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PopFly: the Drosophila population genomics browser.
Hervas, Sergi; Sanz, Esteve; Casillas, Sònia; Pool, John E; Barbadilla, Antonio.
Afiliación
  • Hervas S; Institut de Biotecnologia i de Biomedicina and Departament de Genètica i de Microbiologia, Universitat Autònoma de Barcelona, Cerdanyola del Vallès 08193, Spain.
  • Sanz E; Servei de Genòmica i Bioinformàtica, Universitat Autònoma de Barcelona, Cerdanyola del Vallès 08193, Spain.
  • Casillas S; Institut de Biotecnologia i de Biomedicina and Departament de Genètica i de Microbiologia, Universitat Autònoma de Barcelona, Cerdanyola del Vallès 08193, Spain.
  • Pool JE; Laboratory of Genetics, University of Wisconsin, Madison, WI 53706, USA.
  • Barbadilla A; Institut de Biotecnologia i de Biomedicina and Departament de Genètica i de Microbiologia, Universitat Autònoma de Barcelona, Cerdanyola del Vallès 08193, Spain.
Bioinformatics ; 33(17): 2779-2780, 2017 Sep 01.
Article en En | MEDLINE | ID: mdl-28472360
SUMMARY: The recent compilation of over 1100 worldwide wild-derived Drosophila melanogaster genome sequences reassembled using a standardized pipeline provides a unique resource for population genomic studies (Drosophila Genome Nexus, DGN). A visual display of the estimated metrics describing genome-wide variation and selection patterns would allow gaining a global view and understanding of the evolutionary forces shaping genome variation. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: Here, we present PopFly, a population genomics-oriented genome browser, based on JBrowse software, that contains a complete inventory of population genomic parameters estimated from DGN data. This browser is designed for the automatic analysis and display of genetic variation data within and between populations along the D. melanogaster genome. PopFly allows the visualization and retrieval of functional annotations, estimates of nucleotide diversity metrics, linkage disequilibrium statistics, recombination rates, a battery of neutrality tests, and population differentiation parameters at different window sizes through the euchromatic chromosomes. PopFly is open and freely available at site http://popfly.uab.cat . CONTACT: sergi.hervas@uab.cat or antonio.barbadilla@uab.cat.
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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Variación Genética / Programas Informáticos / Análisis de Secuencia de ADN / Genómica / Drosophila melanogaster Límite: Animals Idioma: En Revista: Bioinformatics Asunto de la revista: INFORMATICA MEDICA Año: 2017 Tipo del documento: Article País de afiliación: España Pais de publicación: Reino Unido
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