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EffHunter: A Tool for Prediction of Effector Protein Candidates in Fungal Proteomic Databases.
Carreón-Anguiano, Karla Gisel; Islas-Flores, Ignacio; Vega-Arreguín, Julio; Sáenz-Carbonell, Luis; Canto-Canché, Blondy.
Afiliación
  • Carreón-Anguiano KG; Unidad de Biotecnología, Centro de Investigación Científica de Yucatán, A.C., Calle 43 No. 130 X 32 y 34, Col. Chuburná de Hidalgo, C.P. 97205 Mérida, México.
  • Islas-Flores I; Unidad de Bioquímica y Biología Molecular de Plantas, Centro de Investigación Científica de Yucatán, A.C., Calle 43 No. 130 X 32 y 34, Col. Chuburná de Hidalgo, C.P. 97205 Mérida, México.
  • Vega-Arreguín J; Laboratorio de Ciencias AgroGenómicas, Escuela Nacional de Estudios Superiores-UNAM, León, México.
  • Sáenz-Carbonell L; Unidad de Biotecnología, Centro de Investigación Científica de Yucatán, A.C., Calle 43 No. 130 X 32 y 34, Col. Chuburná de Hidalgo, C.P. 97205 Mérida, México.
  • Canto-Canché B; Unidad de Biotecnología, Centro de Investigación Científica de Yucatán, A.C., Calle 43 No. 130 X 32 y 34, Col. Chuburná de Hidalgo, C.P. 97205 Mérida, México.
Biomolecules ; 10(5)2020 05 04.
Article en En | MEDLINE | ID: mdl-32375409
Pathogens are able to deliver small-secreted, cysteine-rich proteins into plant cells to enable infection. The computational prediction of effector proteins remains one of the most challenging areas in the study of plant fungi interactions. At present, there are several bioinformatic programs that can help in the identification of these proteins; however, in most cases, these programs are managed independently. Here, we present EffHunter, an easy and fast bioinformatics tool for the identification of effectors. This predictor was used to identify putative effectors in 88 proteomes using characteristics such as size, cysteine residue content, secretion signal and transmembrane domains.
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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Programas Informáticos / Proteínas Fúngicas / Proteoma / Factores de Virulencia / Proteómica Tipo de estudio: Prognostic_studies / Risk_factors_studies Idioma: En Revista: Biomolecules Año: 2020 Tipo del documento: Article Pais de publicación: Suiza
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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Programas Informáticos / Proteínas Fúngicas / Proteoma / Factores de Virulencia / Proteómica Tipo de estudio: Prognostic_studies / Risk_factors_studies Idioma: En Revista: Biomolecules Año: 2020 Tipo del documento: Article Pais de publicación: Suiza