Halvade somatic: Somatic variant calling with Apache Spark.

Decap, Dries; de Schaetzen van Brienen, Louise; Larmuseau, Maarten; Costanza, Pascal; Herzeel, Charlotte; Wuyts, Roel; Marchal, Kathleen; Fostier, Jan

Decap, Dries; de Schaetzen van Brienen, Louise; Larmuseau, Maarten; Costanza, Pascal; Herzeel, Charlotte; Wuyts, Roel; Marchal, Kathleen; Fostier, Jan.

Afiliación

Decap D; IDLab, Ghent University - imec, Technologiepark 126, B-9052 Ghent, Belgium.
de Schaetzen van Brienen L; IDLab, Ghent University - imec, Technologiepark 126, B-9052 Ghent, Belgium.
Larmuseau M; IDLab, Ghent University - imec, Technologiepark 126, B-9052 Ghent, Belgium.
Costanza P; Intel, Veldkant 31, B-2550 Kontich, Belgium.
Herzeel C; imec, Kapeldreef 75, B-3001 Leuven, Belgium.
Wuyts R; imec, Kapeldreef 75, B-3001 Leuven, Belgium.
Marchal K; IDLab, Ghent University - imec, Technologiepark 126, B-9052 Ghent, Belgium.
Fostier J; IDLab, Ghent University - imec, Technologiepark 126, B-9052 Ghent, Belgium.

Gigascience ; 11(1)2022 01 12.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-35022699

Asunto(s)

Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento; Programas Informáticos; Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento/métodos; Polimorfismo de Nucleótido Simple; Análisis de Secuencia de ADN/métodos; Secuenciación del Exoma; Secuenciación Completa del Genoma

Palabras clave

Apache Spark; GATK/Mutect2; Strelka2; somatic variant calling

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Programas Informáticos / Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento Tipo de estudio: Guideline Idioma: En Revista: Gigascience Año: 2022 Tipo del documento: Article País de afiliación: Bélgica Pais de publicación: Estados Unidos

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