moreira-Nunes, Caroline de Fátima Aquino; Lima, Nicholas Costa Barroso; de Moraes, Maria Elisabete Amaral; de Moraes Filho, Manoel Odorico; Melo, Vânia Maria Maciel; Montenegro, Raquel Carvalho.
Afiliación
  • Oliveira FADS; Laboratório de Farmacogenética, Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos, Universidade Federal do Ceará, Rua Coronel Nunes de Melo, n° 1000, 60430-270, Fortaleza, CE, Brazil; Central de Genômica e Bioinformática, Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos, Universidade Federal
  • de Holanda MV; Central de Genômica e Bioinformática, Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos, Universidade Federal do Ceará, Rua Coronel Nunes de Melo, n° 1000, 60430-270, Fortaleza, CE, Brazil.
  • Lima LB; Laboratório de Farmacogenética, Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos, Universidade Federal do Ceará, Rua Coronel Nunes de Melo, n° 1000, 60430-270, Fortaleza, CE, Brazil.
  • Dantas MB; Central de Genômica e Bioinformática, Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos, Universidade Federal do Ceará, Rua Coronel Nunes de Melo, n° 1000, 60430-270, Fortaleza, CE, Brazil.
  • Duarte IO; Laboratório de Ecologia Microbiana e Biotecnologia, Departamento de Biologia, Universidade Federal do Ceará, Campus do Pici, s/n, Bloco 909, Pici, 60455-760, Fortaleza, CE, Brazil.
  • de Castro LGZ; Laboratório de Ecologia Microbiana e Biotecnologia, Departamento de Biologia, Universidade Federal do Ceará, Campus do Pici, s/n, Bloco 909, Pici, 60455-760, Fortaleza, CE, Brazil.
  • de Oliveira LLB; Laboratório de Farmacogenética, Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos, Universidade Federal do Ceará, Rua Coronel Nunes de Melo, n° 1000, 60430-270, Fortaleza, CE, Brazil.
  • Paier CRK; Laboratório de Farmacogenética, Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos, Universidade Federal do Ceará, Rua Coronel Nunes de Melo, n° 1000, 60430-270, Fortaleza, CE, Brazil.
  • Moreira-Nunes CFA; Laboratório de Farmacogenética, Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos, Universidade Federal do Ceará, Rua Coronel Nunes de Melo, n° 1000, 60430-270, Fortaleza, CE, Brazil.
  • Lima NCB; Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular, Universidade Federal do Ceará, Campus do Pici, s/n, Bloco 907, Pici, 60440-900, Fortaleza, CE, Brazil.
  • de Moraes MEA; Laboratório de Farmacogenética, Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos, Universidade Federal do Ceará, Rua Coronel Nunes de Melo, n° 1000, 60430-270, Fortaleza, CE, Brazil. Electronic address: betemora@ufc.br.
  • de Moraes Filho MO; Central de Genômica e Bioinformática, Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos, Universidade Federal do Ceará, Rua Coronel Nunes de Melo, n° 1000, 60430-270, Fortaleza, CE, Brazil. Electronic address: odorico@ufc.br.
  • Melo VMM; Central de Genômica e Bioinformática, Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos, Universidade Federal do Ceará, Rua Coronel Nunes de Melo, n° 1000, 60430-270, Fortaleza, CE, Brazil; Laboratório de Ecologia Microbiana e Biotecnologia, Departamento de Biologia, Universidade Federal do Ceará
  • Montenegro RC; Laboratório de Farmacogenética, Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos, Universidade Federal do Ceará, Rua Coronel Nunes de Melo, n° 1000, 60430-270, Fortaleza, CE, Brazil; Central de Genômica e Bioinformática, Núcleo de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos, Universidade Federal
Virus Res ; 321: 198908, 2022 11.
Article en En | MEDLINE | ID: mdl-36057416
In the Northeast of Brazil, Ceará was the second state most impacted by COVID-19 in number of cases and death rate. Despite that, the early dynamics of the pandemic in Ceará was not yet well understood due the low genomic surveillance of SARS-CoV-2 in 2020. In this study, we analyze the circulating lineages and the genomic variation of the virus in Ceará state. Thirty-four genomes were sequenced and combined with sequences available in GISAID database from March 2020 to June 2021 to compose the study dataset. The most prevalent lineages detected were B.1.1.33, in 2020, and P.1, in 2021. Other lineages were found, such as P.2, sublineages of P.1, B.1, B.1.1, B.1.1.28 and B.1.212. Analyzing the mutations, a total of 202 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified among the 34 genomes sequenced, of which 127 were missense, 74 synonymous, and one was a nonsense mutation. Among the missense mutations, C14408T, A23403G, T27299C, G28881A G28883C, and T29148C were the most prevalent within the dataset. Although SARS-CoV-2 sequencing data was limited in 2020, our results could provide insights to better understand the genetic diversity of the circulating lineages in Ceará.
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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: SARS-CoV-2 / COVID-19 Tipo de estudio: Screening_studies Límite: Humans País/Región como asunto: America do sul / Brasil Idioma: En Revista: Virus Res Asunto de la revista: VIROLOGIA Año: 2022 Tipo del documento: Article Pais de publicación: Países Bajos
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