BLAMM: BLAS-based algorithm for finding position weight matrix occurrences in DNA sequences on CPUs and GPUs.

Fostier, Jan

Fostier, Jan.

Afiliación

Fostier J; Department of Information Technology - IDLab, Ghent University - imec, Technologiepark 126, Ghent (Zwijnaarde), B-9052, Belgium. jan.fostier@ugent.be.

BMC Bioinformatics ; 21(Suppl 2): 81, 2020 Mar 11.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-32164557

Asunto(s)

Algoritmos; Interfaz Usuario-Computador; Metodologías Computacionales; Humanos; Posición Específica de Matrices de Puntuación

Palabras clave

Basic linear algebra subprograms (BLAS); Graphics processing units (GPUs); High performance computing (HPC); Position weight matrix (PWM)

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Algoritmos / Interfaz Usuario-Computador Tipo de estudio: Diagnostic_studies / Prognostic_studies Límite: Humans Idioma: En Revista: BMC Bioinformatics Asunto de la revista: INFORMATICA MEDICA Año: 2020 Tipo del documento: Article País de afiliación: Bélgica Pais de publicación: Reino Unido

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