Detection of non-tuberculosus mycobacteria (NTMs) in lung samples using 16S rRNA

Morais, Franciele Costa Leite; Bello, Graziele Lima; Costi, Cíntia; Schmid, Karen Barros; Soares, Tainá dos Santos; Barcellos, Regina Bones; Unis, Gisela; Dias, Claudia Fontoura; da Silva, Pedro Eduardo Almeida; Rossetti, Maria Lucia

Morais, Franciele Costa Leite; Bello, Graziele Lima; Costi, Cíntia; Schmid, Karen Barros; Soares, Tainá dos Santos; Barcellos, Regina Bones; Unis, Gisela; Dias, Claudia Fontoura; da Silva, Pedro Eduardo Almeida; Rossetti, Maria Lucia.

Afiliación

Morais, Franciele Costa Leite; Universidade Luterana do Brasil. Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada à Saúde. Canoas. BR
Bello, Graziele Lima; Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Tuberculose. Programa Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia. Porto Alegre. BR
Costi, Cíntia; Secretaria da Saúde do Rio Grande do Sul. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre. BR
Schmid, Karen Barros; Secretaria da Saúde do Rio Grande do Sul. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre. BR
Soares, Tainá dos Santos; Universidade Luterana do Brasil. Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada à Saúde. Canoas. BR
Barcellos, Regina Bones; Secretaria da Saúde do Rio Grande do Sul. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre. BR
Unis, Gisela; Secretaria da Saúde do Rio Grande do Sul. Hospital Sanatório Partenon. Porto Alegre. BR
Dias, Claudia Fontoura; Secretaria da Saúde do Rio Grande do Sul. Hospital Sanatório Partenon. Porto Alegre. BR
da Silva, Pedro Eduardo Almeida; Universidade Federal do Rio Grande. Faculdade de Medicina. Centro de Pesquisas em Microbiologia Médica. Rio Grande. BR
Rossetti, Maria Lucia; Universidade Luterana do Brasil. Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada à Saúde. Canoas. BR

Mem. Inst. Oswaldo Cruz ; 117: e220031, 2022. tab, graf

Article en En | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1386342

Biblioteca responsable: BR1.1

ABSTRACT

ABSTRACT

BACKGROUND Non-tuberculous mycobacteria (NTMs) cause diseases known as mycobacteriosis and are an important cause of morbidity and mortality. The diagnosis of pulmonary disease caused by NTM is hampered by its clinical similarity with tuberculosis (TB) and by the lack of an accurate and rapid laboratory diagnosis. OBJECTIVES Detect DNA from NTMs directly from lung samples using real-time polymerase chain reaction (qPCR) for amplification of 16S rRNA. Additionally, DNA sequencing (hsp65 and rpoB genes) was used to identify the species of MNTs. METHODS A total of 68 sputum samples (54 with suspected NTMs and 14 with TB) from patients treated at a referral hospital were used. FINDINGS Of these, 27/54 (50%) were qPCR positive for NTMs and 14/14 TB patients (controls) were qPCR negative with an almost perfect concordance (Kappa of 0.93) with the Mycobacterium spp. culture. Sequencing confirmed the presence of NTM in all positive samples. The most common species was Mycobacterium gordonae (33%), followed by Mycobacterium abscessus (26%), Mycobacterium fortuitum (22%), Mycobacterium avium (15%) and Mycobacterium peregrinum (4%). MAIN CONCLUSIONS The qPCR technique for detecting NTMs targeting 16S rRNA has the potential to detect NTMs and rapidly differentiate from Mycobacterium tuberculosis. However, it is necessary to identify the species to help in the differential diagnosis between disease and contamination, and to guide the choice of the therapeutic scheme.

Palabras clave

DNA; Non-tuberculous mycobacteria (NTMs); Real-time PCR (qPCR)

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Texto completo: 1 Colección: 01-internacional Base de datos: LILACS Tipo de estudio: Diagnostic_studies / Prognostic_studies Idioma: En Revista: Mem. Inst. Oswaldo Cruz Asunto de la revista: MEDICINA TROPICAL / PARASITOLOGIA Año: 2022 Tipo del documento: Article País de afiliación: Brasil Pais de publicación: Brasil

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