Partial retrotransposon-like DNA sequence in the genomic clone of Aspergillus flavus, pAF28.

Okubara, Patricia A; Tibbot, Brian K; Tarun, Alice S; McAlpin, Cesaria E; Hua, Sui-Sheng T

Okubara, Patricia A; Tibbot, Brian K; Tarun, Alice S; McAlpin, Cesaria E; Hua, Sui-Sheng T.

Afiliación

Okubara PA; USDA, Agricultural Research Service, Western Regional Research Center, 800 Buchanan Street, Albany, CA 94710, USA.

Mycol Res ; 107(Pt 7): 841-6, 2003 Jul.

Article en En | MEDLINE | ID: mdl-12967211

RESUMEN

A genomic clone of the aflatoxin-producing fungus Aspergillus flavus, designated pAF28, has been used as a probe for Southern blot fingerprinting of fungal strains. A large number of A. flavus strains isolated from corn fields and tree-nut orchards can be distinguished because the DNA fingerprint patterns are highly polymorphic. We have completed the sequencing of a 6355 bp insert in pAF28. The sequence features motifs and open reading frames characteristic of transposable elements of the gypsy class. We have named this new element AfRTL-1, for A. flavus retrotransposon-like DNA.

Asunto(s)

Aspergillus flavus/clasificación; Elementos Transponibles de ADN/genética; Genoma Fúngico; Secuencia de Aminoácidos; Aspergillus flavus/genética; Clonación Molecular; Datos de Secuencia Molecular; Alineación de Secuencia; Análisis de Secuencia de ADN

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Colección: 01-internacional Base de datos: MEDLINE Asunto principal: Aspergillus flavus / Elementos Transponibles de ADN / Genoma Fúngico Idioma: En Revista: Mycol Res Asunto de la revista: MICROBIOLOGIA Año: 2003 Tipo del documento: Article País de afiliación: Estados Unidos Pais de publicación: Reino Unido

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