Evaluating the effect of various background correction methods regarding noise reduction, in two-channel microarray data.

Sifakis, E G; Prentza, A; Koutsouris, D; Chatziioannou, A A

Sifakis, E G; Prentza, A; Koutsouris, D; Chatziioannou, A A.

Afiliación

Sifakis EG; Biomedical Engineering Laboratory, School of Electrical and Computer Engineering, National Technical University of Athens, Greece.

Comput Biol Med ; 42(1): 19-29, 2012 Jan.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-22074762

RESUMEN

In this work, two novel background correction (BC) methods, along with several commonly used ones, are evaluated regarding noise reduction in eleven two-channel self-versus-self (SVS) hybridizations. The evaluation of each BC method is investigated under the use of four statistical criteria combined into a single measure, the polygon area measure. Overall, our proposed BC approaches perform very well in terms of the proposed measure for most of the cases and provide an improved effect regarding technical noise reduction.

Asunto(s)

Biología Computacional/métodos; Interpretación Estadística de Datos; Perfilación de la Expresión Génica/métodos; Análisis de Secuencia por Matrices de Oligonucleótidos/métodos; Animales; Arabidopsis/genética; Bases de Datos Genéticas; Humanos; Ratones

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Interpretación Estadística de Datos / Biología Computacional / Análisis de Secuencia por Matrices de Oligonucleótidos / Perfilación de la Expresión Génica Límite: Animals / Humans Idioma: En Revista: Comput Biol Med Año: 2012 Tipo del documento: Article País de afiliación: Grecia Pais de publicación: Estados Unidos

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