Locating transcription factor binding sites by fully convolutional neural network.

Zhang, Qinhu; Wang, Siguo; Chen, Zhanheng; He, Ying; Liu, Qi; Huang, De-Shuang

Zhang, Qinhu; Wang, Siguo; Chen, Zhanheng; He, Ying; Liu, Qi; Huang, De-Shuang.

Afiliación

Zhang Q; Translational Medical Center for Stem Cell Therapy and Institute for Regenerative Medicine, Shanghai East Hospital, Tongji University, Shanghai, China.
Wang S; Computer Science and Technology, Tongji University, China.
Chen Z; University of Chinese Academy of Sciences, China.
He Y; Computer Science and Technology at Tongji University, China.
Liu Q; Translational Medical Center for Stem Cell Therapy and Institute for Regenerative Medicine, Shanghai East Hospital, Bioinformatics Department, School of Life Sciences and Technology, Tongji University, Shanghai, China.
Huang DS; Institute of Machines Learning and Systems Biology, Tongji University, China.

Brief Bioinform ; 22(5)2021 09 02.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-33498086

Asunto(s)

Secuenciación de Inmunoprecipitación de Cromatina; Redes Neurales de la Computación; Elementos de Respuesta; Análisis de Secuencia de ADN; Análisis de Secuencia de Proteína; Factores de Transcripción; Células A549; Secuencias de Aminoácidos; Humanos; Células MCF-7; Factores de Transcripción/genética; Factores de Transcripción/metabolismo

Palabras clave

TFBSs location; fully Convolutional Neural Network; global Average Pooling; nucleotide-level prediction

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Factores de Transcripción / Redes Neurales de la Computación / Análisis de Secuencia de ADN / Elementos de Respuesta / Análisis de Secuencia de Proteína / Secuenciación de Inmunoprecipitación de Cromatina Tipo de estudio: Prognostic_studies Límite: Humans Idioma: En Revista: Brief Bioinform Asunto de la revista: BIOLOGIA / INFORMATICA MEDICA Año: 2021 Tipo del documento: Article País de afiliación: China Pais de publicación: Reino Unido

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