Increased peak detection accuracy in over-dispersed ChIP-seq data with supervised segmentation models.

Liehrmann, Arnaud; Rigaill, Guillem; Hocking, Toby Dylan

Liehrmann, Arnaud; Rigaill, Guillem; Hocking, Toby Dylan.

Afiliación

Liehrmann A; Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2), Université Paris-Saclay, Université Evry, CNRS, INRAE, 91405, Orsay, France. arnaud.liehrmann@universite-paris-saclay.fr.
Rigaill G; Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry (LAMME), Université Paris-Saclay, Université Evry, CNRS, 91037, Evry, France. arnaud.liehrmann@universite-paris-saclay.fr.
Hocking TD; Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2), Université Paris-Saclay, Université Evry, CNRS, INRAE, 91405, Orsay, France.

BMC Bioinformatics ; 22(1): 323, 2021 Jun 14.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-34126932

Asunto(s)

Secuenciación de Inmunoprecipitación de Cromatina; Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento; Algoritmos; Inmunoprecipitación de Cromatina; Análisis de Secuencia de ADN

Palabras clave

ChIP-seq; Histone modifications; Likelihood inference; Multiple changepoint detection; Over-dispersion; Peak calling; Supervised learning

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento / Secuenciación de Inmunoprecipitación de Cromatina Tipo de estudio: Diagnostic_studies / Prognostic_studies Idioma: En Revista: BMC Bioinformatics Asunto de la revista: INFORMATICA MEDICA Año: 2021 Tipo del documento: Article País de afiliación: Francia Pais de publicación: Reino Unido

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