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Genomic detection of a virus lineage replacement event of dengue virus serotype 2 in Brazil, 2019.
de Jesus, Jaqueline Goes; Dutra, Karina Rocha; Sales, Flavia Cristina da Silva; Claro, Ingra Morales; Terzian, Ana Carolina; Candido, Darlan da Silva; Hill, Sarah C; Thézé, Julien; Torres, Celeste; D'Agostini, Tatiana Lang; Felix, Alvina Clara; Reis, Andreia F Negri; Alcantara, Luiz Carlos Junior; de Abreu, André L; Croda, Júlio Hr; de Oliveira, Wanderson K; de Filipis, Ana Maria Bispo; Camis, Maria do Carmo Rodrigues Dos Santos; Romano, Camila Malta.
Afiliación
  • de Jesus JG; Instituto de Medicina Tropical, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brazil.
  • Dutra KR; Laboratório de Pesquisa em Virologia, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, SP, Brazil.
  • Sales FCDS; Instituto de Medicina Tropical, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brazil.
  • Claro IM; Instituto de Medicina Tropical, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brazil.
  • Terzian AC; Laboratório de Pesquisa em Virologia, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, SP, Brazil.
  • Candido DDS; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, United Kingdom.
  • Hill SC; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, United Kingdom.
  • Thézé J; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, United Kingdom.
  • Torres C; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
  • D'Agostini TL; Coordenadoria de Controle de Doenças, Centro de Vigilância Epidemiológica Professor Alexandre Vranjac, Secretaria de Estado da Saúde, São Paulo, SP, Brasil.
  • Felix AC; Instituto de Medicina Tropical, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brazil.
  • Reis AFN; Secretaria Municipal de Saúde, São José do Rio Preto, SP, Brazil.
  • Alcantara LCJ; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
  • de Abreu AL; Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública, Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, DF, Brazil.
  • Croda JH; Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública, Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, DF, Brazil.
  • de Oliveira WK; Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública, Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, DF, Brazil.
  • de Filipis AMB; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
  • Camis MDCRDS; Coordenadoria de Controle de Doenças, Centro de Vigilância Epidemiológica Professor Alexandre Vranjac, Secretaria de Estado da Saúde, São Paulo, SP, Brasil.
  • Romano CM; Instituto de Medicina Tropical, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brazil.
Mem Inst Oswaldo Cruz ; 115: e190423, 2020.
Article en En | MEDLINE | ID: mdl-32428189
BACKGROUND Despite efforts to mitigate the impact of dengue virus (DENV) epidemics, the virus remains a public health problem in tropical and subtropical regions around the world. Most DENV cases in the Americas between January and July 2019 were reported in Brazil. São Paulo State in the southeast of Brazil has reported nearly half of all DENV infections in the country. OBJECTIVES To understand the origin and dynamics of the 2019 DENV outbreak. METHODS Here using portable nanopore sequencing we generated20 new DENV genome sequences from viremic patients with suspected dengue infection residing in two of the most-affected municipalities of São Paulo State, Araraquara and São José do Rio Preto. We conducted a comprehensive phylogenetic analysis with 1,630 global DENV strains to better understand the evolutionary history of the DENV lineages that currently circulate in the region. FINDINGS The new outbreak strains were classified as DENV2 genotype III (American/Asian genotype). Our analysis shows that the 2019 outbreak is the result of a novel DENV lineage that was recently introduced to Brazil from the Caribbean region. Dating phylogeographic analysis suggests that DENV2-III BR-4 was introduced to Brazil in or around early 2014, possibly from the Caribbean region. MAIN CONCLUSIONS Our study describes the early detection of a newly introduced and rapidly-expanding DENV2 virus lineage in Brazil.
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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Variación Genética / Genómica / Dengue / Virus del Dengue Límite: Humans País/Región como asunto: America do sul / Brasil Idioma: En Revista: Mem Inst Oswaldo Cruz Año: 2020 Tipo del documento: Article País de afiliación: Brasil Pais de publicación: Brasil
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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Variación Genética / Genómica / Dengue / Virus del Dengue Límite: Humans País/Región como asunto: America do sul / Brasil Idioma: En Revista: Mem Inst Oswaldo Cruz Año: 2020 Tipo del documento: Article País de afiliación: Brasil Pais de publicación: Brasil