L'identification des diatomées est une étape clé dans l'utilisation de ces microorganismes comme bioindicateurs de la qualité de l'eau. Le diagnostic morphologique est une tâche difficile en raison du nombre considérable d'espèces et de leur dimension microscopique. Il est possible de surmonter cette difficulté en utilisant des techniques moléculaires pour compléter le diagnostic. L'objectif principal de ce travail était d'obtenir le code-barre de l'ADN des diatomées épilithiques équatoriennes ayant une large distribution géographique, une niche écologique bien définie et des caractéristiques leur permettant d'être des espèces indicatrices fiables. Des cultures de diatomées unialgales ont été obtenues à partir d'échantillons environnementaux de cours d'eau des Andes équatoriennes. La caractérisation morphologique des cultures a été réalisée sous microscopie MEB. Pour la caractérisation moléculaire, les codes-barres 18SV4 et rbcL ont été séquencés à partir de chaque souche et comparés à la base de données GenBank. Pour chaque code-barres, un arbre phylogénétique a été construit à partir de la méthode ML comprenant des séquences de souches des espèces étudiées, provenant de différents lieux géographiques. Les résultats ayant montré que les cinq espèces suivantes étaient appropriées comme bioindicateurs, elles ont été isolées. Sellaphora seminulum (souche JA01b, c), Nitzschia fonticola (souche SP02a) et N. palea (souche CA01a) sont tolérantes à l'eutrophisation ; Eolimna minima (souche CH02a) est un bioindicateur d'eau mésotrophe, et Achnanthidium minutissimum (souche JA01a) est un bioindicateur d'eau oligotrophe. La comparaison avec la base de données GenBank des régions de code-barres a supporté leurs identifications morphologiques. Les séquences de code-barres des souches ont montré un pourcentage élevé d'identité génétique avec les séquences signalées dans les bases de données de l'INSDC pour la même espèce. La topologie des arbres phylogénétiques démontre que les diatomées épilithiques de l'Équateur sont étroitement liées à celles des mêmes espèces isolées d'autres régions géographiques. Cette étude est une première tentative d'établir une bibliothèque de référence morphologique et taxonomique moléculaire pour les diatomées néotropicales. Cette étude démontre qu'il serait possible d'utiliser les données de code-barres existantes pour les diatomées afin de développer des instruments moléculaires pour la bioévaluation des écosystèmes aquatiques dans la région andine équatorienne.