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A comparative in silico linear B-cell epitope prediction and characterization for South American and African Trypanosoma vivax strains.
Guedes, Rafael Lucas Muniz; Rodrigues, Carla Monadeli Filgueira; Coatnoan, Nicolas; Cosson, Alain; Cadioli, Fabiano Antonio; Garcia, Herakles Antonio; Gerber, Alexandra Lehmkuhl; Machado, Rosangela Zacarias; Minoprio, Paola Marcella Camargo; Teixeira, Marta Maria Geraldes; de Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro.
Afiliación
  • Guedes RLM; Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), Av. Getúlio Vargas, 333, Petrópolis, RJ, Brazil; Grupo Hermes Pardini, Setor de Pesquisa e Desenvolvimento, Vespasiano, MG, Brazil. Electronic address: rmguedes@lncc.br.
  • Rodrigues CMF; Departamento de Parasitologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP 05508-900, Brazil.
  • Coatnoan N; Trypanosomatids Infectious Processes Laboratory, Department of Infection and Epidemiology, Institut Pasteur, 25 rue du Dr Roux, 75724 Paris, France.
  • Cosson A; Trypanosomatids Infectious Processes Laboratory, Department of Infection and Epidemiology, Institut Pasteur, 25 rue du Dr Roux, 75724 Paris, France.
  • Cadioli FA; Departamento Clínica, Cirurgia e Reprodução Animal, Faculdade de Odontologia e Curso de Medicina Veterinária, Universidade Estadual Paulista - UNESP, Araçatuba, SP, Brazil.
  • Garcia HA; Departamento de Parasitologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP 05508-900, Brazil.
  • Gerber AL; Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), Av. Getúlio Vargas, 333, Petrópolis, RJ, Brazil.
  • Machado RZ; Laboratório de Immnoparasitologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV), Universidade Estadual Paulista (UNESP), Campus Jaboticabal, Jaboticabal, SP, Brazil.
  • Minoprio PMC; Trypanosomatids Infectious Processes Laboratory, Department of Infection and Epidemiology, Institut Pasteur, 25 rue du Dr Roux, 75724 Paris, France.
  • Teixeira MMG; Departamento de Parasitologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP 05508-900, Brazil.
  • de Vasconcelos ATR; Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), Av. Getúlio Vargas, 333, Petrópolis, RJ, Brazil.
Genomics ; 111(3): 407-417, 2019 05.
Article en En | MEDLINE | ID: mdl-29499243
Trypanosoma vivax is a parasite widespread across Africa and South America. Immunological methods using recombinant antigens have been developed aiming at specific and sensitive detection of infections caused by T. vivax. Here, we sequenced for the first time the transcriptome of a virulent T. vivax strain (Lins), isolated from an outbreak of severe disease in South America (Brazil) and performed a computational integrated analysis of genome, transcriptome and in silico predictions to identify and characterize putative linear B-cell epitopes from African and South American T. vivax. A total of 2278, 3936 and 4062 linear B-cell epitopes were respectively characterized for the transcriptomes of T. vivax LIEM-176 (Venezuela), T. vivax IL1392 (Nigeria) and T. vivax Lins (Brazil) and 4684 for the genome of T. vivax Y486 (Nigeria). The results presented are a valuable theoretical source that may pave the way for highly sensitive and specific diagnostic tools.
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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Trypanosoma / Epítopos de Linfocito B / Transcriptoma Tipo de estudio: Prognostic_studies / Risk_factors_studies Límite: Animals Idioma: En Revista: Genomics Asunto de la revista: GENETICA Año: 2019 Tipo del documento: Article Pais de publicación: Estados Unidos
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