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Global expression profiling of CD10 + /CD19 + pre-B lymphoblasts from Hispanic B-ALL patients correlates with comparative TARGET database analysis.
Castañeda-Partida, Laura; Ocadiz-Delgado, Rodolfo; Sánchez-López, José Manuel; García-Villa, Enrique; Peñaloza-González, José Gabriel; Velázquez-Aviña, Martha Margarita; Torres-Nava, José Refugio; Martín-Trejo, Jorge Alfonso; Solís-Labastida, Karina; Guerra-Castillo, Francisco Xavier; Bekker-Méndez, Vilma Carolina; Rosales-García, Víctor Hugo; Romero-Rodríguez, Dámaris; Mojica-Espinoza, Raúl; Mendez-Tenorio, Alfonso; Ramírez-Calzada, Crystel A; Álvarez-Ríos, Elízabeth; Mejía-Aranguré, Juan Manuel; Gariglio, Patricio.
Afiliación
  • Castañeda-Partida L; Laboratorio de Genética Toxicológica, Biología. Facultad de Estudios Profesionales Iztacala (FESI), Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), Tlalnepantla, Estado de México, Mexico.
  • Ocadiz-Delgado R; Laboratorio de Oncología Molecular, Departamento de Genética y Biología Molecular. Centro de Investigación y de Estudios Avanzados (Cinvestav), Ciudad de México, Mexico.
  • Sánchez-López JM; Laboratorio de Epigenética, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico.
  • García-Villa E; Laboratorio de Oncología Molecular, Departamento de Genética y Biología Molecular. Centro de Investigación y de Estudios Avanzados (Cinvestav), Ciudad de México, Mexico.
  • Peñaloza-González JG; Servicio Oncología Pediátrica, Hospital Juárez de México (HJM), Mexico City, Mexico.
  • Velázquez-Aviña MM; Servicio Oncología Pediátrica, Hospital Juárez de México (HJM), Mexico City, Mexico.
  • Torres-Nava JR; Servicio de Oncología, Hospital Pediátrico Moctezuma (HPM), Mexico City, Mexico.
  • Martín-Trejo JA; Servicio de Hematología, Hospital de Pediatría. Centro Médico Nacional (CMN), "Siglo XXI" , Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Mexico City, Mexico.
  • Solís-Labastida K; Servicio de Hematología, Hospital de Pediatría. Centro Médico Nacional (CMN), "Siglo XXI" , Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Mexico City, Mexico.
  • Guerra-Castillo FX; Unidad de Investigación Médica en Inmunología e Infectología, Hospital de Infectología ''Dr. Daniel Mendez Hernández'', ''La Raza'', IMSS, Mexico City, Mexico.
  • Bekker-Méndez VC; Unidad de Investigación Médica en Inmunología e Infectología, Hospital de Infectología ''Dr. Daniel Mendez Hernández'', ''La Raza'', IMSS, Mexico City, Mexico.
  • Rosales-García VH; Laboratorio de Citometría de Flujo, Laboratorios Nacionales de Servicios Experimentales, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados (Cinvestav), Mexico City, Mexico.
  • Romero-Rodríguez D; Unidad de Citometría, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER), Mexico City, Mexico.
  • Mojica-Espinoza R; Unidad de Genotipificación y Análisis de Expresión, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico.
  • Mendez-Tenorio A; Laboratorio Biotecnología y Bioinformática Genómica, Departamento de Bioquímica. Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional. MX, Mexico City, Mexico.
  • Ramírez-Calzada CA; Laboratorio Biotecnología y Bioinformática Genómica, Departamento de Bioquímica. Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional. MX, Mexico City, Mexico.
  • Álvarez-Ríos E; Laboratorio de Oncología Molecular, Departamento de Genética y Biología Molecular. Centro de Investigación y de Estudios Avanzados (Cinvestav), Ciudad de México, Mexico.
  • Mejía-Aranguré JM; Unidad de Investigación Médica en Epidemiología Clínica, UMAE Hospital de Pediatría. Centro Medico Nacional (CMN) ''Siglo XXI'', Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Mexico City, Mexico.
  • Gariglio P; Coordinación de Investigación en Salud, Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Mexico City, Mexico.
Discov Oncol ; 13(1): 28, 2022 Apr 21.
Article en En | MEDLINE | ID: mdl-35445848
Mexico City has one of the highest incidences of acute lymphoblastic leukemia (ALL) globally, with patients showing low survival, and high relapse rates. To gain more insight into the molecular features of B-ALL in Mexican children, we isolated CD10 + /CD19 + precursor B lymphoblasts from four bone marrow and nine peripheral blood samples of B-ALL patients using a fluorescence-activated cell sorting protocol. The global gene expression profile (BM vs PB) revealed 136 differentially expressed genes; 62 were upregulated (45.6%) and 74 were downregulated (54.4%). Pearson's correlation coefficient was calculated to determine the similarity between pre-B lymphoblast populations. We selected 26 highly significant genes and validated 21 by RT-qPCR (CNN3, STON2, CALN1, RUNX2, GADD45A, CDC45, CDC20, PLK1, AIDA, HCK, LY86, GPR65, PIK3CG, LILRB2, IL7R, TCL1A, DOCK1, HIST1H3G, PTPN14, CD72, and NT5E). The gene set enrichment analysis of the total expression matrix and the ingenuity pathway analysis of the 136 differentially expressed genes showed that the cell cycle was altered in the bone marrow with four overexpressed genes (PLK1, CDC20, CDC45, and GADD45A) and a low expression of IL7R and PIK3CG, which are involved in B cell differentiation. A comparative bioinformatics analysis of 15 bone marrow and 10 peripheral blood samples from Hispanic B-ALL patients collected by the TARGET program, corroborated the genes observed, except for PIK3CG. We conclude the Mexican and the Hispanic B-ALL patients studied present common driver alterations and histotype-specific mutations that could facilitate risk stratification and diagnostic accuracy and serve as potential therapeutic targets.
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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Tipo de estudio: Guideline Idioma: En Revista: Discov Oncol Año: 2022 Tipo del documento: Article País de afiliación: México Pais de publicación: Estados Unidos
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