Lerna: transformer architectures for configuring error correction tools for short- and long-read genome sequencing.

Sharma, Atul; Jain, Pranjal; Mahgoub, Ashraf; Zhou, Zihan; Mahadik, Kanak; Chaterji, Somali

Sharma, Atul; Jain, Pranjal; Mahgoub, Ashraf; Zhou, Zihan; Mahadik, Kanak; Chaterji, Somali.

Afiliación

Sharma A; Purdue University, West Lafayette, US.
Jain P; Indian Institute of Technology Bombay, Mumbai, India.
Mahgoub A; Purdue University, West Lafayette, US.
Zhou Z; Purdue University, West Lafayette, US.
Mahadik K; Adobe Research, San Jose, US.
Chaterji S; Purdue University, West Lafayette, US. schaterji@purdue.edu.

BMC Bioinformatics ; 23(1): 25, 2022 Jan 06.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-34991450

Asunto(s)

Algoritmos; Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento; Secuencia de Bases; Genómica; Análisis de Secuencia de ADN; Programas Informáticos

Palabras clave

Automated configuration tuning; Error correction; Nanopore reads; Natural language processing (NLP); PacBio reads; Parameter search space; Perplexity metric; Transformer networks

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Algoritmos / Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento Idioma: En Revista: BMC Bioinformatics Asunto de la revista: INFORMATICA MEDICA Año: 2022 Tipo del documento: Article País de afiliación: Estados Unidos Pais de publicación: Reino Unido

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