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De Novo Plant Transcriptome Assembly and Annotation Using Illumina RNA-Seq Reads.
Kerr, Stephanie C; Gaiti, Federico; Tanurdzic, Milos.
Afiliación
  • Kerr SC; School of Biological Sciences, The University of Queensland, St Lucia, QLD, Australia.
  • Gaiti F; New York Genome Center and Department of Medicine, Weill Cornell Medicine, New York, NY, USA.
  • Tanurdzic M; School of Biological Sciences, The University of Queensland, St Lucia, QLD, Australia. m.tanurdzic@uq.edu.au.
Methods Mol Biol ; 1933: 265-275, 2019.
Article en En | MEDLINE | ID: mdl-30945191
The ability to identify and quantify transcribed sequences from a multitude of organisms using high-throughput RNA sequencing has revolutionized our understanding of genetics and plant biology. However, a number of computational tools used in these analyses still require a reference genome sequence, something that is seldom available for non-model organisms. Computational tools employing de Bruijn graphs to reconstruct full-length transcripts from short sequence reads allow for de novo transcriptome assembly. Here we provide detailed methods for generating and annotating de novo transcriptome assembly from plant RNA-seq data.
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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Análisis de Secuencia de ARN / Arabidopsis / ARN de Planta / Biología Computacional / Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento / ARN Largo no Codificante Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Asunto de la revista: BIOLOGIA MOLECULAR Año: 2019 Tipo del documento: Article País de afiliación: Australia Pais de publicación: Estados Unidos
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