Shannon Entropy to Evaluate Substitution Rate Variation Among Viral Nucleotide Positions in Datasets of Viral siRNAs.

Ghasemzadeh, Aysan; Ter Haar, Marta Malgorzata; Shams-Bakhsh, Masoud; Pirovano, Walter; Pantaleo, Vitantonio

Ghasemzadeh, Aysan; Ter Haar, Marta Malgorzata; Shams-Bakhsh, Masoud; Pirovano, Walter; Pantaleo, Vitantonio.

Afiliación

Ghasemzadeh A; Institute for Sustainable Plant Protection, Research Unit of Bari, c/o University Campus of Bari, Via Amendola 165/a, 70126, Bari, Italy.
Ter Haar MM; Faculty of Agriculture, Department of Plant Pathology, Tarbiat Modares University (T.M.U.), Tehran, Iran.
Shams-Bakhsh M; Bioinformatics Department, BaseClear B.V., Einsteinweg 52333 CC, Leiden, The Netherlands.
Pirovano W; Faculty of Agriculture, Department of Plant Pathology, Tarbiat Modares University (T.M.U.), Tehran, Iran.
Pantaleo V; Bioinformatics Department, BaseClear B.V., Einsteinweg 52333 CC, Leiden, The Netherlands.

Methods Mol Biol ; 1746: 187-195, 2018.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-29492896

Asunto(s)

Carmovirus/genética; Cicer/virología; Entropía; Tasa de Mutación; Nucleótidos/genética; ARN Interferente Pequeño/genética; ARN Viral/análisis; Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento; ARN Viral/genética; Replicación Viral

Palabras clave

Cicer arietinum; Mutant clouds; Shannon entropy; Turnip crinkle virus; Viral quasispecies; Viral siRNAs

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: ARN Viral / Carmovirus / Entropía / Cicer / ARN Interferente Pequeño / Tasa de Mutación / Nucleótidos Tipo de estudio: Evaluation_studies / Guideline Idioma: En Revista: Methods Mol Biol Asunto de la revista: BIOLOGIA MOLECULAR Año: 2018 Tipo del documento: Article País de afiliación: Italia Pais de publicación: Estados Unidos

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