Automated ligand placement and refinement with a combined force field and shape potential.

Wlodek, S; Skillman, A G; Nicholls, A

Wlodek, S; Skillman, A G; Nicholls, A.

Afiliación

Wlodek S; OpenEye Scientific Software, 3600 Cerrillos Road, Santa Fe, NM 87507, USA. stan@eyesopen.com

Acta Crystallogr D Biol Crystallogr ; 62(Pt 7): 741-9, 2006 Jul.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-16790930

RESUMEN

An automated computational procedure for fitting a ligand into its electron density with the use of the MMFF94 force field and a Gaussian shape description has been developed. It employs a series of adiabatic optimizations of gradually increasing shape potential. Starting from a set of energy-relaxed ligand conformations, the final results are structures realistically strained to fit the crystallographic data.

Asunto(s)

Simulación por Computador; Ligandos; Algoritmos; Sitios de Unión; Cristalografía por Rayos X/métodos; Enlace de Hidrógeno; Modelos Moleculares; Conformación Molecular; Estructura Molecular; Unión Proteica; Proteínas/química; Proteínas/metabolismo; Relación Estructura-Actividad; Termodinámica

Buscar en Google

Añadir a Mi BVS

Imprimir

XML

PubMed Links

Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Simulación por Computador / Ligandos Idioma: En Revista: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr Año: 2006 Tipo del documento: Article País de afiliación: Estados Unidos Pais de publicación: Estados Unidos

Buscar en Google

Añadir a Mi BVS

Imprimir

XML

PubMed Links