NARWHAL, a primary analysis pipeline for NGS data.

Brouwer, R W W; van den Hout, M C G N; Grosveld, F G; van Ijcken, W F J

Brouwer, R W W; van den Hout, M C G N; Grosveld, F G; van Ijcken, W F J.

Afiliación

Brouwer RW; Center for Biomics, Department of Cell Biology, Erasmus Medical Center, Rotterdam, The Netherlands.

Bioinformatics ; 28(2): 284-5, 2012 Jan 15.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-22072383

RESUMEN

UNLABELLED: The NARWHAL software pipeline has been developed to automate the primary analysis of Illumina sequencing data. This pipeline combines a new and flexible de-multiplexing tool with open-source aligners and automated quality assessment. The entire pipeline can be run using only one simple sample-sheet for diverse sequencing applications. NARWHAL creates a sample-oriented data structure and outperforms existing tools in speed. AVAILABILITY: https://trac.nbic.nl/narwhal/.

Asunto(s)

Análisis de Secuencia de ADN/métodos; Programas Informáticos; Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento; Humanos; Análisis de Secuencia por Matrices de Oligonucleótidos; Alineación de Secuencia

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Programas Informáticos / Análisis de Secuencia de ADN Límite: Humans Idioma: En Revista: Bioinformatics Asunto de la revista: INFORMATICA MEDICA Año: 2012 Tipo del documento: Article País de afiliación: Países Bajos Pais de publicación: Reino Unido

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