Taxonomic annotation of 16S rRNA sequences of pig intestinal samples using MG-RAST and QIIME2 generated different microbiota compositions.

Lima, J; Manning, T; Rutherford, K M; Baima, E T; Dewhurst, R J; Walsh, P; Roehe, R

Lima, J; Manning, T; Rutherford, K M; Baima, E T; Dewhurst, R J; Walsh, P; Roehe, R.

Afiliación

Lima J; Scotland's Rural College, Edinburgh, UK. Electronic address: joana.lima@sruc.ac.uk.
Manning T; NSilico Life Science Ltd., Dublin, Ireland.
Rutherford KM; Scotland's Rural College, Edinburgh, UK.
Baima ET; Zoetis Inc, Parsippany-, Troy Hills, United States.
Dewhurst RJ; Scotland's Rural College, Edinburgh, UK.
Walsh P; NSilico Life Science Ltd., Dublin, Ireland.
Roehe R; Scotland's Rural College, Edinburgh, UK. Electronic address: rainer.roehe@sruc.ac.uk.

J Microbiol Methods ; 186: 106235, 2021 07.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-33974954

Asunto(s)

Bacterias/clasificación; Bacterias/aislamiento & purificación; Biología Computacional/métodos; Microbioma Gastrointestinal; Intestinos/microbiología; Anotación de Secuencia Molecular/métodos; Animales; Bacterias/genética; ADN Bacteriano/genética; Filogenia; ARN Ribosómico 16S/genética; Porcinos/microbiología

Palabras clave

16S rRNA gene; MG-RAST; Microbiota; QIIME2; Taxonomic composition

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Bacterias / Biología Computacional / Anotación de Secuencia Molecular / Microbioma Gastrointestinal / Intestinos Tipo de estudio: Evaluation_studies / Prognostic_studies Límite: Animals Idioma: En Revista: J Microbiol Methods Año: 2021 Tipo del documento: Article Pais de publicación: Países Bajos

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