PUPIL: A Software Integration System for Multi-Scale QM/MM-MD Simulations and Its Application to Biomolecular Systems.

Torras, Juan; Roberts, Benjamin P; Seabra, Gustavo M; Trickey, Samuel B

Torras, Juan; Roberts, Benjamin P; Seabra, Gustavo M; Trickey, Samuel B.

Afiliación

Torras J; Department of Chemical Engineering, EEI, Universitat Politècnica de Catalunya, Igualada, Spain. Electronic address: joan.torras@upc.edu.
Roberts BP; Centre for eResearch, The University of Auckland, Auckland, New Zealand.
Seabra GM; Departamento de Química Fundamental, Universidade Federal de Pernambuco, Cidade Universitária, Recife, Pernambuco, Brazil.
Trickey SB; Departments of Physics and of Chemistry, Quantum Theory Project, University of Florida, Gainesville, Florida, USA. Electronic address: trickey@qtp.ufl.edu.

Adv Protein Chem Struct Biol ; 100: 1-31, 2015.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-26415839

Asunto(s)

Ferritinas/química; Simulación de Dinámica Molecular; Mioglobina/química; Programas Informáticos; Humanos; Estructura Secundaria de Proteína; Estructura Terciaria de Proteína; Teoría Cuántica; Termodinámica

Palabras clave

Biomolecular modeling; Computational biology; Hybrid methods; Multi-scale simulation; Multiple actives zones; PUPIL; QM/MM; QM/MM-MD

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Programas Informáticos / Simulación de Dinámica Molecular / Ferritinas / Mioglobina Tipo de estudio: Prognostic_studies Límite: Humans Idioma: En Revista: Adv Protein Chem Struct Biol Asunto de la revista: BIOLOGIA / BIOQUIMICA Año: 2015 Tipo del documento: Article Pais de publicación: Países Bajos

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